發展歷史
1959年8月8日，湖南省農業廳黨組向省委報告，請求成立湖南省水產科學研究所。
大門1959年12月4日，中共湖南省委批覆同意成立湖南省水產科學研究所，所址開始籌建在長沙市郊區國營綜合農場朝正大隊馬欄山，利用綜合農場部分魚池和房屋作為建所基礎。
1960年10月，湖南省水產局為了確保科研與生產相結合，報請中共湖南省委批准，所址搬遷沅江縣瓊湖鎮，原所址改設湖南省水產科學研究所長沙分所，繼續從事科研生產工作。
1961年，湖南省農業廳黨組研究，決定撤銷長沙分所，原分所的科技人員、行管幹部、工人與有關儀器設備全部搬遷沅江，房屋、基地全部無償移交長沙市副食品生產局。
1971年12月，湖南省革命委員會農林局通知，為了充實加強拓溪水庫漁場建設，發揮深水捕撈隊的更大作用，經省局黨委研究決定，將省水產科學研究所深水捕撈全部人員（包括幹部、工人）和所捕撈研究室的部分人員調往柘溪水庫漁場。
1973年，柘溪水庫下放安化、新化兩縣經營，原所屬深水捕撈隊和捕撈研究室的部分調出人員全部回所。
1978年5月，湖南省水產學會恢復活動，由學會常務理事會協商，學會辦公室設在省水科所。
規劃圖1996年7月，研究所遭受百年未遇特大洪災，全所368畝科研、生產試驗基地和27棟辦公、住宅樓全部被淹，平均水深4米多，被淹時間長達53天，大量科研魚苗、逃走、設施被沖毀，對研究所科研、生產造成毀滅性打擊。經農業廳核實，直接經濟損失938萬元。
2003年10月，為更好地促進水科所的搬遷，湖南省農業廳黨組決定，由研究所口管理湖南魚類原種場、湖南中華鱉原種場、湖南鱖魚原種場，同意水科所主體部分遷往長沙，建設湖南水產科技園。
2004年，湖南省發改委經省政府同意批准研究所搬遷項目 。
科研條件
人員編制
辦公樓據2018年1月研究所官網資料顯示，研究所共有乾職工134人，其中離退休人員48人。科技人員65人，其中研究員4人，副研究員29人，中級技術職稱32人，初級技術職稱9人 。
2004年以來，3位同志攻讀在職農業推廣碩士學位；10多位同志參加自學考試，獲得大專、本科文憑；20多位同志參加專業技術培訓；同時引進專業技術人員11人，其中博士1人，碩士7人，本科生3人 。
科研部門
據2018年1月研究所官網資料顯示，研究所下設湖南魚類原種場、湖南中華鱉原種場、湖南鱖魚原種場、農業部漁業產品質量監督檢驗測試中心（長沙）、湖南省水產引種育種中心、湖南烏龜良種場、湖南省漁業環境監測站 。
設施設備
據2018年1月研究所官網資料顯示，近十年來，特別是水科所主部分遷長以來，基本建設投資穩步增長，共獲得條件建設投資（包括自籌經費）1650萬元，其中購地費906萬元，綜合實驗樓和檢測中心建設346萬元，魚池改造費260萬元，其他費用138萬元。獲得專項及科研經費2100萬元，技術服務收入700萬元。
•固定資產
水科所從建所到2012年，三場一所的固定投資為4869萬元，其中單價20萬元以上儀器設備11台，364萬元，50萬元以上的儀器設備4台125萬元，房屋面積10716m 。
•基礎設施建設
土地徵用689881.2㎡
房屋建設10716㎡
近10年，投資50萬元，購置桌上型電腦47台，手提電腦5台，在綜合實驗樓安裝一套主幹為16M光纖網，實現了與外界的INTERNET相聯。
電力設施、供電線路、多功能會議室、有線電視網路、LED顯示屏、LED亮化工程 。
