日本僧官制度的簡介
公元6世紀，佛教由中國大陸傳入日本，這在日本文化史上是一件大事。這不僅為日本的傳統文化輸入了新的內容與營養，使其變得豐富多采起來，同時也推動著日本社會進入一個在本土文化與外來文化相互融攝中不斷發展的新時期。兩種異質文化的交流，必然會有一個分辨、選擇、淘汰、消化的過程，而作為接受主體的日本文化所固有的傳統以及當時社會發展需要所發揮的制約作用，則決定了對中國佛教進行選擇與消化的取向。正是這一點，規定了日本佛教既與中國佛教同宗同源，但又不是中國佛教照相式的翻版，而是經過日本文化改造的變形物。表現在僧官制度方面，呈現出既有借鑑、雷同，亦有創新、變異的形態，而且伴隨著日本社會的前進，其內容不斷推陳出新，凸現出每一歷史階段的特性。
僧官的初設
日本佛教僧官的設定，始於推古朝。在朝廷的支持下，此時的佛教已在社會中穩固立足，而且有了較大的發展。據推古三十二年(624)統計，時有寺46所，僧816人，尼569人。由於當時缺乏系統的律學理論的指導和規範性的授戒儀式，使私度僧尼不斷增加，違犯戒律之事也時有發生。據稱推古天皇三十二年(624)，有一僧人持斧毆打祖父。推古天皇聞之大怒，即宣詔諸臣：“僧尼居於持戒之地，反作惡逆。凡住寺之僧悉召之訊問，凡有犯戒者，皆重罰不貸。”此時，百濟僧觀勒上奏說，僧尼之所以輒犯惡逆，只因未習律法之故，請求天皇嚴治罪僧，赦免他人。他的意見被天皇採納。為了杜絕類似惡逆之事的發生，以律法有效軌範僧尼行為，遂於同年始設僧官。天皇敕命觀勒為僧正，鞍部積德為僧都，俗人阿曇連為法頭，委以統領全國寺院僧尼、維護教法之責。“僧正”、“僧都”的稱謂都取自中國佛教的僧官制度。繼觀勒之後，於推古三十三年(625)來日初傳三論宗的高麗僧慧灌成為第二僧正。大化二年(646)，慧灌奉詔在宮中宣講三論宗。結束之日，其門徒慧師、慧輪、智藏等也被任命為僧正。“法頭”是日本佛教特有的僧官，負責巡查諸寺，檢校僧尼以及寺中奴婢、田畝數量等，在日本歷史上只有兩次任命。繼推古朝之後，大化元年(645)孝德天皇任命來目臣等三位俗人為法頭，檢查全國各寺僧尼，核實寺院額定僧尼、土地，對於僧尼脫籍的寺院，施與土地。自此以後，再無關於此職的記載。
大化革新以後，日本的政治機制發生了重大轉折，也把佛教推向一個全新時期。大化元年(645)在百濟大寺召集僧尼，頒布興隆佛教的詔書，並仿照唐初所設定的檢校僧尼的“十大德”，首次任命慧灌、福亮、惠雲、常安、靈雲、惠至、僧旻、道登、惠鄰、惠妙(惠隱)為“十師”，按孝德天皇“宜能教導眾僧，修行釋教，使之如法”的詔令，委以十師統籌管理全國佛教事務、興隆佛法、教導全國僧尼的職責。其中僧旻、惠雲、常安、靈雲都曾來中國留學求法，尤其是僧旻居中土25載，於唐初回國後，為引進隋唐的政治、經濟制度起到重要作用。同年，根據天皇詔令，在各個寺院設定寺主和寺司兩職。“寺主”乃一寺之主。“寺司”一職始於推古朝，但僅限於法興寺，由蘇我馬子之子善德臣擔任；現把此職推廣到諸寺，仍由俗人擔當，負責寺院的經營、修繕等事務。這樣，初步形成了國家和寺院兩級，僧俗共管、各司其職的僧官制。
