歷史沿革
1989年，《湖泊科學》創刊，由中國科學院南京地理與湖泊研究所和中國海洋湖沼學會聯合主辦。當年出版1期。
1990年，出版了2期；1991年出版了1期。
1992年起，刊期為季刊。
2006年，《湖泊科學》改為雙月刊。每1、3、5、7、9、11月6日由科學出版社出版。
2010年1月起，開闢“研究快報”欄目。
2014年11月，《湖泊科學》成為原國家新聞出版廣電總局第一批認定學術期刊。
2016年起，《湖泊科學》只接受網站投稿系統投稿。
辦刊條件
欄目設定
《湖泊科學》設有研究論文、研究快報、綜述、研究報告、信息與動態等欄目。
編委成員
據2018年4月《湖泊科學》官網顯示，《湖泊科學》第六屆編輯委員會有顧問6人、委員60人，編輯部成員3人。
| 職務 | 姓名 | 職稱 | 單位 |
| 顧問 | 陳宜瑜 | 中國科學院院士 | 國家自然科學基金委員會 |
| 劉叢強 | 中國科學院院士 | 中國科學院地球化學研究所 | |
| 曲久輝 | 中國工程院院士 | 中國科學院生態環境研究中心 | |
| 王超 | 中國工程院院士 | 河海大學 | |
| 鄭綿平 | 中國工程院院士 | 中國地質科學院 | |
| 彭平安 | 中國科學院院士 | 中國科學院廣州地球化學研究所 | |
| 委員 | 夏軍 | 中國科學院院士 | 武漢大學 |
| 楊志峰 | 中國工程院院士 | 北京師範大學 | |
| 蔡慶華 | 研究員 | 中國科學院水生生物研究所 | |
| 常劍波 | 研究員 | 武漢大學 | |
| 陳敬安 | 研究員 | 中國科學院地球化學研究所 | |
| 單保慶 | 研究員 | 中國科學院生態環境中心 | |
| 丁永建 | 研究員 | 中國科學院寒區旱區環境與工程研究所 | |
| 范成新 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 古濱河 | 研究員 | 美國南佛羅里達州水資源管理局 | |
| 谷孝鴻 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 胡維平 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 黃真理 | 研究員 | 中國水利科學研究院 | |
| 金章東 | 研究員 | 中國科學院地球環境研究所 | |
| 孔繁翔 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 賴忠平 | 研究員 | 中國地質大學（武漢） | |
| 李偉 | 研究員 | 中國科學院武漢植物園 | |
| 劉家壽 | 研究員 | 中國科學院水生生物研究所 | |
| 劉正文 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所；暨南大學 | |
| 呂憲國 | 研究員 | 中國科學院濕地研究中心 | |
| 馬榮華 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 宋立榮 | 研究員 | 中國科學院水生生物研究所 | |
| 王洪鑄 | 研究員 | 中國科學院水生生物研究所 | |
| 王雨春 | 研究員 | 中國水利科學研究院 | |
| 王子健 | 研究員 | 中國科學院生態環境研究中心 | |
| 吳慶龍 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 吳艷宏 | 研究員 | 中國科學院、水利部山地災害與環境研究所 | |
| 肖舉樂 | 研究員 | 中國科學院地質與地球物理研究所 | |
| 謝永宏 | 研究員 | 中國科學院長沙農業現代化研究所 | |
| 徐跑 | 研究員 | 中國水產科學院淡水漁業研究中心 | |
| 晏維金 | 研究員 | 中國科學院地理科學與資源研究所 | |
| 羊向東 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 楊桂山 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 於革 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 張奇 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 張利民 | 研究員 | 南京師範大學 | |
| 張運林 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 趙艷 | 研究員 | 中國科學院地理科學與資源研究所；蘭州大學 | |
