歷史淵源
一切有情眾生的快樂與幸福的唯一來源即是佛陀釋迦世尊之神聖圓滿教法。此圓滿教法受持廣弘、常住世間，又依於和合增上的大僧伽眾，因此，古往今來，德高望重的大成就者們不分世間國際、民族領域，在世界各地創建無數大僧伽寺院。雪山佛國也同樣成為一切眾生敬仰愛慕之聖地。安曲部落
遠古時期，在喜馬拉雅山脈、雅魯藏布江上游的阿里地區，史稱有名為吉讓、葉讓、葉色的天神三兄弟，其中葉讓生有七個子女，其中最小之子有一子名為亞上吉。亞上吉搶奪了聖部吉讓查每（夜叉灰太無血）的妻子，與她生有一子。因此,其子為聖和昆兩個部族聯姻之子，故取名為亞徹昆巴吉。此後的世世代代族名為“昆”。史載這跟薩迦是同一個祖先的傳人。吐蕃王朝第三十六代赤松德贊時期，此家族中有一子名為昆·華布切。藏王赤松德贊對他的才華極為欣賞，隨後將他封為內閣大臣。藏王赤松德贊有“身、口、意”三個得意大臣，並將“嗡、啊、吽”三個種子字的印章分別賜予了他們。昆·華布切獲得的是其中的“啊”字印章（語言印章），安曲（藏語音譯，意為勝啊）這一詞就此始傳。
此後又傳了幾代，有一子名為西繞雲丹，其子松南諾布帶領家族來到了安多地區，並選定了一處地域遼闊、氣候溫和的吉祥圓滿之地居住了下來。這裡與嘉木擦瓦絨（現為四川馬爾康一帶的嘉絨）相鄰，地勢優善，前後山勢猶如勇猛威武之虎和固執驕傲之牛相互爭威，中間如同昂首闊步的大象從旁勸和，滿山遍野的花草樹木茂盛茁壯、五彩繽紛、芬芳洋溢，天空有滿輪盈月和八吉祥所莊嚴。總而言之，此處具有興旺僧眾、增長聞思修、高僧輩出、桃李滿天下的吉祥之相。
查理寺的第一個建築物“紅宮”
在此吉祥圓滿的地方，安曲部落安居樂業，統攝了“熱”下游的三大部落，創建了有四層的建築物“紅宮”。據說，安曲嘉沃擴建紅宮的過程中，繪製一幅多聞天王的壁畫時，多聞天王親自顯現並許下了守護寺院的承諾。
安曲·嘉沃
--此地傳播佛教初期安曲·嘉沃實名阿旺羅桑，是安曲·嘎特葉之子。他是一名精通經論、博學多聞的學者，曾赴拉薩甘丹寺深造，勤學五部大論和四續部，獲得了林瑟巴格西學位，並以第五世班禪大師羅桑益西為師受大戒，被授記為聖者瓦格拉(十六羅漢之一薄拘羅尊者)的化身。在他學成返鄉後，一生弘揚格魯派教法，傳授灌頂、講述、教授等傳承，廣傳沙彌與比丘戒，攝受了無數弟子，度化了無量眾生。
安曲一帶，原本是苯波教非常興盛的地方，信眾也都是苯波教徒，佛教弘傳的力量非常薄弱。安曲嘉沃返鄉後入住紅宮，他有一匹駿馬，不時會進入草原和森林打獵。在狩獵返回的途中，他在苯波教徒們能親眼目睹的地方下馬，把獵物撕裂成塊，起爐燒鍋，熬煮骨肉，如此享用了一頓美餐後，把獵物的皮攤開，將剩下的骨肉全部放入其內，然後舉臂拍一下掌，獵物便立即起身奔向森林或草原,苯波教徒們不由心生羨慕，向他獻上了讚美的哈達。
有一天，苯波教新建的一座殿堂將要舉行開光典禮，苯波教的僧侶們商討是否邀請安曲·嘉沃，因為他是當地的明星人物，勢力很強大，成就又很高，但是他們又非常擔心他明天會有出人意料的舉措。次日安曲·嘉沃及時赴宴，在邁入殿堂大門門檻時大聲呼叫“嗚呼哀哉！”全堂的人都驚呆了，因為這是一個吉祥的日子，又是邁入大門門檻之時，怎么呼出個嗚呼哀哉？多不吉利啊！全堂的人都不知如何是好，而才華橫溢的嘉沃從容不迫地地用佛教的緣起理論為他們進行解說，化解了他們心中的疑慮，獲得了眾人的滿口讚揚。像這樣，他以種種特殊應化不斷地感化眾人！