天智天皇(661—671)時，正式確立僧正為最高僧官，其下設僧都，再下設兩名佐官的制度。天武十二年(684)天武天皇將此制度改為僧正、僧都、律師三個階次，合稱“三綱”，委派有德行、有威望的高僧就任，成為中央級的最高僧官機構。701年《大寶令》發布後，僧綱上屬八省之一的治部省玄蕃寮管轄，劃定藥師寺為綱所，僧綱的任命統一根據《大寶令·僧尼令》的規定執行，必須在治部省具狀才可行事。與此同時，諸寺設定上座、寺主、都維那“寺院三綱”，管理本寺僧尼及其教務。寺院三綱受中央僧綱和地方的國司、郡司的監督。三綱各有職權範圍：上座為僧眾中之長老，由德高望重者擔任；寺主總理寺務，都維那主管僧事，按寺規指揮日常諸事。為了維護僧團的穩定，以及上下等級秩序，《僧尼令》規定僧尼死亡、還俗，寺院三綱應在規定期限內上報官府除名，全寺僧尼必須尊重服從三綱的管理，禁止辱罵等不恭行為。大寶元年(701)文武天皇始設地方僧官——國師，住在各個行政區(國)的大寺內，配合國司監督管理本地方僧尼，檢校寺產，併兼講說經論之職。國分寺建成後亦歸國司、國師的共同監督之下，由寺院三綱執行具體事務。因此，“國師”作為一種僧官職稱，和中國佛教中對學德俱優、堪為一國師表之高僧所敕封的“國師”封號有質的區別。後世“國師”改稱“講師”，其職權發生相應變化。1308年以花園天皇(1303—1313)追謚圓爾辨圓為“聖一國師”為開端，不少著名禪師受賜“國師”稱號，中日兩國“國師”封號的內涵遂基本趨向一致。
制度介紹
佛教的官職分為世俗事務和佛法事務兩種，前者由俗人擔任，包括寺司（管理一寺事務）和法頭（檢校僧尼寺院數目、管理寺院田園事務，僅在推古、孝德兩朝設定）；後者包括僧綱、僧位兩種。
僧綱分為僧正、僧都、律師三個官階，最早是三階五級，即大僧正、僧正、大僧都、少僧都、律師；後來發展為三階九級，即大僧正、僧正、權僧正，大僧都、權大僧都、少僧都、權少僧都、律師、權律師。
根據僧綱的奏請，淳仁天皇於八世紀中葉首次設定僧位，有傳燈大法師位、傳燈法師位、傳燈滿位、傳燈住位、傳燈入位，總稱為師位，由天皇敕授；其下還有十三階僧位，按奏請任命。
八世紀末，僧位僧官配以俗位的做法開始出現；864年，朝廷又制定了法印、法眼、法橋三位階，授給僧綱，僧官體系有了一定發展。從上往下計算，法印大和尚位包括大僧正、僧正、權僧正三級，相當的俗位為正三位，贈物相當於從四位俸祿；法眼和尚位包括大僧都、權大僧都、少僧都、權少僧都四級，準三位，正五位贈物；法橋上人位包括律師、權律師兩級，準五位，從五位贈物；法印、法眼、法橋三位以下，依次是傳燈大法師位、傳燈法師位、傳燈滿位三級僧位，由天皇敕授；再往下還有傳燈住位、傳燈入位兩級僧位，由僧綱評判授予。
除了以上僧位之外，僧官還包括大威儀師、威儀師、從儀師以及法務、權法務等僧職。朝廷有“有職三綱”，即已講、內供奉、阿闍梨三職，還有在宮中值宿為天皇聖體安康進行祈禱的護持僧。統管各寺具體事務的有座主、長者、別當、長吏、檢校等僧職和上座、寺主、都維那的三綱。地方上還有講師、讀師兩種職位。這些僧職互相交叉，非常複雜。
僧官體系
以上就是由“僧尼令”等法令所確定的僧官體系。以德川初年統領天台一宗的天海大僧正為例：天海早年因睿山遭到攻打而投奔武田信玄，當時被推為“講師”；後來德川家康招請天海做睿山的“探題執行”，天海便移往睿山東塔的南光坊（因此後來被人稱為“南光坊天海”）；慶長十四年十二月，天海在京都被後陽成上皇召進宮中問法，被授予“權僧正”的職位；慶長十五年，敕授“新題者”，稱“久運法印講師”；元和二年，天海入京為德川家康請神號，被任命為“大僧正”。