| 鄭丙輝 | 研究員 | 中國環境科學院 | |
| 朱立平 | 研究員 | 中國科學院青藏高原研究所 | |
| 安樹青 | 教授 | 南京大學 | |
| 陳振樓 | 教授 | 華東師範大學 | |
| 成水平 | 教授 | 同濟大學 | |
| 郭勁松 | 教授 | 重慶大學，中國科學院重慶綠色智慧型技術研究院 | |
| 雷光春 | 教授 | 北京林業大學 | |
| 李建宏 | 教授 | 南京師範大學 | |
| 李一平 | 教授 | 河海大學 | |
| 逄勇 | 教授 | 河海大學 | |
| 王國祥 | 教授 | 南京師範大學 | |
| 王沛芳 | 教授 | 河海大學 | |
| 王野喬 | 教授 | 江西師範大學 | |
| 徐福留 | 教授 | 北京大學 | |
| 許崇育 | 教授 | 挪威奧斯陸大學 | |
| 許有鵬 | 教授 | 南京大學 | |
| 楊柳燕 | 教授 | 南京大學 | |
| 尹大強 | 教授 | 同濟大學 | |
| 俞漢青 | 教授 | 中國科學技術大學 | |
| ErikJeppesen | 教授 | 丹麥Aarhus大學 | |
| JohnDearing | 教授 | 英國南安普頓大學 | |
| PaerlHans | 教授 | 美國北卡羅來納大學 | |
| 吳浩雲 | 教授級高級工程師 | 水利部太湖流域管理局 |
辦刊成果
研究發表
據2018年4月中國知網顯示，《湖泊科學》共出版文獻2608篇。
據2018年4月萬方數據知識服務平台顯示，《湖泊科學》載文量為1996篇。
收錄信息
《湖泊科學》被CA化學文摘（美）（2014）、JST日本科學技術振興機構資料庫（日）（2013）、Pж（AJ）文摘雜誌（俄）（2014）、EI工程索引（美）（2016）、CSCD中國科學引文資料庫來源期刊（2017-2018年度）（含擴展版）、北京大學《中文核心期刊要目總覽》來源期刊（2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）、中國科技論文統計源期刊（中國科技核心期刊）（中國科技技術信息研究所，萬方數據）、中文科技期刊資料庫（維普）、《中國學術期刊影響因子年報》統計源期刊（中國知網）、RCCSE中國核心學術期刊（武漢大學中國科學評價研究中心）、中國學術期刊綜合評價資料庫（中國知網）、萬方數據——數位化期刊群、中國期刊網、中國學術期刊（光碟版）全文收錄期刊、中國地理與資源文摘、中國生物學文摘、古生物學文摘、水文水資源文摘、中國學術期刊文摘等收錄。
影響因子
據2018年4月中國知網顯示，《湖泊科學》被總下載871987次、總被引55704次、（2017版）複合影響因子為2.027、（2017版）綜合影響因子為1.437。
據2018年4月萬方數據知識服務平台顯示，《湖泊科學》被引量為37533、下載量為85495。2015年影響因子為1.439，在全部統計源期刊（6735種）中排名第464名，在天文學、地球科學（226種）中排名第43名。
根據中國科學技術信息研究所 2017年10月公布的 2016年度中國科技期刊引證報告（核心版） , 《湖泊科學》綜合評價總分排名水文學、海洋科學類第一；其中， 影響因子為1.247（水文學、海洋科學類第一） ，總被引頻次達2416 次（水文學、海洋科學類第一）。
據中國科學引文資料庫（ CSCD ）2016年10月公布的統計數據，《湖泊科學》的影響因子為1.1417，總被引頻次2048次。
榮譽表彰
2010年、2012年、2013年、2014年、2015年、2016年、2017年7次獲“中國百種傑出學術期刊”稱號。
曾被評為中科雙效期刊。
文化傳統
•辦刊方向
《湖泊科學》主要報導湖泊（含水庫）及其流域在人與自然相互作用下資源、生態、環境變化的最新研究成果，刊載與湖泊科學有關的各學科（如物理學、化 學、生物學、生態學、地質學、地理學等）以及湖泊工程、流域綜合管理的理論性或套用性研究論文、簡報和綜述。
現任領導
| 職務 | 姓名 | 職稱 | 單位 |
| 主編 | 瀋吉 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 |
| 副主編 | 謝平 | 研究員 | 中國科學院水生生物研究所 |
| 楊敏 | 研究員 | 中國科學院生態環境研究中心 | |
| 吳豐昌 | 中國工程院院士 | 中國環境科學院 | |
| 秦伯強 | 研究員 | 中國科學院南京地理與湖泊研究所 | |
| 陳發虎 | 中國科學院院士 | 蘭州大學 | |
| 韓博平 | 教授 | 暨南大學 | |
| 李萬春 | 編審 | 《湖泊科學》編輯部，專職 |
