簡介
生活在健康的人或動物各部位、數量大、種類較穩定、一般能發揮有益作用的微生物種群。這些細菌，有些只作暫時停留；而有些由於與人類長期相互適應以後，形成伴隨終生的共生關係。
正常菌群的生理意義
正常菌群不僅與人體保持平衡狀態，而且菌群之間也相互制約，以維持相對的平衡。在這種狀態下，正常菌群發揮其營養、拮抗和免疫等生理作用。正常菌群的病理意義
感染與致病機理
某些因素破壞了人體與正常菌群之間的平衡，正常菌群中各種細菌的數量和比例發生變化時，稱為菌群失調。若菌群失調沒有得到有效控制，出現臨床症狀，引起二重感染，稱菌群失調症。人體各部位的正常菌群，離開原來的寄居場所，進入身體的其他部位，或當機體有損傷和抵抗力降低時，原來為正常菌群的細菌也可引起疾病，因此稱這些細菌為條件致病菌或機會致病菌。
生理作用
*拮抗作用：正常菌群在生物體的特定部位生長後，對其他的菌群有生物拮抗的作用。產生這種生物屏障的往往是一些厭氧菌。正常菌群通過緊密與黏膜上皮細胞結出來占領位置，由於在這些部位數量很大，在營養競爭中處於優勢，並通過自身代謝來改變環境的pH值或釋放抗生素，來抑制外來菌的生長。*營養作用：正常菌群的存在影響著生物體的物質代謝與轉化。如蛋白質、碳水化合物、脂肪及維生素的合成，膽汁的代謝、膽固醇的代謝及激素轉化都有正常菌群的參與。
*免疫作用：正常菌群的抗原刺激可以使宿主產生免疫，從而減少了本身的危害。已有實驗表明，某些誘發的自身免疫過程具有抑癌作用。
宿生部位
*皮膚：皮膚表面的微生物群落是人體的第一道屏障，主要有葡萄球菌、類白喉棒狀桿菌、綠濃桿菌、丙酸桿菌。它們參與著皮膚細胞代謝，起到了免疫和自淨的作用。*腸道：腸道的微生物生態系統很複雜，菌群生物量
正常菌群*陰道：陰道的生態系統常駐菌有乳桿菌、表皮葡萄球菌、大腸桿菌等。乳桿菌黏附在陰道黏膜上皮細胞上，可產生酸性生存環境，對大腸桿菌、類桿菌、金黃色葡萄球菌有拮抗作用，對於保護自身健康和胎兒在妊娠期的衛生有著重要的意義，是一道重要的生物屏障。
此外在外耳道、眼結膜、鼻咽腔、尿道等部位都會有正常菌群的分布。
