同治六年(1867年)二月十六日，方紹舟出生在安徽省滁州市定遠縣爐橋鎮一個仕族家庭里。及長，聰穎好學，學業出萃。在維新派“興辦學校，發展教育”思想的影響下，他在家鄉與張潤齋等創辦了儲材國小堂，並擔任校長。
光緒三十三年(1907年)五月，方紹舟由鄭贊丞、凌蕉庵介紹加入孫中山領導的同盟會，並和江淮地區同盟會員楊小鶴、孫裴軒、柳汝俊、田次勛、竣同之、凌鐵庵、張俊甫、魏冕齋、王龍亭等人，積極開展民主革命活動。
光緒三十四年十一月，光復會成員、馬炮營隊官熊成基，趁清軍於太湖秋操之際，率馬、炮營新軍千餘人發動了安慶起義。攻城失利，敗走皖中，遭清軍追擊，部眾離散，餘部不足百人，由田激揚帶領經爐橋向壽、鳳一帶轉移。爐橋清軍千總伏兵要隘，欲捕殺熊成基等起義軍首領。方紹舟聞訊後，立即派人為田激揚帶路，繞道入山，使清軍的伏擊計畫落空，保全了這支革命隊伍。
辛亥革命爆發後，緊接著江淮各縣同盟會骨幹在鳳台澗口集召開緊急會議，密商大計。方紹舟和張元侯作為定遠代表參加了會議。與會人員討論了當時局勢，決定於十一月三日發動以壽州為中心的淮上起義，然後分兵攻取省內各地，實現皖省獨立，減輕武昌壓力。會後，方紹舟連夜趕到住在定遠池河南大王莊的同盟會員王嘯虎家，向他通報壽州會議精神，共商光復定遠的行動計畫。王嘯虎傾其所有，捐出稻穀千石作軍餉。為了獲得槍枝，方紹舟與王嘯虎同往縣城會見知事汪葆臣，以維護地方治安為名，要求組織鄉民成立民團。汪葆臣不知是計，準其所請，並許以毛瑟槍相助。
方紹舟回到爐橋後，加緊進行起義準備工作。一方面組織民團，建立部隊；一方面派人分赴各鄉鎮，通知各地誌士於十一月五日晚趕到爐橋結集待命。十一月四日晚，在壽州的同盟會成員率領團練和民軍發動淮上起義。為了發展革命形勢，十一月五日各縣同盟會負責人聚會壽州，討論制定行動方案。會議決定淮上起義軍名稱為淮上國民軍，並成立淮上軍總司令部，方紹舟等13人任軍統。會後，淮上軍分兵8路，挺進江淮各地，爭取全面光復安徽，方紹舟負責率第一路軍，光復皖東各縣。
方紹舟趕回爐橋時，定遠各鄉起義民眾和青年學生帶著大刀、長矛、棍棒等武器，已在爐橋儲材學校集結。他向大家宣布了起義計畫後，即率領起義民眾攻入爐橋三衙和武營。縣沈主簿和費千總因無防備，又懾於革命黨的威力，只得束手請降，令部下繳械。方紹舟對繳械的士兵，熱誠相待，使他們深受感動，不少人脫去號衣，剪掉辮子，棄暗投明，參加革命。起義軍初戰告捷，俘清兵百餘人，繳獲來福槍、毛瑟槍、土槍90餘支。
十一月八日晨，方紹舟率領300多人從爐橋出發，攻打定城。經過一天激戰，清兵潰敗，起義軍於當日黃昏時分光復定城。方紹舟與何少如、方海秋、陳二望、汪禹賓等人進入縣衙，逐出知縣，推倒公案，各界人士一致擁戴方紹舟執掌政權。方邀社會賢達陳夢曇、吳建三等幫辦文牘、會計事宜。次日，方紹舟召開民眾大會，聲討封建專制制度，宣傳民主革命思想。會後，許多青年(多數是學生)紛紛湧向設在曲陽國小(今實驗國小)的軍統司令部，要求參加淮上軍。為了擴充兵員，壯大力量，為東征作準備，方紹舟派蔣樹升、吳仲仁與胞弟方衍、方緝熙等小分隊前往永寧、三和、池河等地，掃除殘餘清兵，向民眾宣傳革命，進一步招募新兵。在王嘯虎的協助下，方紹舟又組織了臨時司法委員會，處理刑事案件和民事糾紛，維護社會治安，打擊反動豪紳的破壞活動，為東征建立穩定的後方基地。
