1645年(清順治二年),黃河決口,兵備章於天駐守河防,治理決口,因李化鯨善於泅水,能探河深淺,被人推薦給章於天,後又被章推薦給總河楊芳,楊委派李化鯨管理河務,任職於黃河廳,駐曹縣。 1648年(清順治五年),黃登孝接任章於天為曹州守備,黃知李化鯨有才幹,把他調至曹州,任副中軍。由於李化鯨廣交四方綠林和有反清情緒的人,結果被人密告謀反。李化鯨聞訊後,舉兵起義。
是年七月四日,起義軍首領賈雲五等率馬步兵2萬餘人圍攻定陶、曹縣、成武、曹州。起義軍進城後,殺贓官、開官庫、釋囚犯,城內民房官舍無一焚毀。
隨後,起義軍又分兵攻濮州、巨野、東明,由於兵力分散,都沒有成功。後起義匯集曹縣,以此作為根據地,李化鯨稱“忠義王”,擁立明後裔朱鳳鳴的養子朱洪基為天子,年號“天正”,提出“殺貪官、除惡霸”、“替天行道”,號召百姓反清。
李化鯨起義軍迅速發展,清政府急調大軍鎮壓。八月,起義軍放棄了曹州、定陶、成武,孤守曹縣。十月初,城池終於被攻破,李化鯨被俘,送至京師,遇害。