概述
1965年日本足球聯賽（Japan Soccer League）作為最高級別聯賽被創立，第二級別為分成各個地域的地域聯賽，第三級別則是47個都道府縣聯賽，由此組成最初的三個層級的日本足球聯賽系統（成年組別）。隨著1993年日本足球職業聯賽（J League）成立，當時只有一個級別的J聯賽成為了最高水準職業球隊競技的舞台，沒有參加J聯賽的球隊組成了日本足球聯賽（Japan Football League），此後JFL也就成為了業餘聯賽的頂點。
2014年，日本足球丙級聯賽（J3聯賽）創立，理論上J3聯賽和業餘球隊組成的JFL聯賽同處聯賽體系中的第三級別。但由於2015年起，符合J聯賽標準的單賽季最多兩支JFL球隊可以獲得下賽季J3聯賽參加資格，因此J3聯賽已經成為了實質上JFL聯賽的上一級別聯賽。
在日本足協進行第一類註冊的業餘球隊包括了企業球隊、學生球隊和混合球隊，沒有對球員其他身份的限制，大學球員可以組成地域同好會，也可以選擇加入同一大學的多支球隊。大學球隊可以組建社會人球隊參加業餘聯賽，但實際上，多數大學球隊一線隊都會選擇參加大學聯盟舉辦的賽事，而二線隊員則參加社會人球隊的比賽。如2016年JFL聯賽第一階段的冠軍球隊流經大龍崎，即可理解為流通經濟大學的二隊，流通經濟大學一隊參加關東大學足球甲級聯賽（大學賽事），作為三隊的流通經濟大學FC則參加關東足球甲級聯賽。
發展歷程
1965年，賽會賽制的全日本實業團足球選手權大會和全國都市對抗選手權大會廢止，日本足球聯賽（JSL）建立並進行第一屆比賽。同時，全國社會人選手權大會設立，冠軍球隊和JSL榜尾球隊會進行升降級附加賽。
1966年，東海聯賽和關西聯賽建立並進行第一屆比賽。
1967年，關東聯賽建立並進行第一屆比賽。
1972年，JSL聯賽分化為兩個級別。
1973年，中國聯賽和九州聯賽建立並進行第一屆比賽。
1975年，北信越聯賽建立並進行第一屆比賽。
1977年，東北聯賽和四國聯賽建立並進行第一屆比賽。同時，地域決勝大會建立並進行第一屆比賽，此前全國社會人選手權大會冠軍球隊的升級資格被前者取代，現行日本足球聯賽系統的雛形基本構建完成（JSL、地域聯賽、都道府縣聯賽）。
1978年，北海道聯賽建立並進行第一屆比賽。九大地域聯賽至此全部構建完成。
1985年，JSL的第二級別聯賽開始實行東西分區。同時官方引入JSL的職業球員註冊制度“特別許可球員制度”。
1986年，JSL由全年賽事（春秋制）改為跨年賽事（秋春制）。
1989年，JSL的第二級別聯賽廢除東西分區，改為雙循環賽制。
1992年，JSL聯賽改編為舊JFL聯賽，成為J聯賽的下級聯賽，進行開始第一屆舊JFL聯賽比賽。
J聯賽=日本足球新時代1993年，J聯賽進行第一屆比賽，JFL前兩名並已經成為J聯賽準加盟會員的球隊可以升入J聯賽，JSL時代實行的通過地域決勝大會升級的制度保留並適用於舊JFL聯賽。J聯賽、舊JFL聯賽均為全年賽事。
1994年，JFL聯賽廢除兩級別制度。
1999年，J聯賽分化為兩級聯賽，J2聯賽建立，部分舊JFL聯賽球隊加入J2聯賽，舊JFL聯賽改編為JFL聯賽。JFL排名靠前球隊升入J2聯賽（2006年前為前2、07-11年為前4、12年開始為1隊直升1隊附加賽）
2003年，“對志願加盟J聯賽俱樂部的優待措施”實行，得到認定的球隊可以直接參加地域決勝大會。
2006年，“J聯賽準加盟制度”實行，升級J2聯賽的條件變得更加嚴格。同時，全國社會人選手權大會中取得好成績的球隊可以獲得參加地域決勝大會的資格，全國社會人選手權大會再次成為升入JFL聯賽的途徑之一。由於地域聯賽的次級聯賽甚至都道府縣聯賽球隊都可以參加此項賽事，這一途徑也和“對志願加盟J聯賽俱樂部的優待措施”一樣可以幫助球隊實現跳級升級。
2008年，J聯賽理事會決定，2球隊數擴充至22支時將和JFL聯賽實行升降級附加賽，J2聯賽球隊可能降入JFL聯賽。