經過短期休整、擴充，定遠淮上軍發展到1，000餘人。另有學生軍百餘人。方紹舟將這支部隊編為4個戰鬥營。委魏冕齋、方芹山、李三傑、方海秋、魏子莪為參謀，蔣樹升、俞虎臣、袁克寧、方衍、安定國、崔海鵬、韓子籌等8人為各營正副營長；另以學生軍為主體組成政工隊，分赴各鄉鎮宣傳革命。
年底，方紹舟率部東征，當部隊行至東前鋪時，與清軍江南提督張勛的江防營遭遇，激戰一晝夜，江防營營長遣騎四出偵探虛實，見各處村落都懸掛白旗，疑皆駐有淮上軍人馬，於是，不敢再戰，率部投降。
東前鋪戰役後，淮上軍聲威大振，駐守滁州的清軍不戰而逃，淮上軍順利進入滁城。此時，適逢革命軍第三十三軍軍長柏文蔚率部追擊張勛敗兵到達滁州。依柏的意見，方將部隊擴編為團，隸屬三十三軍，由方紹舟擔任團長，取消軍統稱號。後即率領全團士兵，相繼攻克全椒、來安、天長、盱眙等縣城。
民國元年(1912年)2月，南北和議告成，方紹舟因非軍界出身，便將所率部隊的三分之二撥給第一軍，餘部改編為第五聯隊，方任聯隊長；3月，又改編為江蘇省第九師十八旅三十六團，方任團長，駐防滁州。民國2年，方紹舟以陸軍少將銜任江蘇都督府高等顧問。5月，孫中山先生在南方發動“二次革命”，舉兵討袁。7月，安徽都督柏文蔚為安徽討袁總司令，委任第八旅長張匯滔為前線第二支隊司令，方紹舟奉命任該旅高級參謀。不久方改任補充旅旅長，助張匯滔駐防壽縣。7月下旬，軍閥倪嗣沖調集數十門大炮、千餘士兵，強渡淮河攻破據守在正陽關的岳相如、陳雷部討袁軍防線，直撲壽州。方紹舟與張匯滔等率領討袁軍與倪軍在壽州城北平頂山浴血奮戰。倪嗣沖調集各路東進部隊，集中火力攻打壽州，討袁軍在敵眾我寡的情況下，英勇作戰，前仆後繼，使倪軍攻城行動多次受挫。後來，安徽討袁失利，方紹舟等潛往上海避難。
民國3年春，孫中山在上海任命方紹舟為討袁軍皖北總司令，囑黃興、張匯滔在上海為皖北討袁軍籌辦武器。受命後，方紹舟即與張匯滔、李三傑、岳相如、袁家聲、范鴻仙、方國華等共籌起義大計，商定3月底首先在定遠、壽縣、鳳陽、滁州打響戰鬥，然後攻取蚌埠、合肥等城，把反袁武裝鬥爭推向全省。
方紹舟在壽、鳳、定、滁一帶很快聯絡了一批淮上起義人士，組織起一支幾百人的反袁隊伍，並且迅速攻占了定遠縣城。倪嗣沖聞訊命令其部下華石庵率領重兵，火速南下，將定城包圍起來。方紹舟指揮討袁軍抗擊數倍之敵，堅守城池兩天兩夜。但終因眾寡懸殊，城池被倪軍攻破。百餘名討袁官兵遭倪軍慘殺；方紹舟率領部分突圍人員潛往上海，其家產被沒收，其人被通緝。
方紹舟潛入上海不久又潛往日本。在東京，他很快與孫中山先生取得聯繫。民國3年7月，他加入了孫中山在東京組建的革命黨。10月，孫中山先生命其部分中華革命黨幹部漸次回國，再舉革命。方紹舟回國後，迅即回到安徽滁、定兩縣，密約舊部相機起兵。但此次起義計畫尚未付諸行動即因故流產，方紹舟又被迫逃往上海法租界從事秘密工作。