後來，此地的苯波教徒慢慢減少，寺院也遷移他方，神聖的佛陀教法開始弘傳，異教信眾也改信了佛教。不過苯波教寺院的建築和聖物依然遺留了下來，經三百多年後依然保存有苯波教的典籍和聖像。直到二十世紀末七十年代文革期間，紅衛兵焚書反教時，將裡面的書籍和聖像全部摧毀、燒滅，沒有留下一件聖物。值得慶幸的是，當地民眾為了保護該建築物，將它作為儲存農作物的倉庫，因此在文革期間得以倖免，保存了下來。八十年代宗教政策開放後，當地民眾把它作為村裡的聖殿，補修架頂，作為佛教活動場所，至今保存完好。
前身
安曲·嘉沃的侄子索南秋培（公元1743年—1789年）17歲時遠涉西藏甘丹寺求學勤修，獲得了拉然巴格西學位。他從拉薩學成回鄉後，在這裡講經傳法，建立了嘎爾青寺，該寺即為安曲查理寺的前身（也叫母寺），索南秋培是第一世安曲仁波切。創建
第二世安曲仁波切於1799年馬爾康卓克基誕生，第三世貢唐大師認證為安曲索南秋培的轉世。稍長，赴拉薩三大寺，勤學圓滿教法，成為了學識淵博的西藏佛教界一代頂級大師級人物。尊者25歲時因授第三世貢唐大師丹貝仲每的教言，在安曲地方創建了一座講修學院。他以紅宮作為大經堂，並迎請了幾位三大寺的同參道友護持寺院。當時，這座講修院名為“卓瑪南巴爾結畏林”（意為“度母勝揚林”）。在紅宮的邊上有一顆柏樹，安曲大師曾背依這棵大樹講經傳法。大師的講經說法不僅令弟子獲得了成就，他背依的這顆大樹也得到了加持。前幾年大樹上曾溢流出一種甜蜜的液體，有好奇的孩童們亂抓舔食，誠信的信眾們割拾收藏。之後，為了保護聖樹，管理會在它的四周圍起了鐵欄。這棵柏樹至今仍保存完好。
安曲大師1823年正式創建查理寺。大師在建大經堂時，一位名為更桑（意為“普賢”）的施工人員從地下挖出了一尊非常神奇的語獅子文殊聖像，並把它呈獻給了安曲大師。大師格外高興，以此緣起，大師把寺院的名字改為“巴爾丹瑪餵桑給林”（意為吉祥文殊林）。在《如意樹傳》中對此說道：“稱名更桑普明之，富言妙音文殊尊，殊勝自現自然得，賢劫眾生賢機緣”。
擴建
第三世安曲仁波切嘉陽欽饒嘉措於1849在馬爾康卓克基誕生，7歲時經第三世嘉陽向巴仁波切認定坐床。稍長，即遠涉西藏“三大寺”等拜師求學，曾拜十二世達賴喇嘛和第八世班禪為師，習修大小五明和佛教經典，22歲時出任查理寺主持。1911年締建護法神殿，1921年擴建大經堂，1927年新建祭堂，1934年再次擴建大經堂，使寺院規模不斷擴大。前任主持
查理寺是貢唐大師的眾多寺院之一，查理寺的創建和成長都離不開貢唐大師的關照和呵護。第六世貢唐大師於1935年前往安曲查理寺拜見安曲仁波切嘉樣欽熱嘉措，貢唐大師在第三世安曲仁波切前得到了長壽佛灌頂等許多傳承,大師將以安曲仁波切為師。當時安曲仁波切年事已高,顯現雙目視力弱,因此,隨後安曲仁波切將寺院送給貢唐大師,讓大師教官寺院。1946年大師獨立掌管教務,確立了考取“多仁巴”學位的制度。在原來“格貴”的基礎上設定了“協敖”（即維護法會秩序的鐵棒喇嘛），使寺院管理得以健全。