僧官制度的時代變易
1、奈良時代
奈良時代，日本王室將佛教視作“鎮護國家的要法”而致意興隆，從而使僧官的配置趨向周密。
首先，奈良時代一承前朝的僧綱，敕任了不少的碩學大德，並設定了三階五級的差別。僧正分為大僧正、僧正，僧都有大僧都、少僧都之別。例如，法相宗四傳義淵受到天智、天武、持統、文武、元明、元正、聖武七朝的崇敬，其學德堪為世范，被敕任為僧正。養老年間(717—724年)入唐學法18載的法相宗僧玄昉於天平九年(734)受賜紫袈裟，供職於內道場，被敕任為僧正，權傾朝野。“大僧正”的任命始於法相宗僧行基。行基曾投學義淵門下，積極進行民間傳教和社會公益事業，尤在協助修造東大寺和國分寺過程中，率徒眾四處募化，出力甚鉅，於天平十六年(745)正月，一躍受任大僧正。但此後的二百三十餘年間，此位一直空缺，直到天延四年(976)天台宗僧慈慧由少僧都躍升為大僧正，才重新有了這一任命。慈慧可算是日本天台宗“睿山極盛時代”的造就者，門下人才濟濟，他多次被敕任為大僧正，可以想見其受朝廷尊崇的程度。作為“平安二宗”之一的真言宗，於寬和二年(986)寬朝升任大僧正，成為弘法大師(空海)後繼者中任此最高僧職的第一人。
“大僧都”之職的首任者是道昭，他於孝德天皇白雉四年(653)奉敕渡唐，入玄奘門下修習因明，學成歸國後，在元興寺傳播法相宗，為該宗的第一傳，文武天皇二年(698)被敕任為大僧都。天平勝寶六年(754)，為了弘傳律宗，不顧生死、六次東渡的鑒真大師被敕授最高榮譽僧位——傳燈大法師位，翌年又被敕任為大僧都，其弟子法進被敕任為律師。寶龜五年(774)法進晉升為大僧都。日本華嚴宗二祖良辨因在修建東大寺中出力甚大，於天平勝寶三年(751)被任命為少僧都，755年與鑒真同被任命為大僧都，後升任僧正。
“律師”始設於天武天皇十二年(634)，在聖武天皇時曾敕任入唐請益僧、日本三論宗第三傳道慈為律師。奈良時代，在“律師”一階中曾有“大律師”和“中律師”的稱號，但它只緣於道鏡為了援引自己的黨羽基真與圓興而設定，天平神護二年二人分別被授任大律師和中律師，桓武天皇延曆十三年(794)被廢除，兩稱號僅存世27年。
其次，僧綱的職權被進一步擴大。據718年10月的太政官令，僧綱職責還包括：向朝廷推舉“法門之師範者”，以表彰其高德；薦任有才幹的學僧擔任僧官；根據僧尼的素養和佛學水準，為其講說眾理，使之學習諸義，“皆令所學”，“勿使浮游”。天平寶字四年(760)淳仁天皇依照僧綱所奏，首次設定僧位，分為傳燈大法師位、傳燈法師位、傳燈滿位三種，由天皇敕授，其下還設有十三階，按僧綱的奏請任命。
再次，出現了別當、造寺司、法王、威儀師等新的僧官職稱。“別當”，原意是除本職外，還兼有他職之意，用在佛教僧官上，則相當寺院的座主，是統掌一寺的主管。如天平十七年(745)聖武天皇任命玄昉為當時“天下三戒壇”之一的筑紫觀世音寺的別當。天平勝寶四年(752)孝謙女帝敕任良辨為東大寺首任別當，司雜務，兼法務。稍後的天台宗僧光定(779—858)師事最澄，最澄入寂後奉敕興建大乘戒壇，後歷任延曆寺別當，有“別當大師”之譽。此外，法相宗興福寺的別當皆出自顯貴之門。自中世以後，四天王寺別當一職又成為天台宗山門和寺門兩派競相爭奪的目標之一。
