權證有兩種結算方式：現金結算和實物結算。實物結算又稱為證券給付方式結算、證券結算、實物交割等。
現金結算
現金結算的權證行權時，發行人向行權人支付證券結算價格與行權價格之間的差價，不涉及證券交收。證券的結算價格為行權日前十個交易日標的證券每日收盤價的平均數。現金結算的權證行權時若處於價內，則自動行權；若處於價外，則不能行權。
實物結算
實物結算的權證行權時涉及證券實物的實際交收。認購權證行權時，權證持有人向發行人支付現金，同時獲得相應數量的證券；認沽權證行權時，權證持有人向發行人支付證券，同時獲得相應數量的現金。實物結算的權證不能自動行權，行權人必須主動申報。
目前我國權證市場上所有因股權分置改革而產生的股改權證以及上市公司因融資需求而發行的股本權證均採用的是實物結算，因此權證持有人必須在行權日主動提出行權申報。採用實物結算方式的權證在行權時，認購權證持有人必須保證帳戶上有足夠的現金，而認沽權證持有人則必須保證帳戶上有與待行權的權證數量一致的證券。例如包鋼認購權證（簡稱包鋼ＪＴＢ1，代碼580002）的行權價是1.94元，如果投資者要對1000份包鋼ＪＴＢ1行權，則需保證資金帳戶中至少有1.94＊1000＝1940元現金，此外還需一定的過戶費等其他相關費用。行權成功後，投資者可獲得1000份包鋼股份，並可於下一個交易日對這部分股票進行操作。
需要指出的是，採用實物結算方式的認購權證行權後，投資者因此而獲得的證券要在行權後的下一個交易日才可操作，因此行權所得到的證券面臨風險暴露，行權收益受行權後正股價波動的影響。
