重建歷程
昌吉市本地寺嘉慶元年(1795年)，由於教堂過於簡陋狹小，在原教堂址重建磚木結構昌吉清真大寺。因陝西寺分坊另建，昌吉清真大寺更名為本地寺。
光緒二年本地寺毀於兵火。光緒四年（1878年)，本地寺移到南關西街今寺址。第三次又新建起土木結構的本地寺。
1933年該寺毀於戰亂兵火。1936年在原寺第四次建起本地寺。
1936年，在原寺址上，又重新修建了本地寺。
1996年4月在原殿第五次重建清真寺，建築面積1600平方米，一次可容納2千人禮拜。
宗教活動
昌吉市本地寺昌吉回民建立第一個宗教活動寺點，是在昌吉建縣之初的1773年(清乾隆三十八年)。當時昌吉縣城有回民大戶13家，為了“立五功”、行禮拜，他們倡議回民捐資出工，並經官府準予，在縣城內西南角建立兩間土木結構、面積約40餘平方米的禮拜“哨麻”。當時人稱“清真教堂”。
至清乾隆末年，昌吉城區回民增至50餘戶，原“哨麻”已顯得過於窄小，於是便商議重新修建清真寺。當時清政府對回民己較前寬容，所以同意了回民的請求，由他們自願集資捐物，在原“清真教堂”的地址上正式建起了昌吉縣第一座清真寺。同治年間，一部分回民要求分坊，另有清真寺建立，為示區別，原來的清真寺便稱“本地寺”。清同治末年，此寺曾毀於戰火。
本地寺第一任掌教阿訇，己無從考證。從清朝後期的鹹豐年代到民國前期的掌教阿訇依次為：鬍子馬阿訇、挑州馬阿訇、老哈山阿訇(先後兩任21年)、馬海學(經文古拜)。民國時期的掌教阿訇先後有：李谷熱、馬彥忠、馬俊傑、陳明月、李彥明、馬永壽、馬文俊、沙順真、馬奎元、馬正忠、楊智等。
相關寺院
歷史上建於昌吉縣城的伊斯蘭教清真寺還有：陝西寺，回民清真寺，初建於1862年(清同治元年)；蘭州寺，回民清真寺，初建於1882年(清光緒八年)；喀什寺，維吾爾族清真寺，初建於1905年(清光緒三十一年)；吐魯番寺，維吾爾族清真寺，初建於1911年(清宣統三年)；西河寺，回民清真寺，初建於1914年(民國3年)。
此外，建於昌吉縣鄉村而歷史又較久的回民清真寺還有頭屯清真寺，大軍戶清真寺，頭工清真寺，六工寺，河州工寺，移戶寺，沙梁子寺，新戶寺，廣東戶寺，二工寺，榆樹溝寺等。