“造寺司”一職是舉國大興造寺之風的產物，由天皇委任，主要負責營造某一寺院的具體事務。如大安寺移建奈良時，道慈受詔為“造寺監護”，他以唐西明寺為藍本修建大安寺。造東大寺時，聖武天皇敕任良辨為“造東大寺司”(延曆八年廢)。而自稱德天皇以來最受重視的是“造法華寺司”(延曆六年廢)。後世仍有此職的任命，如延曆十五年(796)在平安建東西兩寺時，曾設造寺司，任命造寺長官。
“法王”等稱謂專指法相宗僧道鏡及其弟子。道鏡深得孝謙上皇的寵信，其職從“少僧都”、“大臣禪師”，一直晉封為“太政大臣禪師”，既左右朝政，又支配全國僧尼。天平神護二年(766)敕授“法王”之位，弟子圓興、基真分別得授“法臣”和“法參議”。“法王”享受天皇待遇，“法臣”和“法參議”相當正三位和正四位官職。神護景雲元年(767)模仿宮廷官制，建設“法王宮”，內設長官、次官、判官、主典四種法王宮官，全部由道鏡的親信擔任，使之權勢日盛，甚至想謀取皇位。可見，“法王”等稱謂反映了奈良佛教與政治密切結合的突出特點，又是僧侶直接從政為官的一個縮影，被日本佛教界看成是奈良時代僧侶腐敗墮落的典型事例。
到奈良末期，光仁天皇(770—781)為了肅正僧風，控制剃度僧尼的數量，於寶龜二年(771)應僧綱的奏請，在僧綱內增設“威儀師”六人，及作為威儀師的輔員“從儀師”，專門糾察監管全國僧尼風紀之事。此間，僧綱與官位已有明確的對應，僧正配從四位，僧都配正五位，律師配從五位。
2、平安時代
伴隨佛教的興隆及天台、真言二宗的創立與發展，僧官制發生了如下變化：
第一，僧綱有了權官職位，即權僧正、權大僧都、權少僧都、權律師，使奈良時代的三階五級發展為三階九級制。對於僧綱的受命標準，朝廷規定真言宗僧在灌頂後須經過傳燈法師位、大法師位，並有加持祈禱效驗者，才可晉升僧綱；其它諸宗要在擔任維摩會、金光明會、法華會講師之後方可受命僧綱。弘仁十年(819)對僧綱的人數作出規定，要求僧正和大、少僧都各一人，律師不得超過4人。但實際上僧綱人數逐漸突破限制。因此除增設各階權官外，又於貞觀六年(864)新置法印、法眼、法橋僧位，並授予僧官階位。法印為僧正階，法眼為僧都階，法橋為律師階。此後數百年間，僧綱的權力迭有盛衰。明治初年政府廢僧官制，1884年準許各宗自立宗制與寺法，各立僧正、僧都，但已然失去僧官階位的意義，只表示僧人的學德而已。
第二，“法務”一職的正規化。“法務”不是平安時代的創新，它始於推古朝的僧人觀勒，屬僧綱所的設職，司掌諸寺的法事或僧尼剃度、化緣之事。但此職的任命一直時斷時續。平安時期，“法務”的任命趨向正規化，通常由僧正兼任，有總、正、權之別，如受天皇器重的法相宗僧正護命(750—834)曾出任此職。
第三，伴隨天台、真言兩宗的傳播與發展，相繼出現新的僧官稱謂。它們是：
