背景設定
《火影忍者疾風傳：究極忍者風暴3》所收錄的劇情從六道培因一戰結束之後的五影會議開始，一直到第四次忍界大戰結束。
火影忍者疾風傳：究極忍者風暴3玩家將能夠完整體驗原作中各種如鳴人vs 尾獸與面具男、五影vs 宇智波斑等等的名場面，此外也有根據玩家的選擇而觸發如鳴人vs 佐助等原創劇情。
角色設定
火影忍者疾風傳：究極忍者風暴3遊戲中登場的角色均來自原著《火影忍者》漫畫中的人物，在該遊戲中一共可操作角色87名。與前作《火影忍者：究極忍者風暴2》相比增加了14名新的角色：
尾獸玉模式金身鳴人、永恆萬花筒寫輪眼佐助、宇智波斑、穢土轉生漩渦長門、山椒魚半藏、二尾由木人、三尾矢倉、四尾老紫、五尾漢、六尾羽高、七尾芙、輪迴眼宇智波帶土、三船以及達魯伊。
遊戲中每名角色都有各自的攻擊手段、覺醒、奧義和聯合奧義，玩家可操作不同的角色進行對戰，其中故事模式的角色是固定的，而對戰模式則可以任意選擇。
場景地圖
火影忍者疾風傳：究極忍者風暴3玩家在選擇角色後可以進行一次場景選擇，場景地圖可以任意選擇，沒有限制。在某些場景地圖中，玩家可以對場景進行一些破壞，部分場景存在深淵地形，掉下深淵的話，會受到傷害。
遊戲中的場景地圖均來自原著《火影忍者》漫畫和動畫中的場景，如木葉村、雲隱村、霧隱村還有一些荒涼的野外場景。
特色系統
遊戲模式
劇情模式
火影忍者疾風傳：究極忍者風暴3在劇情模式中，玩家必須要操控主角漩渦鳴人在廣大的忍者世界中四處冒險，例如在原作中無法一窺其全貌的木葉忍者村，在遊戲中就能夠盡情探索。而隨著劇情的發展，玩家將會在關鍵時刻面臨不同的抉擇。
遊戲中分有序章：九尾來襲、第一章：五影會談、第二章：第七班重聚、第三章：兩個人柱力、第四章：鳴人的誕生、第五章：暗中活躍著、第六章：開戰、第七章：致命的海灣戰、第八章：兩個太陽、第九章：影的戰鬥、第十章：通往和平之路、斷章：永恆萬花筒和真·斷章：宇智波兄弟，總計十一大章和兩斷章。
對戰模式
對戰模式是玩家與電腦或者玩家與玩家之間對戰，在自由對戰中除了慣例的單機雙人對戰、練習模式外，還有“錦標賽”這樣特殊的競賽模式讓最多八名的玩家彼此競爭。
作業系統
| 按鍵 | 動作 |
| 搖桿 | 移動 |
| 十字鍵 | 使用道具 |
| LB&RB | 使用援助人物 |
| LT | 分身 |
| RT | 擋架 |
| X | 使用飛行道具 |
| Y | 蓄力/ 引出查克拉 |
| A | 跳躍 |
| B | 普通攻擊 |
| Start | 暫停 |
（參考資料來源）
戰鬥系統
| 名稱 | 介紹 |
| 普通連擊 | 連按“B”，也就是“普攻”即可 |
| 墮地連擊 | 按住“S”+連按“B” |
| 浮空連擊 | 按住“W”+連按“B” |
| 投技\破防 | 先按“U，”再按“B”。簡單說就是先“格擋”再“普攻” |
| 特殊技 | 輕按一下“方向健”，快速起手，然後再按“普攻” |
| 替身術 | 再被敵人攻擊的一瞬間，迅速按下“LT”，也就是替身術的按鍵。 |
| 普通奧義 | 先按“Y”，此時人物身體閃爍藍光，再按“B” |
| 終極奧義 | 連按兩次“Y”，此時人物身體閃爍強烈藍光，再按“B” |
| 連攜奧義 | 連按三次“Y”，此時人物身體閃爍耀眼赤光，按下“B” |
| 爆發型覺醒 | 一直按“Y” |
| 隨心型覺醒 | 隨時便可發動覺醒，例如“妖仙鳴人、四代目、帶土”，消耗查克拉條。 |
（參考資料來源）
成就系統
| 獎盃 | 獎盃名稱 | 獎盃達成條件 |
| 白獎 | 完全無欠のストームマスター | 獲得所有的獎盃 |
| 銅 | 燃える木ノ葉隠れ | 序章通關 |
| 銅 | 五影會談亂入 | 第一章通關 |
| 銅 | 再戦の約束 | 第二章通關 |
| 銅 | 闇ナルト攻略 | 第三章通關 |
| 銅 | 愛情を胸に | 第四章通關 |
| 銅 | 迫る忍界大戦 | 第五章通關 |
| 銅 | 忍連合の奮闘 | 第六章通關 |
| 銅 | 海岸線の闘い終結 | 第七章通關 |
| 銅 | 雷影の許しを得て | 第八章通關 |
