歷史沿革
淮安慈雲禪寺慈雲禪寺原名慈雲庵，始建於明代萬曆二十年（1592年）的慈雲庵，清康熙十四年（1675年）八月，被清世祖順治皇帝敕封為：
“大覺普濟能仁國師”的玉琳通琇禪師，屏侍獨行，擔簦行腳至清江浦，因觸熱而入慈雲庵掛單。數日後，自知終期，於初十日索浴趺坐，說偈而逝。圓寂後，寺人自其遺物方知為國師，急報官府轉奏朝廷。清聖祖康熙皇帝頒詔並派大臣主持荼毗、厚葬，並撥款重修慈雲庵。國師遺骨則由其嗣裔歸葬浙江，塔於西天目。
清雍正
雍正十一年（1733年），清世宗雍正皇帝訪得玉琳國師後裔天曉實徹禪師於揚州高旻寺，詔入京召對，十三年（1735年），“復以清江浦慈雲庵為大覺國師圓寂之所”，下詔改庵為寺，命天曉實徹住持。並撥淮關銀照大叢林式興建，親書題賜“慈雲禪寺”匾額，命時任內務大臣、淮關監督年希堯督建。
清乾隆
乾隆四年（1739年），大功告成。新建成的慈雲禪寺占地二十五畝，五重殿宇，東西配殿、樓閣齊備，飛檐翹角，雕樑畫棟。寺中遍植松柏花草，門前影壁高大，牌坊精美，頓成江淮首剎。清高宗乾隆皇帝頒賜《龍藏》供奉，賜置香光地三十八頃五十八畝於阜寧陳家浦。後又屢賜紫衣、傘蓋、如意、藤杖。乾隆四十五年（1780年）和四十九年（1784年）兩次南巡時，均入寺瞻禮，並書匾、題詩、作聯。
清鹹豐
鹹豐十年（1860年）捻軍李成一部，攻占清江浦，慈雲禪寺全部毀於戰火。同治元年（1862年）寺僧靜修以“道場荒蕪，引為己
清光緒
憂”，籌資重建。歷經二十年艱辛，終於光緒七年（1881年），恢復舊貌，並略有添建。民國七年，慈雲禪寺的“大雄寶殿”再次毀
於大火。
解放後
淮安慈雲禪寺國師塔由於連年戰亂，慈雲禪寺因年久失修而頹敗。解放後，寺院房產被房產部門接管，並先後被花紗布公司和五金公司占用，1986年，經省宗教局於淮陰市政府協調，終歸還佛教。
現狀
慈雲禪寺於1994年基本修復並正式對外開放。經過十多年的努力，慈雲禪寺已以嶄新的面貌，為眾多的佛教徒和廣大的人民民眾服務，為建設繁榮、和諧的社會主義社會貢獻力量。