座主始設於兩宗的總本山比睿山延曆寺和高野山金剛峰寺，由朝廷任命學德兼具的上首者擔任，負有統領管轄全山的職責。天長元年(824)淳和天皇賜敕最澄弟子義真為天台一宗的“儒者”，乃睿山座主的起源。仁壽四年(854)圓仁受命為延曆寺座主，管理睿山十年，是有“座主”公稱的開始。貞觀十年(868)圓珍就任第5代天台宗座主，在職達24年。圍繞座主一職，圓仁法系與圓珍法系爭奪激烈，最終分立為山門(睿山)和寺門(三井寺)兩派，武裝衝突不斷，長期未能相和。高野山金剛峰寺座主始設於仁和四年(888)，由僧正真然舉薦，弟子壽長被詔敕此職。延喜九年(909)深受南北僧徒尊敬的權僧正觀賢補任醍醐寺座主，為真言宗醍醐寺有座主的開始。大治六年(1131)根據白河法皇的詔令，把真言宗大傳法院永遠作為祈禱鎮護國家的寺院，參與籌劃與擴建的覺鑁受敕任首任座主。
長者為真言宗東寺的設職，有一長者、二長者兩個等級。作為一寺的總管人，亦是一宗的最高職位，由年高德劭者出任。弘仁十四年(823)天皇下詔，把東寺賜予空海，作為弘布真言宗的永久基地，賜寺號為“教王護國寺”。從此，空海及其弟子長期居住此寺。僧正真濟、真雅、宗睿、真然、權僧正觀賢都曾受命出任長者之職。而且，觀賢還開創了東寺長者兼金剛峰寺座主之先河。
行人後世亦有“旗頭”之稱，設在真言宗根來寺、大傳法院等寺院，專門管理香花、餉米、封祿、貢賦、出納等俗務。建武年間(1334—1338)為了防範軍卒的闖入，行人常常執甲抵禦，使勢力增加很快，到元龜(1570—1573)、天正(1573—1592)年間，行人可率眾數千，又配有兵器，儼然成為一個兵團。後在豐臣秀吉的武力打擊下，其勢力開始衰落。明治三年(1870)被廢除。
長吏是設在天台宗的僧官，掌理一寺事務，其稱因寺而異。如園城寺長吏亦叫寺門長吏、三井寺長吏，貞觀元年(859)圓珍任此寺別當時首用此稱。勸修寺長吏叫作別當，始於延喜十八年(918)的濟高。橫川首楞嚴院的長吏稱為檢校，始於安慧。
第四，為了祈禱皇室與國家的安泰，平安時代各種供養經論的法會十分盛行，於是講師、讀師、復師等職位也應運而生。各國（古代日本行政區）均設有講師、讀師等職。“講師”為講明經論之僧；“讀師”是講師的副員，為讀誦經論者；“復師”乃複述發揮講師所講的義理。延曆年間(782—806)規定，在受戒之後，能背誦一卷《羯磨四分律鈔》並在本業十條考試中通過七條以上者，才能被任命為一國的講師。後因天台宗和真言宗競爭不止，又規定凡在東寺、西寺擔任過一屆三綱職位者，可直接被任命為各國的講師、讀師；凡在延曆寺擔任過一任上座、寺主者，可任命為講師，任一屆都維那者，可被任命為讀師。鎌倉時代，入宋6年、首倡無準禪道的圓爾辨圓被敕任為“日本國總講師”，可謂是一種最高的褒獎。
此外還有已講、內供奉、阿闍黎三職，統稱“有職三綱”。平安時代，參加奈良舉行的維摩會、御齋會、最勝會等講經法會而畢業者，日本佛教稱之為“得業”，可奉敕擔當三會講師。尚未開講者叫作“擬講”，已受敕封正式開講者為“已講”。現已演化為淨土宗、淨土真宗大谷派的學階名稱，以示僧人學識的階段層次。“內供奉”即在內道場供職的高僧，常在宮中值宿。為天皇聖體安康進行祈禱的僧人又稱“護持僧”，起初最多不過三人，後逐漸增加到八九人之多。“阿闍黎”指既能教導弟子，使之行為端正合宜，自身又堪為眾徒之楷模者，由政府任命，是自平安朝以來諸代相承的一種僧職。分為三種，一是七高山阿闍黎，原指比睿、比良、伊吹、愛岩、金峰、葛木、神峰等七山寺院奉敕祈禱的高僧，後其它大寺也設有此種阿闍黎。二是傳法阿闍黎，司掌天台密教和真言密教的傳法灌頂之職。三是一身阿闍黎，多為貴族名門出身者，僅限其一身有傳法灌頂之權。三種阿闍黎都有大小之別。仁明天皇(833—850)時，在宮中設真言院，創辦“後七日御修法”，空海任大阿闍黎。此後成為慣例，每年由東寺一長者出任大阿闍黎，亦稱“後七日阿闍黎”。仁壽四年(854)朝廷任命安慧、慧亮為三部大法的阿闍黎，成為以朝廷之命設定傳法阿闍黎之嚆矢。“一身阿闍黎”始於天台宗僧尋禪。他出身高貴，受教於慈慧，被直接任命為權少僧都，又升至權僧正，開創了大臣之子受命僧綱的先例。此外還有悉曇阿闍黎、聲明阿闍黎等。
