慈雲禪寺﹐原名慈雲庵﹐始建於明萬曆四十三年（公元1615年）。清順治十五年（1656）﹐清世祖福臨召當時的武康名僧玉琳進京﹐對之“慰勞優渥”﹐送居萬善殿﹐不時前往“臨訪道要”﹐“恨相見之晚﹐特賜號大覺禪師。”後又晉封“大覺普濟能仁國師”﹐名聞一時。康熙十四年（1675）﹐已近垂暮之年的玉琳國師隻身雲遊﹐掛單于淮安府（今淮陰）慈雲寺﹐八月十日說偈跌坐而逝﹐為佛法作了最後一次布施﹐以自己的肉身來興隆此一方道場。玉琳國師的肉身尚存﹐文革中被好心人掩埋﹐一時沒下落﹐現正在尋找﹐相信會有重現的一天。他是歷史上作為國師身份的僧人成就肉身的唯一。雍正十三年（1735）﹐清世宗以清江浦慈雲庵為大覺圓寂之所﹐詔撥淮關銀照大叢林式興建﹐置香火地﹐命內務大臣﹑淮關監督年希堯督建此寺﹐欽賜《慈雲禪寺》匾額﹐改庵為寺﹐至乾隆四年（1739）大功告成。建有鍾﹑鼓二樓﹐東﹑西牌樓，上書為朕親臨﹐文官下轎﹐武官下馬。殿院前後五進﹐依此為山門殿﹑金剛殿﹑大雄寶殿﹑藏經殿﹑國師殿。大山門上懸掛著雍正皇帝欽賜匾額﹐殿內佛像莊嚴﹐殿宇華麗壯觀﹐寺內花木蔥鬱。其後﹐又屢蒙皇帝賜紫衣袈裟﹑賜藏經﹑傘蓋經﹑玉如意﹑藤杖面等﹐遂名躋江淮﹐成為大叢林。乾隆帝曾二度於南巡時到寺內瞻禮﹐欽賜匾額《慧照常圓》﹐
並留下詩文《慈雲寺瞻禮》﹑《慈雲寺瞻禮迭庚子詩韻》......
鹹豐十年﹐慈雲寺部份殿堂毀於兵燹。同治元年（1862）﹐寺住持僧靜修矢志興復﹐集資重建﹐經營二十餘年﹐復厥舊觀。計占地1.6萬平方米左右。是時宮殿盤郁﹐瓊樓玉宇﹐飛檐流丹﹐佛塔高聳﹐精湛工藝﹐巧奪天工。
民國七年（1918）﹐慈雲寺大雄寶殿毀於火。寺廟從此日漸頹敗。六十年代﹐被市五金公司挪用為庫房。院內僅存天王殿﹑藏經殿﹑國師殿及部份羅漢堂。
1986年﹐江蘇省人民政府批覆同意慈雲寺修復開放﹐列為省重點寺廟之一。89年天王殿收回﹐93年6月藏經殿﹑國師殿﹑羅漢堂重歸佛門﹐11月五金倉庫從寺內全部搬出。收回的殿堂由於年久失修﹐已破敗不堪。柱歪梁斜﹐屋面下沉﹐牆角攤塌﹐屋頂通風透亮。為此﹐本寺方丈德林大和尚﹐想方設法重修慈雲寺。據從護法們的多年努力，目前屋面已重修﹐攤塌的牆面磚已全部更新粉刷﹐並換上了雕花門窗。還在市政府的支持協助下﹐解決了山門殿原址上五戶居民和慈雲街農貿市場搬遷等問題﹐使山門得以重建。
目前﹐新建的山門殿上﹐鑲嵌著全國佛教協會會長趙朴初老居士親筆題寫的“慈雲禪寺”金字匾額。天王殿﹑藏經殿（暫代大雄寶殿）﹑國師殿已修茸一新﹐還將原庫房改建成三聖殿﹑地藏殿﹑觀音殿及禪房﹑齋堂﹑僧人宿舍等﹐重建的
慈雲寺於94年12月15日正式對外開放。寺中諸法師﹑居士們為了更好的宏揚正信佛法﹑莊嚴國土﹐利樂有情﹐已收回慈雲一條街﹐計20多畝﹐正籌劃修建﹐以恢復慈雲寺金碧輝煌的原貌。
慈雲寺同樣也以道場的清淨感得天南地北的諸多居士慕名來此修學﹐並自願在寺廟中幫忙。寺里事務很多﹐因為香客不斷﹐木﹑瓦﹑漆工也一直不停地在做著修建工作﹐各位僧人﹑居士也都各住其位﹐各司其職﹐有條不紊﹐辛勤忙碌不停﹐將修學佛法融合於行住坐臥之中。
這裡佛像莊嚴﹐道場清淨﹐儀律威嚴﹐學風端淳。晨鐘暮鼓﹐早晚上殿禮拜諷誦﹐飯食經行﹐無一不按叢林儀軌而行。
今日慈雲寺之所以成為四眾弟子嚮往歸投的清涼世界﹐既是佛菩薩憫有情之慈悲加被﹐也秉持玉琳國師家風﹐嚴守戒規﹐廣行菩薩道是分不開的。歷代方丈從不攀外緣﹐不結交權貴﹐也囑咐弟子們不管現在將來﹐即使寺里一分錢也沒有﹐餓死凍死也絕不為金錢攀俗緣﹑趕經懺﹑外出做佛事﹐不拿如來袈裟換飯吃﹐不將佛法送人情﹐不走過場打什麼觀音七﹑地藏七﹐要做就做專修的念佛七。
慈雲禪寺﹐就是這樣一座十方叢林﹐這么一處菩薩道場﹐是我們修學佛法成就佛道的活水源頭。我們在這裡體會到了菩薩道精神﹐看到了佛法於末法時期中興的曙光。
