新美鞭菌門是厭氧性真菌的一門，發現於食草動物的消化道中。它只包括一綱、一目、一科[1]，目前已知6屬。
發現
新美鞭菌門的真菌為Orpin於1975年首次根據綿羊的瘤胃中發現的運動細胞所描述。[3]儘管這些細胞最初被認為是鞭毛蟲，現在已經證明它們是與核心壺菌有親緣關係的真菌。在此之前，人們只知道瘤胃的微生物群落由細菌和原蟲組成。自發現之後，已經從50多種食草動物——包括反芻動物、非反芻哺乳動物和食草爬行動物——的消化道中分離出這類真菌。[4][5]
繁殖和生長
新美鞭菌門真菌通過遊動孢子在反芻動物的胃中繁殖。遊動孢子具有基體，但缺乏多數壺菌所具有的無鞭毛中心體。[1]已知新美鞭菌門真菌還能利用基因水平轉移製造木聚糖酶（其基因來自細菌）及各種葡聚糖酶。[6]其細胞的核被膜在有絲分裂過程中始終保持不變，亦為其特徵。[1]
代謝
新美鞭菌門真菌缺乏線粒體。它們通過氫化酶體把NADH氧化為NAD+，釋放H2作為產物。[6]
降解多糖的能力
新美鞭菌門真菌在其宿主對纖維的消化中扮演了重要角色。它們在主要攝入高含量纖維食物的動物的消化道中大量存在。[7]由這些厭氧真菌製造的多糖降解酶可以水解許多不易降解的植物聚合物，因此可以將非木質化的植物細胞壁全部降解。[8][9]這些多糖降解酶形成多蛋白質複合體，類似於細菌的纖維小體。[10]
命名
新美鞭菌門的學名基於新美鞭菌屬（Neocallimastix）的學名，後者由古希臘語詞根neo-（新）、calli-（美麗）和mastix（鞭）構成。其中，“鞭”指這類真菌具有多數鞭毛。按照分類學界傳統，拉丁化的mastix一詞在後接後綴時，要轉化為mastig-的複合形式。[11]但是，在新麗鞭菌科的學名（Neocallimastigaceae）首次發表時，被其作者不正確地拼成了“Neocallimasticaceae”，並進而導致了其他拼寫錯誤（如“Neocallimasticales”等）。這是由於其作者錯誤地按照其他以-ix結尾的單詞（如柳屬Salix的複合形式是Salic-，因此楊柳科是Salicaceae）構造了mastix的複合形式。根據《國際藻類、菌物和植物命名法規》（ICN）規則60，這個拼寫錯誤屬於可以糾正的類型。糾正後的拼寫已為《菌物索引》（IndexFungorum）所採用。[12]然而，這兩種拼寫現在在文獻中或網路上仍然並存，應予注意。