“學頭”之職是在天台宗和真言宗大興教相研究的背景下產生的，負有教導眾僧之責。承和十三年(846)，32歲的圓珍因習學顯密二教，綜覽各宗要義，才德超卓，智略高深，而被睿山僧徒推舉為學頭，以“勸勉長幼，扶掖上下”。大治五年(1130)，覺鑁在高野山設定學頭一人、學侶36人，專修學業，信慧受命為最初學頭。文永三年(1266)真言宗新義派的集大成者賴瑜出任大傳法院的學頭。明治三年(1870)“學頭”一職被廢除。
3．鎌倉與室町時代
鎌倉時代是日本民族佛教的形成期，一些頗具民族特色的新宗派迅速傳播。究其內因，一方面是新宗派的教理易被廣大民眾接受；另一方面，幕府對佛教的保護支持兼有適當抑制的宗教政策，同樣是非常重要的因素。在此背景下，僧官制出現了與之相適應的新的變易，突出表現在：
首先，順應幕府修復興建寺院的需要，設定“大勸進”一職。鎌倉初期，幕府通過朝廷組織國力，大力修復毀於平安末年戰亂的寺院，其中修建東大寺是最大的工程，所以“東大寺大勸進”一職最受重視。幕府委任曾兩次入宋的重源擔當東大寺大勸進，具體負責籌資和工程事宜。建永元年(1206)重源圓寂後，榮西受命為東大寺大勸進，他運用在中國天台山修造堂廊的經驗，先後建成東大寺佛殿、七重東塔以及京都法勝寺九重塔。其後榮西弟子行勇、圓爾辨圓以及對律宗的復興有很大貢獻的忍性都曾奉敕擔任此職。
其次，鎌倉時期禪宗全面傳入日本，到室町時代，禪宗已占據主導地位，尤其是臨濟宗受到歷代將軍和朝廷公卿的歸依，十分盛行。為了加強對禪林的管理，室町幕府初設“禪律方”，後改“僧錄司”，統攝全國禪宗官寺，推行幕府的文教政策。具體而言，僧錄司負責對“五山十剎”及各地禪宗官寺住持的任免、裁決訴訟、寄進領地以及收各種公文錢，並參與政府的政治外交乃至文書簡牘等。康歷二年(1380)後圓融天皇敕任富有翰墨之才的臨濟宗僧春屋妙葩為首任僧錄，任所以京都相國寺為中心。因圓融天皇十分欽敬通門寂靈的高尚德行，也曾特敕授以僧錄之職，成為曹洞宗僧任此職的第一人。後僧錄司專由相國寺鹿苑院院主擔任，繼春屋妙葩後，絕海中津、空谷明應、瑞溪周鳳、橫川景三等都任過此職，由夢窗疏石一派長期據有。其中以博學高德而名聞遐邇的瑞溪周鳳曾三次被敕任為僧錄司。足利義敬時，該職的實權轉移到蔭涼軒留守職的手中。“蔭涼軒”是鹿苑院中供將軍休憩的居所，“留守職”原為僧錄屬下負責與將軍聯絡等事宜的職務。文安二年(1445)以後，相繼有大德寺、妙心寺、總持寺、永平寺等大寺院脫離僧錄司管轄，從而動搖了該職位的許可權。
