形成
申荷永及其團隊是核心心理學的提出者與推動者，其基本思想緣起於對心理學中“心”之意義的探索，以及對西方心理學（psychology）本義的反思。在申荷永看來，我們不能因為引進了西方的“psychology”（心理學），接受了西方的“mind”（心理），而丟掉或忽視了自己的心。我們應該秉持自己的（本）“心”，發展自己的（真）“心”。惟有“心”與“腦”的結合，才會產生真正的智慧，一種核心智慧（Wisdom from the Heart），這正是中國之“心”所包含的深意。
在“‘心’與‘心理學’”（1991）一文中，申荷永提出了“心”的三種水平：1，心之象形——心者，生之本，神之變也；2，心之寓意——總包萬慮謂之心；3，心之超越——天心與道心（復卦（易經卦象）其見天地之心乎）；描述了“16字心經”的意境：“人心惟危，道心惟微；惟精惟一，允執厥中”；表達了易經、儒家、道家和佛學中的心意；分析了心部漢字，如思、如恕、如念（如思想、情感、意志）之內涵，闡釋了核心心理學的基本思想。
基本思想
核心心理學的基本思想，在“中國心理學的形成”訪談式研究中獲得了充實與提煉。從1989至1992年的3年中，申荷永以“中國心理學的形成”（The Making of Chinese Psychology）為主題，陸續採訪了國內23位資深心理學家，包括高覺敷、潘菽、陳立、左任俠和周先庚等，探索中國文化背景中的心理學發展，以及心與心理學的意義；1993年開始在香港、台灣和美國講學，主題便是核心心理學的思想；後獲富布萊特（Fulbright）學者獎（1996）在美國講授“核心智慧，中國文化心理學”，在美國加州整合學院（CIIS）作為客座教授開設“核心心理學”（Psychology of the Heart and the Heart of Psychology）課程，參加瑞士愛諾思（Eranos）東西方文化基金會圓桌會議（1997）並作“核心心理學，心理學與中國文化”的主題演講（被收入《愛諾思年鑑》1998）；美國期刊在轉載有關“核心心理學”的論文時曾加有這樣的按語：“一位中國學者，要為心理學尋心”。在其期間，申荷永在國內外學術期刊發表了系列論文，如“心理學與中國文化”、“中國文化與心理學”、“榮格心理學與中國文化”、“《易經》與中國文化心理學”、“核心心理學與《易經》”、“心理分析之心”、“核心心理學：東西方現代化的東方視野”等，並且出版了《中國文化心理學心要》、《心理分析：理解與體驗》等著作，主編《點金石心理分析譯叢》、《心靈花園：心理分析與沙盤遊戲叢書》 ，以及《文心吉慶：心理分析與中國文化叢書》 ，進一步完善了核心心理學體系的建構。
發展
核心心理學的思想在“心理分析與中國文化”、“心理分析與沙盤遊戲”，以及“心理分析與意象體現”的發展中。國際分析心理學會（IAAP）暨國際沙盤遊戲治療學會（ISST），從1994年開始啟動在中國的正式發展，先後舉辦了6屆“心理分析與中國文化國際論壇”(1998-2013)。於此同時，廣東東方心理分析研究院與華人心理分析聯合會（CFAP）相繼成立，華人區域（兩岸四地）的心理分析與沙盤遊戲，以及心理分析與意象體現獲得發展。廣東東方心理分析研究院（Institute for the Psychology of the Heart）是核心心理學以及心理分析與中國文化的主要發展機構，其“心理分析與核心心理學”（Psyheart）訓練課程，為中國的心理分析師和沙盤遊戲/意象體現療愈師打下了基礎。同時，核心心理學也在“核心教育”和“心靈花園”中獲得了發展。核心教育的實踐從1993年開始已有5所校園；而心靈花園則已在全國範圍內建立了70餘處工作站，既堅持了在孤兒院，在四川震區和玉樹震區的長期心理救援，而且擴展至對留守兒童和流浪兒的心理援助。心靈花園公益項目也被稱之為“慈悲療法”，依然是以心傳心，以心為本。
