元朝時期
義大利方濟各會會士約翰·孟德高維奴，受東羅馬教皇尼古拉斯第四之派遣，往東傳播天主教。元至元三十一年（1294年），在汗八里（北京）建立中國第一個主教區。元皇慶二年（1313年），在泉州建立主教區，日辣多為第一任主教。元延祐五年（1318年），哲拉德和貝來格理諾繼任。時泉州城“雄壯華麗”的第一座大聖堂，是一位富有的亞美尼亞主太建造的。元至治二年（1322年），義大利方濟各會會士鄂都立克同一位修士到泉州，他們看到泉州有兩座教堂。同年，安德肋·貝魯亞繼任泉州主教，在他的任上又建造一座教堂，“堂中有辦公室，足敷二十二僧之用。另有四室，皆可為教務上高官之行台。”元泰定三年（1326年），安德肋·貝魯亞逝世。泉州主教區的繼任人是義大利佛倫斯人哲姆斯和威廉·甘勃尼。元至正六年（1346年），歐洲大遊歷家馬黎諾里到泉州，記述泉州有方濟各會教堂三座。元至正十七年到至正二十六年(1357－1366年)，泉州發生“亦思巴奚兵亂”，戰火瀰漫泉州、惠安、莆田、福清和福州。其時張士誠、陳友諒、朱元璋、方國珍、陳友定等兵起，泉州天主教得不到元延資助，故哲姆斯主教離去。
明朝萬曆時期
明萬曆三年（1575年），西班牙天主教奧士定會士德·拉達大主教到達泉州，向興泉道官尹要求允許居留和傳教，但遭到拒絕。明天啟五年（1625年），大學士葉向高邀請天主教艾儒略教士來福州，艾氏曾到泉州府城和永春縣傳教，吸收了數百名教徒。明崇禎八年（1635年），天主教教士聶伯多到泉州傳教。至崇禎末年，因教會以尊重中國文化為前提的傳教方式，得到泉州士大夫和下層民眾的支持，教會發展很快。時泉州地區有13座天主教堂。據陽瑪諾《唐景教碑頌正詮》載，明崇禎十一年（1638年），泉州城東郊、水陸寺、東湖畔等三處，各發現一方十字架石刻，分別移入“桃花堂”、“聖堂”保存，這表明那時泉州城內有天主教堂。
以“西來孔子”著稱的艾儒略，尊重中國傳統文化，得到福建士大夫的讚許，閩中流聚集福州與艾氏論道。《熙朝崇正集》收集閩中諸公贈艾氏之詩。據統計，贈詩的71人當中，有22位泉州的名流。他們是溫陵（泉州的別稱）的張瑞圖、何喬遠、張維樞、林當楫、莊際昌、周廷鑨、蘇負英、鄭之鉉、郭 #$%&、黃鳴晉等10人；同安縣的黃文炤池顯方等2人；晉江縣的蔡國錫、李文寬、陳維迭、李世英、許日升等5人；桃源縣(永存)的鄭璟、方尚來、潘師孔等3人；清源（泉州別稱）的謝懋明和龍潯（德化縣）的林燧。
張瑞圖在詩里表明他對天主教學說的看法，認為天主教與孔孟之道是“相羽翼”、“互原委”的相輔互補關係。泉州舉人張賡等人隨艾氏為隨行書記。張賡又為艾氏儒略《五十言余》、孟儒望《天文學略義》和龍華民《對若撒法行實》等西方天主教神父的神學著作校訂和作序。此外，張賡還讓自己的兒子張識至艾氏處，為艾氏的弟子執事。艾儒略又廣泛接觸社會下層的農、工、商，甚至異教的僧侶亦不排斥。
明永曆時期
明永曆三年（1649年），艾儒略逝世。西班牙多明我會教士控制福建傳教事務，他們否定艾氏的傳教方式，“禁止祭孔、祭祖先”。清康熙四十三年（1704年），羅馬教廷通過特別通義，支持福建宗座主教顏璫提出的禁止中國教徒“用中國禮儀”。於是康熙皇帝下令驅逐顏璫出境。清雍正二年（1724年），雍正皇帝下諭，禁止傳習天主教。自雍正至道光間的一百多年間，天主教被禁絕了。
清朝時期
鴉片戰爭後，中英簽訂了《南京條約》，西方傳教把這個不平等條約看作“好像一朝出離幽冥，重睹青天”，天主教再次傳入泉州。清同治五年（1866年），西班牙多明我會派教士由廈門到泉州傳播天主教，因為受泉州民眾的抵制，未能開展傳教工作。清光緒九年（1883年），天主教福建教區分為福州和閩南(即廈門)兩個教區。泉州屬廈門教區管轄。光緒二十一年（1895年），西班牙多明我會遣教士斯拉賓·莫牙，自澳門抵漳州。光緒二十八年（1902年），廈門教區黎亞爾派莫牙（華名任道遠）神父到泉州傳教，住持泉州天主教堂，發展教徒黃廷標等人。時教堂在城內奎霞巷。莫牙神父擅長建築設計，自己設計哥德式教學一座，在教徒陳光純的捐資支持下，教堂坐落於花巷許厝埕，至今猶存。
民國時期
泉州的旅菲華僑很多，其中有不少是天主教徒，他們熱愛教會事業。如著名的陳光純、洪明炭等人，以財力襄助教會。民國11年（1922年），莫牙神父為發展教會事來，倡議在泉州舉辦天主教會學校。陳光純奉獻自己的大部分居屋作為天主教會啟明女子校舍，並承擔全部辦學的經費。莫牙祖父兼任校長。陳光純長女陳慈義任教務長和總務長，陳氏第三女陳淑美、四女陳淑璣，亦在學校任教。還有其他教員20多人，師資力量較強，如龔念平、伍喬年、吳藻汀、張仰薇等人教學質量較高。啟明女子完全國小，後又擴大辦師範班，增設國中部，創國文專修院等。吸引了廈門、漳州、晉江和南安的天主教徒的子女上學。此外，20世紀20至40年代，晉江的青陽、石獅和永春等地，都有西班牙多明我會教士的活動。
抗日戰爭期間，泉州的天主教與外國教會失去聯繫，僅靠教徒捐獻難以維持。於是把花巷許厝埕教堂出租給紡紗廠，教堂搬遷至許厝埕原啟明女子學校的二樓，三樓由民國政府法院租用。抗戰勝利後，收回教堂。民國34年（1945年），莫牙神父病逝，葬許厝埕教堂里。西班牙多明我會派教士安撫民繼任。泉州天主教會參加控訴美帝國主義侵略朝鮮罪行和捐款支援抗美援朝活動。
新中國時期
“文化大革命”期間，泉州天主教會停止活動。1983年，泉州天主教堂獲準開放，並恢復宗教活動。1986年夏，泉州天主教組織朝聖團到上海佘山參加盛大朝聖活動。1990年5月，派代表參加福建天主教愛國會代表會議。1992年夏，發動教徒捐款，救濟閩北受洪水災害的教徒。
