機箱結構是指機箱在設計和製造時所遵循的主機板結構規範標準。每種結構的機箱只能安裝該規範所允許的主機板類型。機箱結構與主機板結構是相對應的關係。機箱結構一般也可分為AT、Baby-AT、ATX、Micro ATX、LPX、NLXAT、Flex ATX、EATX、WATX以及BTX等結構。 其中，AT和Baby-AT是多年前的老機箱結構，現在已經淘汰；而LPX、NLX、Flex ATX則是ATX的變種，多見於國外的品牌機，國內尚不多見；EATX和WATX則多用於伺服器/工作站機箱；ATX則是目前市場上最常見的機箱結構，擴展插槽和驅動器倉位較多，擴展槽數可多達7個，而3.5英寸和5.25英寸驅動器倉位也分別至少達到3個或更多，現在的大多數機箱都採用此結構；Micro ATX又稱Mini ATX，是ATX結構的簡化版，就是常說的“迷你機箱”，擴展插槽和驅動器倉位較少，擴展槽數通常在4個或更少，而3.5英寸和5.25英寸驅動器倉位也分別只有2個或更少，多用於品牌機；而BTX則是下一代的機箱結構。 各種結構的機箱只能安裝與其相對應的主機板（向下兼容的機箱除外，例如ATX機箱除了可以安
機箱結構—2裝ATX主機板之外，還可以安裝Baby-AT、Micro-ATX等結構的主機板）。因此，在選購機箱時要注意根據自己的主機板結構類型來選購，以免出現購買回來的機箱卻無法使用的情況。
