染色質增加

染色質增加簡介

染色質

X染色體發生X染色體失活，但是Xp基因有30%表現為逃逸，而Xq僅不到3%。為了研究X染色體基因失活和表達逃逸發生和維持的分子機制，比較了Xq和XpDNA序列的RNA模擬結合強度。X染色體的核苷酸序列被分為50kb一段，對每一段DNA做7鹼基（7nt）字元串組合分析(共有47=16384種組合)，記錄每段50kbDNA中每種7nt字元串的頻率。選擇生髮中心B細胞中的120個高表達基因，計算這些基因的內含子7nt字元串的出現頻率，稱為intron7nt，以此作為RNAs（RNA群，模擬細胞中RNA在小片段的總和）。已知一段DNA序列的7nt頻率值和intron7nt，即可以計算該DNA段與intron7nt（RNAs）的結合強度。每段50kbDNA與intron7nt的結合強度取決於該DNA段與intron7nt互補核苷酸的頻率，互補的核苷酸序列越多，結合強度就越大。

例

DNA段與intron7nt的模擬結合強度稱為RNA結合強度，試圖模擬該段DNA可以結合的RNA小片段的總量。之所以採用7nt字元串組合分析是考慮到連續7個核苷酸互補則可以形成相對穩定的結合。本研究有3點發現：1）Xp各DNA段的RNA結合強度均值顯著大於Xq(P<0.001)；2）Xp上高結合RNA的DNA段數目顯著高於Xq(P<0.001);3)RNA高結合DNA段形成的簇與X染色體基因表達逃逸區關聯。有證據表明RNA可以通過改變染色質構象活化基因並且該作用具有普遍意義：如RNA增加染色質對DNaseⅠ消化的敏感性，互補RNA-DNA的親和性高於互補DNA-DNA，細胞中有豐富的非編碼RNA和非編碼DNA等。本研究中的發現結合RNA活化基因的觀點，提示：Xp逃逸失活基因的數目多於Xq可能與前者的RNA結合強度大於後者有關。