溫州海洋研究院將原已存在的浙江省近岸水域生物資源開發與保護重點實驗室、中泰海洋技術聯合實驗室、海洋生態文明國際聯合研究中心、中國水產科學研究院海洋貝類研究室等四大重點實驗室統歸到研究院,並新設海洋研究中心、漁業研究中心、平台服務中心等三大中心,重點研究近海岸生物資源(主要包括浮游生物、底棲生物和漁業資源),並加以科學保護和開發。
溫州海洋研究院本部地點在浙江省溫州市河通橋6-1號。
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