起因
1888年，兼任福建巡撫與台灣巡撫兩職的劉銘傳決定開拓財源，解決台灣新政過度仰賴福建財政的問題，於是展開整理全台田賦帳冊的工作，一面以統一的新稅率取代過去複雜參差的舊有田稅，另外進行全台丈量土地工作，以查清過去隱匿未上報官府的開墾田地。
一開始丈量工作進行十分順利，台灣北部的土地很快丈量完成，但在台灣中部展開丈量工作時，彰化縣知縣蔡麟祥病死於任內，於是劉銘傳派淡水縣知縣李嘉棠完成工作。但李嘉堂進行丈量時不仔細評斷土地好壞，草草了事，加上鄰近的嘉義縣丈量進度不錯，獲得上級嘉獎，這令李嘉棠倍感急迫，便把兩名死刑犯釘死帶到西螺、北斗遊街，以威嚇鄉民，另外又捏報簡燦病故，然後將他釘死在鹿港大橋上。而簡燦卻被誤傳為徐貓振，導致其弟許得龍前來劫獄不成，回到鹿港搶劫鹽館，因而驚動縣府，令李嘉棠親自前去勘查。這時，鹿港與各地士紳連名攔路申訴，但未得解決，且李嘉棠回縣城後反而通告台北事件危急，希望派兵支援，於是各地民怨四起，特別是浸水莊(今彰化縣鹽埔鄉新水村附近)因領取丈量單據者不多，對丈量工作十分抗拒，故民眾特別激憤。
10月5日，浸水莊的富農施九緞在鄉親的邀請下，出面主持公道，並以神靈請託為由，率領數百人打著“索焚帳單”的口號，插著“官激民變”的大旗前往縣城。由於施九緞口號響亮，且嚴禁民眾半路打劫，因此加入民眾越來越多，到達縣城時已經有數千人之多。這時城內的李嘉棠倍感驚恐，因此緊鎖縣城，並發電報北上求援，並下令各鄉團派兩百人前來支援，但因發報時錯打成兩人，加上通往縣城的道路都被包圍民眾封鎖，因此恐懼之虞，無人前往支援。不久圍城民眾剪斷電報線，全城與外界失去聯繫。
事件過程
10月6日，武毅右營提督朱煥明接獲訊息，從嘉義連夜趕來彰化支援。但經過大埔心（今彰化縣埔心鄉）時遭到襲擊，清兵死傷十餘人，彈藥用盡，而朱煥明擊殺十餘人後率對撤往口莊竹尾巷（今彰化縣花壇鄉），但施九緞本人正在南瑤宮，附近一帶駐紮數千名起事民眾，而施本人下令攻擊朱煥明軍，結果朱煥明戰死，所剩清軍則崩散逃跑。
10月7日和8日，李嘉棠採取補救行動，一方面請地方鄉紳協助調停圍城民眾，另外又大開義倉救濟災民，博取城內居民好感，以防城內生變。但城外包圍民眾仍展開攻城行動，試圖由北門攻入城內，可在棟軍副帶林超拔等人死守下，來犯者終為擊退。
10月10日後，林朝棟率領棟軍新招募部隊1800人來到縣城外，城內部隊趁勢開城突圍，於是在內外夾擊之下，圍城民眾潰敗，成功解圍。之後，林朝棟指揮旗下各營掃蕩燕霧二十四莊（今彰化縣花壇鄉、大村鄉等地）陸續擊潰各地起事民眾，而澎湖鎮總兵吳宏洛、台東直隸州知州吳本傑等人也陸續前來協助平定民變，而布政使沈應奎則招安各地，並詢問李嘉棠民變緣由。
而李嘉棠為藉機報復鹿港士紳不協助丈量工作，便趁機怪罪當地士紳協助起事，要求沈應奎派軍攻毀鹿港，但沈應奎並未同意，並派人前往鹿港打聽民變原因，結果卻得到不利於李嘉棠的說辭，於是李嘉棠對鹿港居民更是不滿。
李嘉棠見沈應奎不理，遂要求吳宏洛出兵攻打鹿港，吳宏洛也聽從並準備派兵開戰，但在吳德功、吳本傑大力奔走，並發電報請劉銘傳節制吳宏洛之下，才阻止戰事爆發，而吳宏洛則被交由沈應奎管理。不久吳宏洛等各軍撤回台北，李嘉棠之職由朱公純接任，事件宣告結束。
影響
事件平定後，李嘉棠因丈量不公、激發民變而被查辦革職。而棟軍統帥林朝棟因最先解圍，獲賞黃袍馬褂，成為清代唯一以道員身分獲得此榮譽者。至於民變參與者與主要起事的燕霧二十四莊居民因林朝棟等人提議從寬處理，故僅由為首數人被官府補殺，免遭到屠滅的命運。至於事件首領施九緞則為民眾所掩護，自始至終未被官府捉到。
不過，該事件也意味劉銘傳在台灣中部的土地丈量工作宣告失敗，整個計畫被迫停止。台灣省財政依然吃緊，在台的新政也在不久之後隨劉銘傳離職而結束。