1.土地徵用689881.2㎡
2.房屋建設10716㎡
3.近10年，投資50萬元，購置桌上型電腦47台，手提電腦5台，在綜合實驗樓安裝一套主幹為16M光纖網，實現了與外界的INTERNET相聯。
4.電力設施、供電線路、多功能會議室、有線電視網路、LED顯示屏、LED亮化工程 。
學術資源
據2018年1月研究所官網資料顯示，研究所收集整理了分布於湖南省各地的160餘種魚類，並據此建立了湖南省品種最全的魚類標本室；還設立了湖南省收集國內外水產科技情報最為齊全的圖書資料室，存有國內外水產專業圖書、期刊20多萬冊 。
科研成就
科研成果
據2018年1月研究所官網資料顯示，多年來，研究所先後承擔了98個水產科研項目。其中國家重點科研項目14個，省部級重點科研攻關項目66個，省廳科研項目18個。共獲得各級成果獎68項。其中榮獲國家科技進步獎4項，國家發明獎1項，全國科學大會獎2項，省部級科技進步獎28項，省農業科技進步獎25項，湖南省85、86年十大科技成果獎2項，其它獎勵6項。另外還有4項科研成果獲得國家專利。
水科所九·五期間共承擔各類科研課題8項，已完成6項（83-2系抗病草魚和三峽課題仍在進行中），研製開發魚藥新品種3個，獲各級政府和部門獎勵8項，其中獲國家發明獎1項，省科技進步三等獎3項，省農業科技進步二等獎2項，三等獎1項，農業部監測成果一等獎1項。 1982年大鯢首次在研究所繁殖成功，為大鯢的繁育研究邁出了關鍵性一大步；1980年，研究所首次獲得草鯉異源四倍體，這是世界上首例人工獲得的魚類異源四倍體，這一發現開闢了草魚抗病育種的新途徑，對整個魚類育種都有重大意義。
研究所於1983年選育出83-2系抗病草魚，已選育到了第7代。通過雜交研究培育的芙蓉鯉年平均推廣面積達50萬畝，年新增產值達0.5億元；研製的草魚出血病疫苗年推廣面積達100萬畝，年增產值過億元；以安鄉珊珀湖、華容東湖為試點的大水面開發研究，在全國的年推廣套用面積達130萬畝，年新增產值達1.5億元；稀土育珠技術，縮短養殖周期18個月；甲魚工廠化養殖技術和名特優水產品配合飼料已在全國10多個省、市推廣套用。各項科研成果的套用累計為社會增創漁業產值86億元 。
學術刊物
水科所家屬樓《內陸水產》（月刊）創刊於1991年，面向國內外公開發行，並於1998年獲得全國優秀水產期刊評比一等獎，2003年初評為全國優秀水產報刊二等獎，年發行量最多達20多萬冊 。
《當代水產》創刊於1979年，由湖南省畜牧水產局主管，湖南省水產學會和湖南省水產研究所共同主辦，湛江市騰氏文化傳媒有限公司協辦。2008年，《當代水產》通過版面和內容上的一系列改革，完成了從學術性刊物到市場型刊物的轉變。《當代水產》雜誌包含行業動態，行業盤點，人物訪談，會議報導，縱觀評點，病害測報，技術學堂，科研園地，行業故事，你說我說，後院書吧，信息特欄，市場行情等多個欄目 。
文化傳統
•所徽
湖南省水產科學研究所研究所所徽主體由兩條魚構成，代表著研究所的主要職責為以魚類為主的水產研究；所徽的主色調為藍色、淡藍色、綠色，為水和水生生物的顏色；最下方為1959，是研究所的建所時間。
•領導題詞
湖南省水產科學研究所
湖南省水產科學研究所現任領導
所長：伍遠安
副所長：李傳武、喻德良、王冬武
總工程師：廖伏初
紀檢書記：李成
工會主席：馬忠民