民國4年，倪軍特工人員買通法租界在押盜匪，誣稱方紹舟為其同夥，於6月14日將方逮捕，雖查無實據，但終因在寓所中找出武器，被判處3個月徒刑，期滿後亦不予釋放。民國5年，袁世凱在全國人民的唾罵聲中病死。黎元洪繼任大總統。迫於全國人民的壓力，訓令處長唐紹儀同法領事交涉，要求釋放政治犯。方紹舟與其他30名革命黨人同時得釋。民國6年7月，段祺瑞重新上台，拒絕恢復《臨時約法》和國會。孫中山在廣州召開“非常國會”，組織軍政府，出兵北伐，發動護法戰爭。方紹舟受命擔任東南護法軍皖北總司令，途經南京下關時，被軍閥政府捕獲，經黨內諸同志函電營救，幸免於難，但被判處無期徒刑送往江寧分監。民國11年，孫中山在上海派眾議員方潛到南京慰問方紹舟，並派方潛赴北平邀約國民黨議員陳策、常藩侯、王龍亭、凌蕉庵等13人聯名呈請黎元洪特赦。民國12年元旦，赦令下達江蘇，方紹舟結束了長達5年半的鐵窗生活，恢復了自由。民國13年，方紹舟加入了中國國民黨，任廣州大元帥府參議，在蘇、皖、平、滬間從事聯絡工作。
民國15年，方紹舟回安徽任國民革命軍第三十三軍別動隊司令，率領民團和紅槍會於農曆8月15日攻占定城。隨後又助第十軍攻克鳳陽。次年，方被三十三軍柏文蔚軍長委任為鳳陽縣縣長。民國19年，又由當時皖省主席馬福祥委為定遠縣縣長(未到任)。其後，因年高去職歸田，在家捐資辦學，致力於發展教育事業。
抗日戰爭爆發後，方紹舟已年逾古稀。但報國志高，殺敵心切，他以衛國保鄉為己任，組織了一支以紅槍會為主體的農民抗日隊伍，在敵後開展游擊戰爭。民國27年1月1日，駐守蚌埠的第五戰區三十一軍軍長劉士毅任命方紹舟為鳳、定抗日別動隊司令。皖北淪陷後，方親率家鄉弟子數千人與日寇血戰於淮水之濱，大小戰役數十次。據方在《蘆溝橋事變之役》一文中回憶，從民國27年2月下旬到6月初的3個月時間內，規模較大的激戰就有8次之多。他每戰都親臨指揮，身先士卒，部下無不深為感動，奮勇殺敵。
民國27年正月，定遠被日寇占領，方紹舟家中所有男丁皆隨軍征戰，女眷未及逃出，於農曆正月初五在鳳陽縣武店山馬村遭日寇擄掠。弟媳唐氏、兒媳汪氏為保全氣節，免遭凌辱，攜5歲曾孫女投水自盡。此一可歌可泣的事跡，當時全國各大報紙都有報導。國民政府以“坤維正氣”四字匾額贈其弟媳，以“義烈流芳”四字匾額增其兒媳，以資褒揚。
民國29年春，方紹舟受省政府委託，回定、鳳兩縣辦理戰區賑濟工作(時方任省府參議兼省賑濟會委員)，不料鳳陽縣抗日游擊大隊長曹世嘉與鳳陽偽軍頭子葉茂才暗中勾結，想以謀害方作為向日軍獻媚取寵、邀功請賞的見面禮。在探明方的行蹤後，曹世嘉以共產黨游擊大隊長的身份為掩護，以“拜訪”為藉口，於農曆4月15日傍晚率領40多名武裝人員進入方紹舟住地小營莊。因曹的叛徒面目尚未暴露，方毫無戒備，被曹誘騙到卸甲店附近的麥田裡開槍殺害。
方紹舟的犧牲，使定、鳳兩縣抗日軍民深感震驚和悲痛，國共兩黨分別開了追悼會，沉痛悼念這位為民族解放事業而獻身的抗日英雄。
方紹舟一生致力革命，在辛亥革命、二次革命、護國和護法運動、北伐和抗日戰爭中，始終堅定不移地站在民主、進步、愛國的立場上，進行不屈不撓的鬥爭。全家有5人為國家和民族獻出寶貴的生命。
