核設施運行許可的目的是確認核設施已按照許可的設計和質保要求建造完成、調試結果滿足設計要求、相應的運行規程能夠滿足安全管理的要求，確定其在首次裝投料（運行）後應該遵循的許可條件等。
在我國以往的核安全監管法規體系中，將核設施首次裝投料作為一項單獨的許可，與核設施選址、運行、退役並列。核安全法中將核設施首次裝投料許可和運行許可合併為運行許可，規定核設施營運單位在首次裝投料前應當申請核設施運行許可。由於核設施裝料後就產生了現實核風險，因此從核安全形度看，國際上普遍認為核設施首次裝投料即是運行的開始。因此，為確保核設施運行安全，核設施首次裝投料及調試運行就應當遵循運行安全要求。同時，也可以簡化許可，提高效率，減少不必要的監管負擔。
核設施運行許可申請
核設施營運單位應在核設施首次裝料前申請核設施運行許可，並提交如下資料：核設施運行申請書、最終安全分析報告、質量保證檔案、應急預案以及法律、行政法規規定的其他材料。其中，應急預案是指營運單位負責制定的場內應急預案，該預案經國務院核安全監督管理部門審查批准後，報國務院核工業主管部門、能源主管部門和省、自治區、直轄市人民政府制定的部門備案。
核設施營運單位取得運行許可後的要求
核設施營運單位在取得核設施運行許可證後，應嚴格遵守許可條件，對核設施運行進行有效管理，切實保障核安全。
運行許可證有效期和許可證條件調整
核設施運行許可證的有效期為設計壽期。設計壽期比較長，如核電廠一般為40年，核設施運行期間核安全標準可能有修改，因此，在有效期內，國務院核安全監督管理部門可以根據法律、行政法規和新的核安全標準的要求，對許可證規定事項做出合理調整。
由核設施營運單位提出的，需要報國務院核安全監督管理部門審批的運行許可證調整事項，具體有以下三類，包括：作為頒發運行許可證依據的重要構築物、系統和設備；運行限值和條件；國務院核安全監督管理部門批准的與核安全有關的程式和其他檔案。上述調整均屬於涉及核設施運行許可基礎或者規定事項的調整，因此需經國務院核安全監督管理部門審批後方可實施。
