洪先生指著一塊寫有“奉天承運、皇帝制曰”和“福建台灣府彰化縣”等字樣的清代牌匾對記者說，這塊牌匾充分證明了，台灣在清朝早期時就是福建省的一個府。
除了3萬多件記錄兩岸歷史淵源的珍貴文物外，洪明章還有兩件最引以為豪的藏品——國民黨主席馬英九和國民黨名譽主席連戰為“海峽兩岸博物館”的親筆題詞。連戰先生、馬英九先生得知他在廈門開了間頗具規模的私人博物館，並以一己之力為保留兩岸的民俗文化遺存做出貢獻，深為感動，欣然為其題字。洪明章說：“這兩幅題詞是對我開辦海峽兩岸博物館最大的鼓勵，肯定了台灣自古以來就是中國不可分割的一部分。創辦海峽兩岸博物館就是為了保存歷史、重溫歷史、尊重歷史，讓更多的人記住兩岸是密不可分的一家人。兩岸人民血濃於水，情深似海。”
走進海峽兩岸博物館，展館的展品被劃分為三十個專題，涉及閩台文化、歷史名人、閩台官方文書、民間老行當、閩南戲劇、婚嫁、宗祠牌匾，閩台農業、民間信仰、兩岸風俗、兩岸姓氏與宗祠、科舉考試以及兩岸民間生活用具、老行當以及鼓浪嶼西洋器物等多個系列。其中閩台文化系列收藏有閩台文化交流文物300多件。
在兩岸農業專題里，展出的物品表明了當年“台灣三寶”——樟腦、茶業和糖的開發與閩南人民的赴台開墾有密不可分的關係。有意思的是，他從民間收集到了當年制茶、製糖、制樟腦的一些今天看起來很笨拙的器具，但這些器具則真實地反映了兩岸人為打響“台灣三寶”所付出的辛勞；在民俗展品中，有閩台婚嫁八大件：花轎、禮籃、喜帳、燈燭、妝奩等，其中的喜帳是清代的遺物，繡制精美，上面還題著台灣高雄的母舅為同安外甥的新婚賀語；在科舉考試部分，有一份林爾嘉的祖父林國華在同安雙溪書院就學時的試卷，洪先生告訴我們，在歷史上台灣許多學子大都是拜在大陸閩南名儒門下，並且學有所成。台北板橋林家的林國華在同安學習的這份試卷原是被當成廢紙賣給販子的棄物，後在廈門被收集到。
