職能配置
根據《海南州人民政府辦公室關 於印發州交通局職能配置內設機構和人員編制方案的通知》（南政辦[2002]59號），州交通局的職責是：
1、 執行國家公路、水路交通發展戰略、方針、政策和法律、法規；擬訂全州公路、水路交通行業的發展規劃、中長期計畫和年度計畫並監督實施；負責交通行業統計和信息引導工作。
2、 負責對國家重點物資運輸、緊急客貨運輸進行調控；組織實施縣鄉公路、水路交通工程基礎設施建築項目的立項審查和重大科技項目審報工作。
3、 指導全州交通行業體制改革；維護公路、水路交通行業的平等競爭秩序；引導交通運輸行業最佳化結構、協調發展。
4、 組織全州公路及其設施的建設、養護、規費稽徵，路政管理；負責汽車維修市場、汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業管理。
5、 組織全州水路及其設施的建設、養護、規費稽徵； 負責水上運政管理和水上交通安全監督、港檢、船檢、救助打撈、通信導航工作。
6、 執行交通行業科技政策、技術標準和規範；組織科技研究、開發、推廣套用；指導交通行業中等專業教育和成人教育以及職業技術教育工作。
7、 負責交通經濟協調工作協調縣鄉公路、水路建設等有關事宜。
8、承辦州政府交辦的其它事項。
下設機構
海南州路政管理所
依據州編制委員會南機編（2008）03號檔案《關於成立海南州路政管理所的的通知》，海南州路政管理所的主要職責：
1、貫徹公路管理的方針、政策；
2、具體管理縣鄉道路；
3、負責公路路政管理。
公路運輸管理處
依據南政[1986]第67號《關於成立海南州公路運輸管理處的批覆》，海南州公路運輸管處的主要職責：
1、統一管理全州公路運輸業務，貫徹執行國家公路運輸的方針、政策，制定地方公路運輸的法規；
2、編制全州公路運輸發展的中長期規劃；
3、制定與實施公路運輸價格；
4、下達指令性運輸計畫；
5、管理運輸市場，協調運輸企業之間的關係，仲裁重大運輸糾紛；
6、開展運輸信息和諮詢服務等。
海南州地方海事局
根據國務院辦公廳《關於轉發交通部水上安全監督管理體制改革實施方案的通知》（國辦發[1999]54號）、交通部《關於規範地方水上安全監督機構名稱的通知》（交海發[1999]673號）精神，結合我州實際，經研究，以南機編辦（2007）76號文《關於海南州龍羊峽庫區水上交通安全監督管理局更名為海南州地方海事局的通知》，同意成立海南州地方海事局。
負責港航、航政及其港口、航道監督管理；查處水上交通安全事故，糾正違章；負責船舶檢驗、認證；組織實施水上救助打撈、通訊導航。
根據《中華人民共和國水路運輸管理條例》等有關法律法規授權，代表州政府交通主管部門行使對全州水路運輸行業的統籌規劃、組織協調、監督管理和服務的管理機關。
1、貫徹執行國家有關水路運輸的方針政策及法律、法規。
2、制定全州水運管理等方面的行業政策、條例及法規性檔案，按立法程式批准後組織監督實施。
3、編制全州水路交通行業的發展規劃及年度計畫。
4、負責全州水上基礎設施規劃、建設、養護以及運政管理、規費徵收、航政管理。
5主管全周水路運輸事業，審批水路運輸經營業戶資質，核發水路運輸經營證書。
6、培育開發和監督管理水路運輸市場秩序，查處非法、違章營運，協調和仲裁水路運輸糾紛，維護水路運輸市場的平等競爭秩序。
7、承辦州交通局交辦的其他事項。
