研究興趣
整合現代生物醫學數據，通過模式識別和系統建模，尋找個性化疾病診斷、治療和預後的生物標誌物
研究領域
疾病相關基因的生物信息學與系統生物學研究
1. 高通量數據分析（包括下一代測序技術）在癌症系統中的套用； 2. 疾病相關的重要生物網路的系統生物學模擬； 3. microRNA的生物信息學研究 ；4. 疾病相關蛋白質變異資料庫和蛋白質功能位點的分析
經歷
2008年夏任蘇州大學系統生物學中心特聘教授、主任，兼任蘇州大學生命科學院生物信息學系主任
2005年起任同濟大學生命科學院生物信息學教授，博士生指導老師；
2004年1月任芬蘭坦佩雷大學助理教授(生物信息學)；
2000年在芬蘭坦佩雷大學轉向生物信息學研究；
1999年5月任復旦大學化學系副教授(物理化學)
1997年畢業(博士)於復旦大學化學系：
學術任職
1.中國運籌學會計算系統生物學分會：副理事長；2.國際期刊編輯：1) BMC Research Notes； 2）Frontiers in Neurogenomics； 3. 十多家國際重要學術刊出版社特邀評審員：
教學
1.統計力學（Statistical Mechanics，復旦大學，1997-1999）
2.R語言及其套用(R programming， University of Tampere，Finland 2004-2008)
3.結構生物信息學（Structural Bioinformatics，University of Tampere，Finland 2004-2008)
4.基因組信息學(Genome Informatics with Perl, 同濟大學 2006-2007)
5.基因晶片數據分析(Microarray data analysis, University of Tampere，Finland 2004-2008)
6.分子系統發生學（Phylogenetics, University of Tampere， 2004-2008）
7.蛋白質組信息學(Proteome Informatics with R，同濟大學 2006-2009)
8.系統生物學基礎與套用(Systems Biology, University of Tampere，Finland 2004-現在)
9.計算生物學 （蘇州大學 2008-現在）
10.免疫信息學與系統生物學 （蘇州大學 2008-現在）
等課程。
主要成就
1. 疾病相關胺基酸變異與生物功能關係的模型建立、軟體開發與高通量計算分析（2009.1-2011.12, 國家自然科學基金，主持）
2. 整合分析組學數據、尋找前列腺癌相關的microRNA調控模組（2011-2011，國家自然科學基金主任基金，主持）
3. 前列腺癌相關生物模組和通路的資料庫構建及其功能分析 (2012-2015, 國家自然科學基金面上項目, 主持）
4. IL－1 a 在肝臟慢性炎症及腫瘤發生過程中的作用及其對機體免疫應答的影響（“非可控性炎症惡性轉化的調控網路及其分子機制”重大研究計畫培育項目，2011-2013，共同主持）
5. 白血病相關生物網路模組和反應通路的資料庫構建與功能分析（2012-2014，高等學校博士學科點專項科研基金，主持）
6. 微小RNA在若干重要器官發育中的網路調控機理及其功能(2007.1, 973計畫，參加，負責微小RNA生物信息學與系統生物學)
7. 組織幹細胞的乾性維持、分化控制和免疫調節研究 (2010.1, 973計畫，參加，負責生物信息學與系統生物學)
8. 系統生物學專業研究生跨學科培養模式的實踐與探索. （江蘇省2009年度研究生教育教學改革研究與實踐課題，重點課題，主持）
9. 蛋白質生物功能位點的生物信息學預測:算法與軟體開發 (教育部留學人員回國基金, 2008)
10. 系統生物學模式的新型肝癌智慧型診療技術 (蘇州國際科技合作計畫, 2012)
參編書籍
1. Riccardo Concu, Gianni Podda,Bairong Shenand Humberto González-Díaz; Entropy analysis of enzymes withQSAR, partial order, and 3D-contact networks. Chapter 7 in “Topological Indices for Medicinal Chemistry, Biology, Parasitology, Neurological and Social Networks”. ISBN, 978-81-7895-489-9, Editor(s) : Humberto González-Diaz and Cristian Robert, Transworld Research Network, 2010
2. Lecture Notes in OperationsResearch 13：COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOLOGY，The 4th International Conference,ISB2010. Edited by Luonan Chen，Xiang-Sun Zhang，Bairong Shen，Ling-Yun Wu and Yong Wang
