早年
1934年夏，方原在警校畢業，經組織上批准於同年7 月間赴香港，任導群中學國文教員。秋間，國民黨駐香港特派員王綱溝通導群中學校長強迫方原自首。他堅決拒絕。次年，王綱等繼續進行迫害，方原被學校解聘。1936 年束裝返里，途中受到國民黨特務的暗中監視，抵家數日，即遭國民黨巢縣縣黨部逮捕，押送安慶省黨部。在獄中，方原受盡折磨，堅貞不屈。1938年2月，安徽省國民政府西遷六安時獲釋。3 月，方原到達漢口，由李克農介紹去延安，先後參加抗日軍政大學、中共組織部訓練班、中央行政人員訓練班學習。他與黨組織脫離數年關係，於1939年經中共中央組織部批准恢復黨籍。同年6 月至次年3 月，任中共中央組織部幹事、巡視團團員。
抗日戰爭時期
方原歷任豫皖蘇邊區聯防委員會秘書兼民政科長、代理懷遠縣長、縣委常委、皖東北專員公署第一科科長、蘇皖邊區淮北行政公署主任秘書、淮寶縣縣長、中共淮寶縣委書記、獨立團政委等職。他一直堅持在抗日前線，轉戰於豫皖蘇邊區和淮北，從事抗日民主根據地的建黨建政工作。
解放戰爭時期
1946年，方原任中共華中五分區第四中心縣委書記兼淮寶縣委書記、四支隊政委。當時正值內戰開始，國民黨軍隊七十四師全軍壓境，他仍堅持在淮寶縣境開展游擊鬥爭。 解放戰爭中，方原任新四軍七師民運部長、華東野戰軍第七縱隊政治部民運部長、三野七縱隊後勤處政治委員、後勤處長以及山東濰坊、兗州、濟南軍管會軍實部長、秘書長、分會主任等職。他參加了淮北、萊蕪、南麻、臨朐、孟良崮、膠阿等戰役。民國38年初，中共華東局組織幹部1．5 萬人成立青州總隊，方原任參謀長，隨軍南下渡江，準備接收華東各省、市工作。
建國以後
1949年5 月27 日，上海解放。方原隨軍進入市區，任上海市軍管會財經委員會秘書。嗣後，歷任華東軍政委員會辦公廳主任、華東水產管理局副局長、農業部水產管理局副局長等職。他在兼任上海水產學院院長時，竭盡心力發展水產事業，培養水產幹部和專業人才。1953 年，方原因所謂包庇反革命分子等問題，受到開除黨籍、判處徒刑的錯誤處理。1956 年刑滿，被分配在安徽白茅嶺農場任副場長、科長。1961 年12 月調上海水產學院任教。 “文化大革命”期間，方原受到張春橋、吳法憲等迫害，於1968 年2 月被投入監獄，身心受到摧殘。1979 年3 月經公安部複查，給予平反，恢復名譽，恢復工作。1981 年3月任上海水產局顧問。1982 年2 月病逝於上海。骨灰安置龍華革命公墓。
