定義
新農合支付方式改革，即改革醫療費用支付方式，實現從按項目付費為主體的醫療費用後付制，逐步轉向按單元、按病種、按人頭支付的醫療費用預付制過程。
目的
目的是進一步完善新農合制度，提高新農合基金使用績效，並通過新農合支付方式的引導和制約，進一步推動農村醫療衛生機構運行機制改革和服務模式轉變，進一步促進基本藥物制度的順利實施，從而規範醫療行為，提高服務質量，控制醫藥費用不合理增長。
新農合支付方式是衛生服務支付方式中的一種。衛生服務支付方式，是對衛生機構提供醫療衛生服務所消耗的人力、物力和財力進行補償的制度，也被稱為衛生服務補償方式。衛生服務支付方式，可以是患者向衛生服務提供者支付服務費用，也可以是衛生服務需方和供方之間的第三方（即政府或保險機構）對服務費用進行支付。
支付方式的分類
供方支付制度的具體形式分為後付制和預付制。後付制指患者費用發生後，到經辦機構進行報銷或者在醫療機構就進行減免，報銷或減免金額按實際發生費用的一定比例計算。典型的支付方式是按項目付費。預付制是指經辦機構在費用發生之前，對醫療機構預先撥付或承諾固定金額的補償費用，與患者實際發生費用無關。典型的支付方式是按病種付費和總額預付制。
國際通用的醫療服務支付制度
國際上對醫療服務提供方的償付方式大致可以分為後付制和預付制兩大類型。按服務項目付費的制度是後付制，預付制則包括按病種給付（DRG）、按人頭付費、總額預算等方式。
總額預算制度總額預算制度（global budget）是由政府部門或保險機構考慮醫療服務機構的服務情況，按某種標準，如服務的人群數及醫院的服務量（包括門診人次、住院人次與費用等），確定某一醫療機構一定時期（一般為1年）的預算總額。總額一旦確定就不可更改。總額預付按照確定預算金額的依據，可以分為按照歷史消耗確定的總額預付、按照工作內容確定的總額預付、按照工作人員確定的總額預付、按照服務數量確定的總額預付和按照服務提供者的績效確定的總額預付。
優勢：醫院會主動降低服務成本、管理成本和運營成本，提高資源利用效率；費用控制效果好，管理成本較低，可預測支出，保證醫療保險費“收支平衡”。費用結算簡單，醫療服務的提供者同時又成為醫療費用的控制者，有利於醫療費用的巨觀控制，降低管理成本。
弊端：預算標準難以確定。預算過高，將會導致醫療服務供給不合理的增長；預算過低，會侵害醫療服務提供者和患者的經濟利益。如果監督不力，還會導致醫療服務提供方盲目節約成本，抑制需方的合理醫療需求，導致服務數量、質量下降。
按服務項目收費（fee-for-service，ffs）是指醫生和其他醫務人員根據提供給患者的服務類型（比如診斷、X光檢查、外科手術或其他服務）和數量獲得不同的補償。在這種支付方式中，醫生和其他醫療工作人員按事先確定的價格收取服務費用，實際上是一種變相的計件工資制度。屬於“後付制”。
優勢：按服務收費可以激勵醫生增加醫療服務的數量，延長工作時間，接受更多的病人。這種制度執行起來比較方便，能準確反映醫生的工作和消耗，通常無需自負或自負很少醫療費用的患者對這種制度滿意。
弊端：一是由於提供服務越多收入也相應越高，會刺激定點醫療機構過度提供服務、提供高收費服務，甚至出現分解項目收費、重複收費等違規行為，導致醫療費用不合理上漲。二是由於醫療服務收費項目種類繁雜，醫療保險機構必須逐項審核、登記、支付，因而這種支付方式的工作量非常大，管理成本較高。三是這種支付方式下醫療機構缺乏成本控制意識，競相引進尖端診療設備，容易造成醫療資源的浪費。
按“人頭”支付（capitation）是指支付方根據某衛生機構的規模、技術、服務對象的特點等情況，按照事先確定的每個服務對象（人）的支付標準及所服務的人口數，向該衛生機構預先支付一筆固定費用，提供者則負責向目標人群提供支付方規定的衛生服務。如果衛生機構提供服務的總成本超出了支付總額，則經濟風險由提供者承擔。這是一種預付費方式。美國的健康維持組織（health maintain organization，HMO）、英國的全科醫生都是採用這種方式。
優勢：方法簡便易行，醫療保險機構和定點醫療機構均易操作。在這種方式下，醫院總收入和它服務的總人數成正比，可以鼓勵提供者主動降低服務成本，防止過度提供服務。如果目標人群固定，還可提高衛生機構開展預防保健服務的積極性。因而對於支付方來說，既可有效地控制費用，又可以降低管理成本。
弊端：醫療服務I的提供者可能為了節約費用而減少必要的服務內容或降低服務質量，拒絕重病患者；醫院缺乏競爭意識，醫務人員沒有提高醫療技術的積極性。
按病種支付
按病種支付（case-based reimbursement）是根據國際疾病分類標準（ICD-9），將疾病按不同的年齡、性別和診斷分為若干組，結合循證醫學（evidence based medicine，EMB）依據，通過臨床途徑測算出各組醫療費用的支付標準，並預先支付給醫療服務機構。
優勢：費用補償是按每位病人所屬的疾病分類和登記定額預付的，所以，醫院的收入和病種的實際費用無關。它是目前世界上能比較有效控制醫療費用的一種方式。通過強迫醫療服務提供者分擔經濟風險，來減少誘導需求和不合理醫療費用的發生。
弊端：是它未考慮病人疾病的嚴熏程度和實際醫療資源的消耗。醫院可能以拒絕接受重症患者、減少必要的檢查治療程式、降低服務質量等來減少費用支出，還可能會通過多次對同一病例的診斷，得到多次補償，而且測算各種疾病的治療費用工程比較複雜，需要有完整的信息系統，管理成本高。
按服務單元付費（service unit），又稱平均費用標準付費，屬於“後付制”類型，是介於按項目支付與按病種支付之間的一種費用支付形式。平均支付標準是通過抽查一定比例的門診處方和住院病歷，並扣除不合理醫療費用支出後統計出來的。
優勢：利於醫院抑制不必要的服務和用藥，降低醫療成本並增加收人；費用結算程式簡便；患者較易得到各種醫療服務。
弊端：醫院出現人為分解門診處方或住院次數，增加就診者門診次數，延長患者住院日數悶；由於未對單元服務的總量進行控制，服務量過多或不足都易導致醫療費用總額失控；患者就診次數增加，住院日數延長，推諉重症患者，出現“看病貴”現象。