2010年，JFL進行一般社團法人化，即組建一般足球聯盟和日本足協共同主辦JFL聯賽。
2011年，JFL加入“日本頂級聯賽連協機構”，“對志願加盟J聯賽俱樂部的優待措施”措施廢止。
2012年，J2球隊數達到飽和的22支，J2聯賽開始和JFL聯賽實行升降級附加賽。
2014年，J3聯賽設立，J聯賽分化為三級聯賽，J3聯賽和JFL聯賽同為聯賽體系中的第三級別。
2018年聯賽構造圖
| 聯賽級別 | 聯賽名稱及球隊數 | |||||||||
| 職業聯賽第一級 | 日本職業足球甲級聯賽（J1聯賽、J1リーグ）18隊 | |||||||||
| 職業聯賽第二級 | 日本職業足球乙級聯賽（J1聯賽、J2リーグ）22隊 | |||||||||
| 職業聯賽第三級 | 日本職業足球丙級聯賽（J1聯賽、J3リーグ）17隊（擴軍中） | |||||||||
| 業餘聯賽第一級 | 日本足球聯賽（JFL聯賽、日本フットボールリーグ）16隊 | |||||||||
| 業餘聯賽第二級 | 北海道聯賽（北海道サッカーリーグ）8隊 | 東北社會人足球甲級聯賽（東北社會人サッカーリーグ1部）10隊 | 關東足球甲級聯賽（関東サッカーリーグ1部）10隊 | 北信越足球甲級聯賽（北信越フットボールリーグ1部）8隊 | 東海社會人足球甲級聯賽（東海社會人サッカーリーグ1部）8隊 | 關西足球甲級聯賽（関西サッカーリーグ1部）8隊 | 中國足球聯賽（中國サッカーリーグ）10隊 | 四國足球聯賽（四國サッカーリーグ）8隊 | 九州足球聯賽（九州サッカーリーグ）10隊 | |
| 業餘聯賽第三級 | 分區聯賽（札幌、道東、道北、道央、道南）（ブロックリーグ） | 東北社會人足球乙級聯賽北區（東北社會人サッカーリーグ2部北）10隊 | 東北社會人足球乙級聯賽南區（東北社會人サッカーリーグ2部南）10隊 | 關東足球乙級聯賽（関東サッカーリーグ2部）10隊 | 北信越足球乙級聯賽（北信越フットボールリーグ2部）8隊 | 東海社會人足球乙級聯賽（東海社會人サッカーリーグ2部）10隊 | 關西足球乙級聯賽（関西サッカーリーグ2部）8隊 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 |
| 業餘聯賽第四級及以下 | 分區頂級聯賽及以下 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 | 各都道府縣頂級聯賽及以下 | |||
升降級規則簡述
職業聯賽
J1·J2聯賽：升降級球隊數為2.5。J1後兩位直接降入J2聯賽、J2前兩位直接升入J1聯賽，J2第3-6名進行升級附加賽，勝出球隊與J1倒數第3爭奪最後一個下賽季J1聯賽席位（2018賽季新規）。若J2前兩位球隊中有無下賽季J1聯賽執照的，則倒數第三位保級，倒數第二位參加附加賽；若均無執照，則倒數第三、倒數第二保級，倒數第一參加附加賽；若J2第3-6名中有無執照的，則減少附加賽球隊數，以上不做名額遞延。
J2·J3聯賽：升降級球隊數為2。J2後兩位直接降入J3聯賽、J3前兩位直接升入J2聯賽，執照問題同上。
J3·JFL聯賽
擁有下賽季J3聯賽執照，且JFL聯賽年度排名前四的球隊（最多兩支）可以升入J3聯賽。
由於J3聯賽球隊數未達到飽和，不會有球隊因為成績問題降入JFL聯賽。
JFL·地域聯賽
九大地域聯賽全國地域決勝大會（詳情見主要杯賽·全國地域決勝大會介紹）前兩位直接升入JFL聯賽。
JFL降入地域聯賽名額=2-退出JFL或升入J3的球隊數
（例：2014年J3成立，除不降級外還有多餘的球隊得以升入JFL；2016年，岡山綠雉未來隊解散、沼津天藍升入J3，降級球隊數為0；’2017年無球隊退出或升入J3，降級球隊數為2）。
地域聯賽·都道府縣聯賽
