負責洪澤湖的管理與保護,指導洪澤湖開發、利用工作;開展洪澤湖的巡查工作,參與湖泊規劃編制與技術方案的研究制定;掌握洪澤湖的工情、汛情、污情,為行政管理決策提供支持;組織、參與對洪澤湖的治理、運行、開發、利用和保護項目的技術審查等。管理三河閘、三河船閘、洪澤湖大堤、石港抽水站等8座大中型水利工程,排泄淮河洪水,承擔淮河下游流域性防洪、淮北地區抗旱,寶應湖、白馬湖排澇及引江濟淮功能。承擔淮河下游聯防指揮部辦公室的職責。
1953年建處以來,全處廣大職工在江蘇省水利廳的 領導下,發揚艱苦奮鬥、團結奮進、開拓創新、爭創一流的江蘇水利精神,戰勝了1954年、1991年、2003年、2007年淮河大洪水,為保衛蘇北里下河地區3000萬畝農田和2000多萬人民生命財產安全做出了貢獻,充分發揮了防洪、灌溉等社會效益。1965年、1978年、1991年、1996年、2006年先後五次被水利部授予全國水利管理先進集體稱號。2003年、2005年,分別被水利部授予國家水利風景區和國家一級水利工程管理單位稱號。