選擇原則：評價目的、水體功能、環境污染狀況（污染源排放的污染因子）、評價標準系列和檢測水平等。
一般選擇能反映水體基本質量狀況、在水體中起主要作用的和對環境、生物、人體及經濟社會危害大的參數作為評價因子，如排放量大、濃度高、毒性強、難自然分解、易在環境和生物及人體累積、造成經濟損失大的污染因子。評價因子應具有較好的代表性，能正確、客觀地反映環境質量狀況。
一般河流水質評價因子包括：
感官性因子：如味、臭、顏色、透明度、渾濁度、懸浮物、總固體等；
氧平衡因子：如DO（溶解氧）、COD（化學耗氧量）、BOD（生化需氧量）、TOC（有機碳總量）、tod（氧總消耗量）等；
營養鹽因子：如氨鹽NH3-，硝酸鹽N、。磷酸鹽PO4-等等；
毒物因子：如酚、氰化物、汞、鉻、砷、鎘、鉛、有機氯等；
微生物因子：如大腸桿菌等。
也可依化學性質分成無機物、有機物、重金屬三類。
在全國水資源綜合規劃中：
評價項目：pH值、溶解氧、CODMn、五日生化需氧量、氨氮、氟化物、揮發酚、氰化物、砷、汞、銅、鉛、鋅、鎘、六價鉻、總磷、石油類、水溫、總硬度等19項（其中pH值、水溫、總硬度三項參考評價，可以不評價，實評16項）。
