歷史沿革
1990年原八一農學院“農畜產品加工系”
1993年更名為“食品科學系”
新疆農業大學食品科學與藥學學院歷史沿革2003年更名為“食品科學學院”2009年與藥學學院合併，組建了“食品科學與藥學學院”
食品科學與藥學學院現任領導班子
卡米力·阿不力克木： 黨總支副書記，維吾爾族，中共黨員，副教授
王子榮：黨總支書記，漢族，中共黨員，博士、教授、博士生導師。
食藥學院現任領導李莉：黨總支副書記
孔令明：副院長，男，漢族，1976年8月生，山東曲阜人，中共黨員，副教授，中國農學會農產品貯藏加工分會理事、新疆維吾爾自治區農業綜合開發科技諮詢專家。
楊曉君：現任新疆農業大學食品科學與藥學學院藥學系主任
專業設定
081401食品科學與工程
主要課程：食品化學、食品生物化學、食品微生物學、食品物性學、果蔬采後生理、食品營養學、食品工程原理、食品機械與設備、食品工藝學、果蔬貯藏運銷學、發酵工藝學、食品分析、食品包裝、食品質量管理、食品工廠設計等。
業務培養目標：本專業培養具有良好的專業素質，系統地掌握食品化學、生物學、食品工程、食品加工和貯藏保鮮等方面基本理論、基本方法與技能，能在食品領域內從事生產技術管理、品質控制、產品研製開發、科學研究、工程設計等方面工作的高級工程技術人才及管理人才。
培養要求：本專業學生主要學習食品科學與工程專業的基本理論和基本知識，受到食品工藝工程設計、科學研究、生產管理、生產技能等方面的綜合訓練，具有食品加工、分析檢測、資源綜合利用和食品質量管理方面的素質和能力。
學制：學制4年 授予學位：工學學士
081407W 食品質量與安全
主要課程：生物化學、食品化學、食品微生物學、食品營養學、食品衛生學、食品毒理學、食品微生物檢測、動物養殖安全控制、作物生產安全控制、食品標準與法規、食品質量管理等。
培養目標：培養具有良好的專業素質，系統地掌握食品科學、食品質量安全管理、食品檢驗檢疫等方面的基本理論和基本技能，能在食品生產企業、科研機構、衛生防疫、檢疫檢驗等部門從事食品分析檢測、質量安全控制管理、安全評價、科學研究的高級專業人才。
培養要求：本專業學生學習食品質量與安全專業的基本理論和基礎知識，受到食品分析檢測、質量控制和監督、安全性評價等方面的基本訓練，具有食品分析檢測、安全評價、食品質量管理和科學研究方面的素質和能力。
學制：學制4年 授予學位：工學學士
100801 藥學
主要課程：有機化學、分析化學、生物化學、藥物化學、天然藥物化學、物理化學、微生物及免疫學、藥物分析、藥用植物學、藥用植物種植栽培及組培學、生藥學、藥劑學、生物藥劑學及藥代動力學、藥理學、毒理學、分子生物學、藥事管理等。
培養目標：本專業旨在培養德、智、體全面發展，知識、能力、素質協調發展的，掌握藥學專業所必需的基本理論、基本知識和基本技能，具備藥用植物種質資源、組織培養、規範化種植栽培和活性成分的提取分離純化、藥物製劑、藥理、毒理、藥物分析的基本理論知識與技能，在相關領域從事研究、開發、生產、檢驗、經營管理的高級複合型人才。
培養要求：本專業學生主要學習化學、生物學、天然藥物化學、生藥學、藥用植物學、藥用植物種植栽培、藥劑學、藥理學、毒理學和藥物分析的基本理論和基本知識，接受系統的藥用植物資源的規範化種植栽培、天然藥物的提取分離純化及資源開發利用，製劑的生產檢驗、臨床合理用藥等專業理論和操作技能的訓練。
學制：學制4年 授予學位：理學學士
