首批基地：（共20個）2008年12月28日
1、中國移動通信集團有限公司
2、神華集團有限責任公司
3、東風汽車公司
4、國家核電技術有限公司
5、中國商用飛機有限責任公司
6、北京大學北京分子科學國家實驗室
7、清華大學工程科學與技術研究中心
8、華中科技大學武漢光電國家實驗室
9、中國科學技術大學微尺度物質科學國家實驗室
10、上海交通大學船舶與海洋工程國家實驗室
11、中國科學院金屬研究所瀋陽材料科學國家實驗室
12、中國科學院物理研究所
13、中國科學院上海生命科學研究院
14、中國農業科學院
15、中國醫學科學院
16、中關村科技園區
17、西安高新技術產業開發區
18、上海張江高科技園區
19、武漢東湖新技術開發區
20、無錫高新技術產業開發區
第二批基地：（共47個）2009年10月22日
1、中國核工業集團公司
2、中國石油天然氣集團公司
3、中國石油化工集團公司
4、中國海洋石油總公司
5、國家電網公司
6、中國華能集團公司
7、中國國電集團公司
8、中國長江三峽集團公司
9、中國電信集團公司
10、中國電子信息產業集團公司
11、中國第一重型機械集團公司
12、鞍山鋼鐵集團公司
13、寶鋼集團公司
14、武漢鋼鐵集團公司
15、中國鋁業公司
16、中糧集團有限公司
17、中國建築材料集團公司
18、深圳華為技術有限公司
19、中興通訊股份有限公司
20、青島海爾集團公司
21、奇瑞汽車股份有限公司
22、天津國際生物醫藥聯合研究院
23、北京生命科學研究所
24、中國科學院大連化學物理研究所
25、中國鋼研科技集團公司
26、中國林業科學研究院
27、中國科學院深圳先進技術研究院
28、中國科學院地質與地球物理研究所
29、復旦大學
30、浙江大學
31、南京大學
32、西安交通大學
33、哈爾濱工業大學
34、成都高新技術產業開發區
35、深圳高新技術產業園區
36、天津濱海高新技術產業開發區
37、蘇州工業園區
38、杭州高新技術產業開發區
39、楊凌農業高新技術產業示範區
40、上海紫竹科學園區
41、大連高新技術產業園區
42、鄭州高新技術產業開發區
43、上海楊浦知識創新基地
44、廣州經濟技術開發區
45、廈門火炬高新技術產業開發區
46、上海國際汽車城
47、重慶北部新區
第三批：（共45個）2011年12月20日[3]
1、中國航天科技集團公司
2、中國航空工業集團公司
3、中國兵器工業集團公司
4、中國兵器裝備集團公司
5、中國聯合網路通信有限責任公司
6、中國中化集團公司
7、中國化工集團公司
8、中國大唐集團公司
9、中國華電集團公司
10、中國南方電網有限責任公司
11、中國東方電氣集團公司
12、中國第一汽車集團公司
13、國家開發投資公司
14、無錫尚德太陽能電力有限公司
15、廣州汽車集團股份有限公司
16、新奧科技發展有限公司
17、中投公司
18、中山大學
19、吉林大學
20、四川大學
21、北京航空航天大學
22、廈門大學
23、蘇州大學
24、上海財經大學
25、中國氣象科學研究院
26、寧夏林業研究所
27、中國科學院生物物理研究所
28、合肥公共安全技術研究院
29、北京經濟技術開發區
30、天津經濟技術開發區
31、包頭國家稀土高新技術產業開發區
32、哈爾濱高新技術產業開發區
33、上海陸家嘴金融貿易區
34、上海漕河涇新興技術開發區
35、江寧經濟技術開發區
36、崑山高新技術產業開發區
37、常州科教城
38、泰州醫藥高新技術產業開發區
39、浙江海外高層次人才創新園
40、寧波國家高新技術產業開發區
41、南昌國家高新技術產業開發區
42、濟南高新技術產業開發區
43、長沙國家高新技術產業開發區
44、廣州天河科技園、軟體園
45、深圳市前海深港現代服務業合作區