| 地域聯賽聯賽 | 所屬都道府縣聯賽或區域聯賽 | 升級附加賽賽事名稱 |
| 北海道 | 札幌、道東、道北、道央、道南 | 區域聯賽決勝大會 |
| 北東北 | 青森縣、岩手縣、秋田縣 | 無 |
| 南東北 | 宮城縣、山形縣、福島縣 | 無 |
| 關東 | 茨城縣 、栃木縣、群馬縣、埼玉縣、千葉縣、東京都、神奈川縣、山梨縣 | 關東社會人足球大會 |
| 北信越 | 新潟縣 、長野縣、富山縣、石川縣 、福井縣 | 北信越挑戰聯賽 |
| 東海 | 靜岡縣、愛知縣、岐阜縣、三重縣 | 東海社會人錦標賽 |
| 關西 | 滋賀縣、京都府、大阪府、兵庫縣、奈良縣、和歌山縣 | 關西府縣足球聯賽決勝大會 |
| 中國 | 鳥取縣、島根縣、岡山縣、廣島縣、山口縣 | 中國地域縣聯賽決勝大會 |
| 四國 | 香川縣、德島縣、高知縣、愛媛縣 | 四國聯賽挑戰者球隊決定戰 |
| 九州 | 福岡縣、佐賀縣、長崎縣、熊本縣 、大分縣、宮崎縣、鹿兒島縣、沖繩縣 | 九州各縣聯賽決勝大會 |
註：參與升級附加賽賽事的球隊數和升級球隊數根據會所屬地域聯賽球隊數變化而不斷進行調整。
主要杯賽
日本天皇杯
國內三大錦標之一，所有在日本足協註冊的第一類球隊均可參加的賽事，共有88支球隊可以參加正賽階段比賽。天皇杯是日本歷史最為悠久，也最受各俱樂部重視的國內杯賽。
天皇杯冠軍球隊可以獲得來年參加亞冠聯賽的資格，資格可遞延J1聯賽第4名。
天皇杯冠軍球隊還可以獲得來年參加日本超級盃資格，資格可遞延J1聯賽第2名。（2009年起）
日本聯賽杯
國內三大錦標之一，由所有當年J1聯賽球隊和上年降入J2的0-2支球隊參加的比賽。比賽賽制及細則時有改變，多數參賽球隊會以鍛鍊年輕球員為主。
聯賽杯冠軍球隊可以獲得來年駿河銀行杯（日本聯賽杯冠軍vs南美杯冠軍）參賽資格。
日本超級盃
由上年J1聯賽冠軍和天皇杯冠軍進行爭奪，比賽時間為上下半場各45分鐘，若平局直接進行點球大戰。
日本超級盃一般在J聯賽開幕前一周進行，因此也是當年最早的正式比賽。
全國地域決勝大會
參賽球隊數為12支：九支地域聯賽頂級聯賽冠軍球隊（特殊情況可以遞延給亞軍球隊）、三支全國社會人選手權大會球隊（見主要杯賽·全國社會人選手權大會介紹）。
第一階段12支球隊分為3組，每組4支球隊，進行單循環。3個小組第一和1個小組第二進入第二階段，同樣進行小組單循環。2018賽季前90分鐘內贏球3分 、輸球0分，戰平還需進行點球大戰，勝者積2分、負者1分，此規則已於2018賽季起廢止。
如參賽球隊數不足，則按照下列順序遞補：
A、取得各地域聯賽頂級聯賽亞軍的百年構想球隊
B、若仍不足，則由各各地域聯賽頂級聯賽亞軍（已遞補冠軍時為第三名球隊）按括弧內順序輪流補充（關東、關西、九州、東海、北海道、中國、北信越、東北 、四國），該順序參照於2010年各地域註冊球隊數。
該項賽事前兩名可以升入下賽季JFL聯賽。
全國社會人選手權大會
由來自地域聯賽球隊和都道府縣聯賽的32支球隊參加的單淘性質比賽。其中9個名額分配給九個地域聯賽頂級聯賽冠軍、22個名額由各地域聯盟舉辦預選賽爭奪，剩下1個名額歸屬東道主地域。
該項賽事希望參與下賽季JFL聯賽的前三名球隊可以獲得全國地域決勝大會參賽資格，若前三名與九個地域聯賽頂級聯賽冠軍重複，或不希望升級的，則名額可以順延給之後名次的球隊。
全國俱樂部球隊選手權大會
僅由都道府縣聯賽球隊參加的杯賽性質比賽。按都道府縣大會（6-8月）、地域大會（8-9月）、全國大會（10月底-來年1月初）的順序舉辦，比賽時間按常規時間70分鐘、加時20分鐘、點球大戰進行。
共有16支球隊可以進入全國大會階段，9支球隊為九大地域代表、1支球隊為東道主所在都道府縣代表、1支球隊為東道主所在市町區村代表，剩餘4支按下列順序輪流補充（關東、關西、九州、東海、北海道、中國、北信越、東北 、四國）。
