角色劇情
橘愛子（橘 アイコ）原本是一位陽光開朗的少女，但在一次與父親前往桐生生命工學研究所的途中遭遇了車禍，父親不幸離世，而自己也身受重傷，被送往研究所實施了一次特別的手術，正是這次手術改變了她的命運，也成為了後續一連串事件的導火索 。
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前情
2035年，近未來的日本，一個人工生體技術大發展的時代。
神秘的轉校生神崎雄哉橘愛子，一個在桐生醫院所屬的學校內上學的開朗活潑的少女，曾因為在與父親去往父親工作的桐生生命工學研究所體檢途中遭遇車禍而身受重傷瀕死，在研究所內接受了一次史無前例的手術而活了下來，但這台手術還沒有進行完畢，突如其來的人工生體失控並異常繁殖席捲了整個研究所，研究人員紛紛逃離，前來看望她的母親和弟弟因此身陷囹圄，而她被轉移到了安全的地方完成了後續的手術。這台特殊手術改變了她的命運。
愛子所在班級在臨近期末時來了一位特殊的轉校生——神崎雄哉（YUYA KANZAKI），而愛子偏偏也與這位轉校生來了一次巧遇，兩人的第一次見面，神崎便預感到了事件的開始。
初現真情
黑瀨醫生道出實情
特殊的手術愛子與神崎一道返回自己原來的家中取回一些紀念的東西，但神崎發現了有人跟蹤便帶著愛子逃向城區的根據地，在那裡她遇到了父親的前同事黑瀨，黑瀨向她說了件難以置信的事：她的身體其實並不是自己的，而是由一副人工生體製成的。神崎向她證明了自己身體的特別，令她大驚失色。黑瀨和神崎同時告訴愛子，那時候為她做的那場手術其實正是人工生體“大爆炸”的誘因，因為在那場手術中黑瀨、由良、伊佐津為首的醫生們為了救活愛子，他們大膽嘗試了一台用一具早已準備好的她的人工生體複製體（編號為20210002），通過分別取出兩具身體的腦移植到另一方身體中的手術以此希望能藉此修復原來身體受到的損害。但偏偏人工生體的腦在移植到愛子身體後由於極度渴求回到母體，竟然失控引發了研究所內剩餘的人工生體瘋狂繁殖併吞噬了大量的人占領了研究所，還沿著黑部峽谷一帶向下繼續生長直到完全控制了整個河谷地區，這便是當年那起“大爆炸”的過程 。
黑瀨和神崎希望作為解決這場災難的鑰匙的愛子能隨他們一起回到災難的原初點去完全解決這場災難。
這一切的突然釋出令愛子不知所措，她慌忙想要逃離根據地，在這時人工生命污染對策廳的特勤組突然闖入劫走了愛子。愛子從對策廳那裡聽到了和神崎那不一樣的真相，愛子想要弄清楚自己身上究竟發生了什麼。黑瀨一夥人又從對策廳手中救回了愛子，這次愛子下定決心要和神崎他們一行人回到原初點做個了斷。
真相
返回原初點的途中一行人穿過了五道閘門，最終來到了“大爆炸”事件的原初點——桐生生命工學研究所。而這時遠在桐生醫院成為了院長的伊佐津醫生卻遠程廣播聯繫上了在研究所內的眾人並揭露了更多關於愛子不為人知的真相。
人工生體複製體編號20210002愛子的身體其實不單是身體是複製的，其實連她的大腦也是複製的人工生體。那時候由良醫生認識到修復愛子身體十分困難，便偷偷運用了自己的研究成果——細胞編譯器三型，通過把編號為20210002的人工生體複製體的大腦移植到第二具人工生體複製體AICO的身體中造出了一個全新的愛子，並從愛子原本的大腦中用編譯器導出了所有的記憶和人格到新的大腦中實現了愛子的重生。而原本準備進行治療的原身體卻因為在人工生體大腦控制下的第二具複製體細胞失控增殖的事故而中止，這便是神崎堅持希望愛子能和他一起返回這裡的原因，他要作為由良完成這台手術，並且消滅多餘的人工生體 。
結局
複製體的新生活在大家的幫助下神崎完成了手術，愛子取回了自己原本的身體和大腦，同時編號為20210002的人工生體複製體也在人工生體“軟軟”的幫助下實現了重生作為另一個橘愛子而存在跟隨神崎一起開始了新的生活。
