據明代人著作的記載,棲雲寺原為棲雲庵,至今已有六七百年的歷史,最初此地乃文學家貫雲石隱居藏修之所。該寺明代很是興旺,在中國佛教史上有一定的地位,因為明代這裡曾出過淨土宗第八代祖蓮池大師。淨土宗與杭州的寺塔名勝關係密切,如五代後期保俶塔最初建造時就是為了迎放淨土宗第二代祖善導和尚(唐朝人)的舍利。吳越國時參與修靈隱寺、建六和塔事宜,並作淨寺住持的延壽和尚則是淨土宗的六祖。八祖蓮池大師先在棲雲寺,後來又住持雲棲寺,所以棲雲寺與雲棲寺還很有一點聯繫。
如今棲雲寺有數名和尚,與靈隱、淨寺的熱鬧繁華不同,這裡保存著一種寧靜的自然的簡樸的山趣。有興要遊覽杭州名寺古剎,別具風格的棲雲寺是很值得一到的。