下設抗病育種研究室、綜合育種研究室、轉基因棉育種研究室、植保栽培研究室和生物技術實驗室、生理生化實驗室、纖維檢驗室、種子質量檢驗室、良種棉加工廠及新疆農墾科學院新墾棉業科技開發部。現有科研及辦公用房800平方米,實驗室966平方米,種子庫、曬場等5000平方米。擁有軋花、脫絨、選種等棉種加工全套設備、試驗及良繁基地120公頃。
新疆農墾科學院棉花研究所以套用研究為主,主要開展棉花育種、良繁、栽培、植保、計算機套用、技術諮詢服務、技術培訓和科技開發等工作。承擔了國家、自治區、兵團多項科研項目的研究工作。建所以來,先後有25項成果獲國家部委、自治區及兵團各級科技進步獎;培養碩士生10人,博士生2人;出版專著三部,發表論文150餘篇;審定各類棉花新品種8個。科技服務、扶貧工作遍布南北疆各師局10餘個農牧團場,開展常規技術和新技術相結合的全方位服務。
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