再次，室町時代隨著莊園制的解體，在各個村落中形成了以中小地主、自耕農為骨幹的農村自治組織，為一向重視民眾傳教的淨土真宗提供了新的機遇。其中本願寺教團八祖蓮如很快順應這種社會構成，利用村自治組織設定負有傳教使命的“坊主”。它同中國佛教中的“坊主”職能明顯不同，是為了實現村落組織和信仰組織結合起來的一種嘗試。每一坊主所轄的門徒多寡不一，下設稱為“講”的門徒組織。到顯如時代，該派的勢力益發壯大，永祿二年(1559)顯如升至僧正，同年正式設立“坊官”一職，掌握本派的財務與俗務，並分法眼、法橋兩級，由其家司下間賴總任法眼，賴良、賴資任法橋。此後下間氏世代承襲此職，明治四年(1871)被廢。
另外還應提及的是，在室町時代，中國唐宋禪寺的清規已較完整地移植到日本，參照《百丈清規》、《禪苑清規》，制定約束寺僧修行和日常生活的儀規，任命禪林僧職管理禪剎。如曹洞宗出台的《典座教訓》、《知事清規》、《眾寮清規》等，均對首座、典座、監寺、直歲等的職責與規範以及寺中秩序作出了明確規定。
4．江戶時代
1603年德川家康在江戶設立幕府，建立起以德川氏將軍為頂點的最後一個武家政權。在推進中央集權政治體制的過程中，亦通過法度的途徑把佛教納入了封建統治框架之內。首次確立公家、武家、佛家制度，禁止濫授僧官僧位，嚴格晉級法規，尤其對前朝僧錄司制度進行調整與改革。元和元年(1615)幕府下令把僧錄司移至南禪寺金地院，命佛教各宗皆設僧錄職務。與此同時任命臨濟宗僧崇傳為諸寺僧錄，全權負責幕府的宗教行政。不僅掌管禪剎的事務，還通過各宗僧錄司掌管各宗諸寺，而且參與幕府的軍政機要，起草外交文書，參加制訂自1608年至1615年間的一切寺院法度。崇傳去世後的寬永十二年(1635)，在幕府和各藩設寺社奉行，主管各地寺社、神官、僧人及寺社領地的民眾，從而大大削減、分流了僧錄司的職權。從此僅有臨濟宗五山派歸轄金地院。
為了有效地控制各宗，幕府命各宗在江戶設定“觸頭”，即在江戶和各藩設聯絡辦事機構，其職責是把幕府及各藩寺社奉行所下達的政令、法規傳達到各宗諸寺，並把各寺院上報給兩級寺社奉行的文書轉呈上去，對自己聯絡範圍內的寺院寺僧進行監督管理，對不法行為者有一定的處治權。如按照慶長十一年(1612)對曹洞宗下達的法度，由下總的總寧寺、武藏的的龍隱寺、下野的大中寺作為全宗的總僧錄，統轄曹洞宗在各地的錄所；以江戶的總泉寺、青松寺、泉岳寺作為觸頭。這樣通過“觸頭”聯絡諸宗諸寺的模式，達到了控制整個佛教的目的。對於觸頭，淨土真宗叫輪番或錄所，淨土宗叫役者，真言宗稱在番。
在德川時代，對佛教各宗的法度已十分明細，其中提倡僧人專心研究教義與修行是一重要內容，體現出幕府重文教、獎勵學問的策略。於是便產生了“能化”一職，意思是能教化他人者的傳法人，同歷史上的“學頭”有相似之處，負有向眾僧講釋宗義宗規之責。因幕府對各宗的法度不同，所以各宗的能化設定也略有差異，但必須起用德高望重的學問僧則是共同的。如《關東新義真言宗法度》規定，凡在山研習學問不足20年者不得擔任能化。《妙心寺諸法度》和《大德寺諸法度》中能化的基本條件是必須修行30年並參透1700則公案者。真宗本願寺教團最初採取“能化一人”制，因準玄創學黌有功，被提拔首任能化。文政七年(1824)廢“能化一人”制，改設“勸學”、“司教”、“助教”與“得業”。能化在天台宗仍稱“學頭”。淨土宗稱之為“伴頭”，規定只有完成8部佛學課程、約24年的時間才能達到此職位。
近現代的佛教僧官