| 銅 | クライマックス近し | 第九章通關 |
| 銅 | 忍界大戦を越えて | 最終章通關 |
| 銀 | 歩み始めた復讐者 | 斷章通關 |
| 銅 | 木ノ葉熱戦 | 「九尾襲撃の死闘」中以評價A通關 |
| 銅 | 木ノ葉の総力 | 「九尾襲撃の死闘」中以評價S通關 |
| 銅 | 五影騒然 | 「騒然の五影會談」中以評價A通關 |
| 銅 | 止まらぬ進撃 | 「騒然の五影會談」中以評價S通關 |
| 銅 | 摑んだ"答" | 「英雄と復讐者」中以評價A通關 |
| 銅 | 親友決戦を制して | 「英雄と復讐者」中以評價S通關 |
| 銅 | 力を得る者 | 「憎しみを越えて」中以評價A通關 |
| 銅 | 九尾圧倒 | 「憎しみを越えて」中以評價S通關 |
| 銅 | 七人眾、討伐 | 「脅威の七人眾」中以評價A通關 |
| 銅 | 最強の第3部隊 | 「脅威の七人眾」中以評價S通關 |
| 銅 | 消えた魔像 | 「激震の海岸線」中以評價A通關 |
| 銅 | その拳に宿る決意 | 「激震の海岸線」中以評價S通關 |
| 銅 | 全力の五影 | 「未來を懸けて」中以評價A通關 |
| 銅 | うちは穿つ五影の力 | 「未來を懸けて」中以評價S通關 |
| 銅 | 大戦終結 | 「最終決戦」中以評價A通關 |
| 銅 | 忍界の英雄 | 「最終決戦」中以評價S通關 |
| 銀 | 強敵倒せし者 | 在4場BOSS戰中獲得評價S |
| 金 | 強敵を制覇せし者 | 在所有的BOSS戰中以評價S通關 |
| 銅 | 隠された想い | 解放1個隱藏要素 |
| 銀 | 想いを集めし者 | 解放4個隱藏要素 |
| 金 | 幾萬の想いを胸に | 解放所有的隱藏要素 |
| 銅 | 隠された行動 | 成功進行1次秘密行動 |
| 金 | 瞬間の物語を知る者 | 成功進行所有的秘密行動 |
| 銅 | 準備萬端 | 裝備忍具 |
| 銅 | 新商品入荷 | 在道具屋中追加忍具的內容 |
| 銅 | 賢い買物 | 使用折扣券 |
| 銅 | 珠玉の一枚 | 得到★5的忍識札 |
| 銅 | とどめの連繫 | 使用連攜完成戰鬥 |
| 銅 | 一撃に秘められたモノ | 在戰鬥中達成奧義終結 |
| 銅 | 體術マスター | 連擊數達到50連擊 |
| 銅 | 華麗なる勝利 | 在沒有受到一次攻擊的情況下結束戰鬥 |
| 銅 | 吹き飛ばして大勝利！ | 在戰鬥中達成出界KO |
| 銅 | 忍び寄る影 | 在群戰中進行背後攻擊 |
| 銅 | 戦場の覇者 | 在群戰中使出burst攻擊 |
| 銅 | 忍界を駆ける | 前往過所有的村落 |
| 銅 | 初優勝 | 對戰中初次獲勝 |
| 銀 | 忍界年表全開放 | 完成所有的忍界年表 |
（參考資料來源）
配置要求
| 項目 | 最低配置 | 推薦配置 |
| 系統 | Windows XP Service Pack 3以上 | Windows XP Service Pack 3以上 |
| 處理器 | 2Ghz Dual Core / AMD equivalent | 2.3Ghz Quad Core / AMD equivalent |
| 顯示卡 | 顯存512MB以上，支持DirectX9.0c以上的圖形加速卡 | 顯存1024MB以上，支持DirectX9.0c以上的圖形加速卡 |
| 記憶體 | 2 GB | 4 GB |
| 硬碟 | 6 GB | 10 GB |
（參考資料來源）
遊戲評測
《火影忍者疾風傳：究極忍者風暴3》是一款綜合素質極高的漫畫改編遊戲，很好展現了作品魅力。遊戲的場景、人設、招式還原度極高，劇情貼合原作又有良好發揮。不過戰鬥系統還有待改進的空間。 （遊民星空評）
遊戲中角色動作的流暢度、人物模組與背景圖像的整合以及宛如動畫一般的光影表現。但是為了完全重現原作劇情，過場動畫份量非常多，也因此稍微破壞了遊戲的節奏感，不過畢竟是冬粉向的遊戲要求不能太高。 （遊俠評）
