歷經風雨
1937年抗日戰爭爆發後，土木工程系隨學校南遷長沙、昆明，以本係為主成立西南聯合大學土木工程系，設結構、鐵路道路、水利、市政衛生四科。1946年土木工程系遷回清華園。
清華大學土木工程系新中國成立後,1952年全國高校院系調整，北京大學、燕京大學的土木系併入清華大學土木系，設有工業與民用建築設計、建築施工、給排水、暖通、建築材料五個專業，學制5年。同年水利學科單獨建立水利水電工程系。1960年與建築系合併成立土木建築系。1966年“文化大革命”爆發，停止招生數年。到1970年招收第一屆工農兵學員。同年，土木建築系改稱建築工程系。
1977年恢復統一考試，招收“文革”後的第一批本科生，1978年招收“文革”後的第一批研究生。1979年暖通專業調入熱能工程系。1980年建築工程系分成建築系、土木與環境工程系，1984年土木與環境工程系又分為土木工程系、環境工程系。1986年土木工程系增設“建築管理”專業。
成立背景
2000年，為適應形勢的需要，在土木工程系和水利水電工程系的基礎上成立了土木水利學院，同時在建築管理專業的基礎上組建了建設管理系。
歷任系主任
李慶海 1946-1948
陶葆楷
1940-1946年任昆明西南聯大教授兼土木系主任。
1946-1948年任清華大學土木系教授、土木系主任並代理工學院院長。
1948年在美國哈佛大學進行訪問研究半年，任台灣大學土木系教授。
1949-1950年任廣州嶺南大學教授。
1950-1952年任北京大學工學院土木系教授，兼任衛生工程系主任。
1952-1954年任清華大學土木系教授，給水排水教研室主任。
1954-1956年任清華大學土木系教授，土木系副主任。
1957-1959年任清華大學土木系教授兼系主任
1960-1966年任清華大學土木建築系教授兼系主任
王國周 1980-1984
江見鯨 1996.07-1997.11
劉西拉 1997.02-1998.01
辛克貴
1998.01-1998.07
1992.04-1998.02 清華大學土木工程系，副系主任
1998.01-1998.12 清華大學土木工程系，系主任
1998.11-2003.06 清華大學熱電聯供工程項目建設辦公室，主任
2001.11-2002.01 清華大學土木水利學院，副院長
2003.06-2011.12 清華大學土木水利學院，常務副院長
袁 駟
宋二祥
1998.07-2012.01