明治政府成立以後，在“王政復古”、“祭政一致”的口號下，恢復了天皇擁有無上權力的天皇制度，在宗教方面推行禪道國教化政策。明治初年政府對佛教的種種干預與利用，都圍繞這一主題展開。明治五年(1872)3月，政府設定教部省，任命神官、僧侶擔任教導職。6月在各宗設定教導職管長，令其統轄全宗。8月，廢除僧位僧官，規定僧侶是一種職業，命他們稱姓氏，解除禁止僧人食肉、娶妻、蓄髮的禁令，為僧人出任教導師掃除障礙。明治6年(1873)教部省以訓令方式向教導職管長頒布宣教提綱，命令傳達到全國教導職，並每月向教部省上報講演錄。明治七年(1874)再次規定非教導職者不得出任寺院住持，從而使各宗諸寺的住持皆成為教導職。教導職為教部省的屬員，分為從大教正、權大教正、中教正到訓導、權訓導的14個等級，是當時僧人社會地位高下的重要標誌。教導職的使命就是圍繞“敬神愛國、明天理人道，奉戴天皇、遵守朝旨”的教則，向人民宣傳敬神忠皇、神德皇恩，人魂不死以及儒家說教，為鞏固天皇專制統治和維新政策服務。明治十七年(1884)8月，政府下令廢除一切教導職，並明確了佛教諸宗的管長制運營機制，成為近現代日本佛教的基本組織模式。
管長制初設於明治五年(1872)，規定天台、真言、淨土、禪宗、真宗、日蓮、時宗為一宗一管長制。明治十七年8月，政府下達委派神道、佛教各派管長的檔案，把管長制推廣到各宗各派。該檔案賦予管長極大的權力，既是一宗一派宗教上的最高權威，亦是宗教行政的最高首腦。檔案規定，佛教各宗應定管長一人，各派亦可設定管長一人；選定管長的規則根據各自教規宗則決定，並經內務卿承認；管長的職責是根據立教開宗之旨，制定宗制寺規，規定僧侶和教師的資格與稱號，任免寺院住持，陟黜教師，管理宗寺財產，對政府的監督官廳負責。按照檔案精神，各宗派都在本山推戴管長，天台宗管長用“座主”舊稱，任期七年；真言宗管長稱“長者”，由十一個大本山的住持交替任職，任期三年；曹洞宗叫貫首，由永平寺和總持寺兩大本山的兩位貫首輪流擔任，為期一年；淨土宗與日蓮宗以四大本山的住持作為管長的候選人；真宗十派各設管長，其中東西本願寺的管長為世襲制；臨濟宗十派也各設管長，同其它宗派一樣，由末寺選出。
伴隨管長制的實施，各宗派在組織建構上作了局部調整，其中最具現代性的是組成議會，其議員由各教區的選舉區域選舉產生，參加定期召開的宗議會，協商決議本宗派的重大事宜。宗議會至今仍是各宗的主要決策機關。真宗大谷派議員又稱“贊眾”；本願寺派稱為“會眾”，有由管長特任的“特選會眾”和由選舉產生的“總代會眾”兩種。日蓮宗議員則分甲乙兩部，半數由管長推薦。
第二次世界大戰以後，各宗順應社會的深刻變化，對內部機制重作若干改革。如淨土宗、淨土真宗等取消管長制，以門主、法主作為宗派的宗教權威，另由宗務總長主持日常工作，形成了法統和宗政的兩套班子。由於宗務機關分工的細密化，使僧職大幅增加，而且其稱謂愈發世俗化。如天台宗宗務機構的任職除宗務總長外，還有部長、室長、參務等。淨土宗設職有宗務總長、部長、課長與委員。日蓮宗等還設有參事、主事、書記及事務員。
近現代崛起的新興宗教，均取在家的組織形態，教團負責人及各級組織者均以幹部相稱，廣泛使用會長、副會長、理事長、理事、支部長、部長、組長等世俗社會的職稱。靈友會、立正佼成會的“法座長”是一較特殊的稱謂。“法座”即教團用以學習教義、交流信仰體會、探討人生的基層活動形式，“法座長”即為召集主持人。
