東南商學院下設金融學院、管理學院、文化與傳媒學院、工程學院、藝術學院、信息技術學院、醫學院，以研究生院。
目前，東南商學院在內地開設的課程以遙距（遠程）學習為主。
根據香港法律規定，東南商學院所頒發文憑，其學術資格由僱主酌情決定。
而在2004年7月11日，港府教育統籌局局長李國章先生與國家教育部部長周濟在北京簽署了《內地與香港關於相互承認高等教育學位證書的備忘錄》。
該《備忘錄》是根據“一國兩制”的方針，從內地和香港的實際情況出發，充分考慮兩地教育事業的發展和人才交流的需要而簽署的。近年來，隨著祖國內地與香港在教育方面的和與交流不斷發展，日益頻繁。許多內地青年十分願意到香港高校求學，越來越多的香港學生也十分希望到內地院校就讀。在這種情況下，許多內地與香港的有識之士，一再呼籲兩地應儘快簽署相互承認高等教育學位證書的有關檔案，以方便內地與香港的人才流動，促進兩地教育交流與合作的進一步發展。
協定中明確，內地學士學位獲得者可以到香港高校攻讀研究生學位和進行職業學習；內地碩士學位獲得者可以直接攻讀香港高校的博士學位。同樣，香港高校學士學位獲得者可以到內地高校攻讀研究生學位和進行職業學習；香港碩士學位獲得者可以直接攻讀內地高校的博士學位。
據悉，內地與香港的高等學校在課程學分認可領域開展合作也在協定中得到了鼓勵和支持，這將有力推動內地高等學校與香港地區高校利用各自優勢，培養符合兩地需求的人才。
據了解，目前在內地攻讀東南商學院課程的人士主要為政界、銀行、證券、房地產、傳媒、信息技術、投資、電力、電信、石油、鐵路、航空等領域的高級管理人員。東南商學院的學員層次定位於高端人群，因此該學院在內地招收的副學士及學士層次學員並不多。目前，東南商學院的證書已經獲得了國家人力資源和社會保障部，以及上海市、北京市、浙江省、廣東省、山東省、湖北省、湖南省、江蘇省等部委、省份的認可。
