參加革命
李福林出身貧農家庭，幼在鄉念私塾一年。初隨父耕種，後不務正業，與鄉人結成匪幫，被舉為“大佬”，從事綠林生涯。帶眾徒夜渡廣州行劫，縣署緝拿不獲，拆平其住宅，捉拿賞銀從500元增至3000元。在鄉無法立足，遂走避南洋。
1907年，李由革命黨人馬侶引領在新加坡認識孫中山，並加入同盟會。次年轉雲南河口，參加黃明堂的起義。失敗後，持孫中山介紹信，以革命黨人身份，重返廣州河南，聯絡各地綠林，準備配合起義。1910年和1911年的兩次起義，均因失去接應沒有成功。
割據一方
李福林1911年11月，他奉朱執信指令，以“福字”營統領，率民軍3000，赴廣州維持社會秩序，任廣東都督府警衛營長，從此步入軍界。此後他以河南為老巢，購置土地千餘畝，建立厚德圍（農場），僱工經營。還自設制槍所，裝備部隊。善於保存實力，故能盤踞河南達16年之久。
1912年，陳炯明獨攬廣東軍政大權時，他投靠陳，配合鎮壓地方武裝。是年3月13日，與饒章甫等人，擔任戰事善後工作，在河南安置戰敗的惠、協、仁字軍的士兵。
1913年7月18日，廣東宣布獨立，參與討袁，李不表態。袁世凱派龍濟光抵粵後，又向龍投靠，被委為“南番兩縣清鄉會辦”。袁世凱稱帝後，授予陸軍中將，給勛五位及文虎章。居港之革命黨人，鹹斥其叛黨求榮。
1916年，陸榮廷東下討龍，掌握廣東軍政大權後，他又投靠桂系，被封為“廣惠鎮守使”。
護法鬥爭
1917年9月10日，孫中山在廣州河南就任中華民國軍政府陸海軍大元帥，任命李福林為大元帥府親軍總司令，擔任警衛工作。並經擇定珠江河南岸的廣東士敏土廠地址為大元帥府辦公地點。選擇此地為帥府辦公地，主要是藉助於福軍司令李福林的武裝鞏衛，可見中山先生對他的信任。
中山先生南下護法，雖有海軍方面之支持，然本身並無基本武裝力量。此時廣州實際上已完全落入桂軍勢力範圍。廣東部隊只有魏邦平、李福林、黃明堂等部對中山先生尚稱擁護。
1920年，孫中山令陳炯明回師討伐桂系。莫榮新、岑春煊等在廣州聞桂軍在前線被擊潰，潮梅全區及東江上游已為援閩粵軍所占領，震驚之餘，亟派其素稱知兵之大將林虎、李根源率重兵向東江增援。回師粵軍受阻，正焦急之際，魏邦平、李福林兩部在廣州省河（珠江）宣布獨立，初以兵諫為名，勸莫退出。莫一面向廣西調兵增援，一面命省長楊永泰佯許魏、李二人以特殊權位，共阻粵軍。但魏、李不為利用，乘桂軍增援未至，即集合所部及江防艦隊一部在省河起義。莫榮新見大勢已去，遂下令退出廣州。
1922年5北伐，李福林率部參加。7月，陳炯明叛變，李部奉令回師討逆。在韶關失利，許崇智、李福林、朱培德等部及翁源方面之黃大偉部均死傷頗大，兵員彈藥均缺乏補充。叛軍又派人向各軍分化誘降，以致第二軍許濟師一夜間逃走了一大部；李福林軍內部意見亦不一致，高級主要人員中有主張投陳以保存身家者，即如所部兩個支隊司令李雍、李芳及總參議李朗如均同時離隊，李福林等人被迫退入贛東。
8月，北伐軍自贛入閩後，粵軍改編為東路討賊軍，李福林被任命為第三軍軍長。
1923年1月，李奉命赴上海，向孫中山報告改編情況。陳炯明退走東江後，即隨參謀處長羅翼群返粵。抵穗後，即召各地綠林頭目，募集3000多人，編成“警備軍”，自任指揮。不久，各軍奉命改為“建國軍”，李福林部改為“建國粵軍第三軍”，李任軍長。1924年3月，大元帥府任命李為東莞、番禺、順德三屬剿匪司令。9月，受命督辦各省民團，又被任命為廣州市市長兼警備處處長。10月間，參與黃埔學生軍平定廣東商團叛亂。
1925年5月，滇桂軍閥劉震寰、楊希閔發動叛亂，形勢危急。6月2日，李接大元帥府命令，宣布保護河南，並架炮指向河北，準備進攻。7月，廣州國民政府成立，改編駐粵國民革命軍一至六軍，李任第五軍軍長。
鎮壓起義
1927年12月11日，中共廣東省委領導革命民眾舉行起義，宣布廣州蘇維埃政府成立。13日，李福林與張發奎、黃琪翔合謀，急速把駐佛山、江門、韶關等地部隊調回廣州。在英、美、法、日等國的軍艦配合下，從河南分兵數路，向廣州革命武裝進行大舉反撲，將新生的廣州公社扼殺。李因與張、黃合作，故受蔣介石指責排擠，被迫通電辭去第五軍軍長職務，走避香港。
閒居生活
李福林在九龍大埔購地1000餘畝，建立康樂農場，又在皇后大道開設厚金銀號，以作日後復出資本。他曾赴南京謁蔣，欲組軍隊，遭蔣拒絕。蔣只給他一高級顧問頭銜。
1937年，抗日戰爭爆發後，日軍曾派人拉攏他，擬委任為“華南軍總司令”（偽），但他沒有接受。
1941年，日軍侵占香港，李赴重慶，蔣介石僅給他“中央軍事委員會顧問”的空銜。1944年，蔣又封他為“軍事委員會駐粵軍事特派員”頭銜。他返粵後，即召集各地綠林頭目，準備在日本失敗後回廣州接收。蔣介石另派張發奎執行，此願望落空。
日軍投降後，大漢奸李輔群被捕。李福林接受了巨賄，證明李輔群是做“曲線救國”工作的，要求對其無罪釋放。
1949年，廣州解放前夕，蔣還派人要他出任要職，以維持殘局，但李拒絕了。9月，李全家遷往香港。1952年，李福林以高血壓病卒於香港，終年79歲。
