2002年10月2日，日本航空和日本佳速航空，合併組成一間新公司：日本航空系統（日文：日本航空システム，英文：Japan Air System），所有佳速航空的客機都使用了日航的新塗裝。
在合併前，佳速航空擁有的機隊主要是DC-9、MD-82系列，高運量航線則採用日本非常罕有的空中客車A300客機，後期則採用數架波音777客機。
航線
國內札幌－女滿別、釧路、函館、三澤、青森、秋田、花捲、山形、松本、出雲、徳島、廣島、大分、長崎、熊本、宮崎 女滿別－新潟、仙台 旭川－新潟 仙台－釧路、函館、岡山、松本、高松 東京－女滿別、釧路、帶廣、札幌、函館、青森、三澤、花捲、小松、南紀白濱、大阪(伊丹・關西)、徳島、高松、高知、廣島、出雲、北九州、福岡、大分、長崎、熊本、宮崎、鹿兒島、奄美大島、那霸 大阪－女滿別、帶廣、札幌、旭川、釧路、青森、三澤、秋田、花捲、山形、仙台、鹿兒島、新潟、松本、米子、出雲、隠岐、松山、徳島、福岡、佐賀、種子島、奄美大島、那霸 名古屋－釧路、札幌、青森、花捲、仙台、高知、福岡、長崎、熊本 米子－隠岐 出雲－隠岐 廣島－松本、女滿別 松山－岡山、宮崎 福岡－廣島－女滿別（不經乘搭：福岡－廣島，） 福岡－旭川、女滿別（直達）、山形、青森、花捲、仙台、高知、米子、出雲、高松、松山、宮崎、鹿兒島、那霸 大分－長崎、鹿兒島 宮崎－長崎 鹿兒島－岡山 熊本－高松 鹿兒島－松山、奄美大島、徳之島、喜界島 那霸－青森、秋田、花捲、出雲
路線合併許可
東京－旭川 大阪－高知 註：大阪→大阪國際機場・關西國際機場 東京→東京國際機場
國際線東京－新加坡、檀香山、首爾、上海、西安、廣州、香港、昆明 大阪－首爾、香港、西安、昆明、廣州 註：大阪→關西國際機場 東京→成田國際機場
機隊
空中客車A320 A300-B2 A300-600R 波音 波音777-200 麥道-80 麥道-87 麥道-90 道格拉斯DC-9 道格拉斯DC-10 YS-11