1948年大師帶領翻譯秘書高瑞(吳振綱)等百人前往塔爾寺，神降節，請第十世班禪確吉堅贊認證安曲仁波且的轉世。
1949年五月赴查里寺，主持安曲仁波且的轉世登席繼位。
1950年為解決查里寺僧眾飲水之難，大師設計用竹筒將山上泉水引入淨廚，由此，持棍跛行者大減。
1958年大師在安曲查里寺舉行時輪金剛大灌頂法會,寺院全體僧眾和信眾一萬多人參加。
第二世安曲仁波切還沒有圓寂前把寺院的支持位交給其弟子，貢唐倉大師。貢唐大師結束了拉卜楞寺的學修，來到了查理寺主持教務，貢唐倉仁波切開始了他一生中另一個重要階段。一方面，他到川西的大寺院獨立執掌教務，把查理寺這座顯密並修的寺院的教學模式完善提高，確立了考取“多仁巴”學位的制度。在原來“格貴”的基礎上設定了“協敖”（即維護法會秩序的鐵棒喇嘛），使寺院管理得以健全，教學質量大大提高。
從1945年開始，貢唐倉·丹貝旺旭大師在查理寺度過了約十年歲月。
現任主持
富有教證功德的賢能尊師，第四世安曲仁波切、羅桑圖丹成力欽繞益西嘉措，1945年生於雪域大藏區安多嘉絨、今為馬爾康小水溝的地區。仁波切降生時顯現了許多神奇的異相，他出生時在他家門前對岸的岩石上自然出現的七個“啊”字，今天依然存在。仁波切被第十世班禪大師羅桑成力林周卻吉堅參認證為第三世安曲仁波切的轉世，並在查理寺舉行了坐床儀式。
1957年，仁波切赴衛藏參加桑普寺辯經法會，參加了多場答辯，他的學問令眾人讚不絕口。
解放前，查理寺院溫布瓊佩執掌寺院政教大權，並逐步控制了安曲部落，與四土、黑水、麥桑、夏河四大土官勢力角逐，始終保持了查理寺院及所屬安曲部落的獨立存在，使查理寺院溫布土官瓊佩所轄的安曲部落與查理寺院成為阿壩、川西北藏區最影響力的群體。到解放初期該寺有1300多位僧人，其中仁波切40位，堪布3位，格西60位，在整個安多藏區有較大影響。
現狀
1980年11月，安曲查理寺院首批開放為宗教活動點，1983年開始重新修復，建成大經堂，許多信教民眾把自己長期保護珍藏下來的經書、小佛塔、佛像等送回寺院；使該寺多次被省州評為文物保護先進單位。現在的查理寺院依山傍水而建，宏大的經堂、佛殿、佛塔、轉經走廊建築紅牆紅瓦巍然矗立，金頂、法輪、琉璃瓦映日生輝，座座僧房排列有序，僧房明窗淨几，進入廟堂僧舍頓生佛界淨地的感覺。這裡眾多僧人研習佛經，吸吮知識，立說著書，金絲眼鏡後面頗有書香門第風範。站在對面的坡上仰望，整座寺院依山傍水，建築獨具特色，廟宇金頂宏偉旖旎金碧輝煌直襯藍天，形似曼陀羅，頗有小布達拉宮的感覺。
查理寺現有建築物有：大經堂、紅宮、辯經院、藏經閣、彌勒佛殿、觀音殿、護法神、馬頭明王殿、六大密學院的殿堂和醫學院，以及幾百米長的轉經走廊、幾十座大轉經筒閣，還有十幾樁“囊寢”、三百多閣僧舍。都是重要的文物保護地，傳奇的甜水菩提柏樹及珍貴的大小佛像、靈塔、經書、唐卡都飽藏有十分傳奇的經歷和故事、神話，是藏區重要的藏文化和珍貴文物保護地。
