建所以來，承擔了包括國家“863”節水項目在內的一大批國家、自治區和兵團的重大科研攻關課題，共取得科研成果40多項，其中部分成果水平達到國際先進或國內領先水平，有30多項成果獲得國家和省部級科技進步獎，其中國家科技進步二等獎1項，三等獎2項，省部級科技進步一等獎3項，二等獎14項。在國內外學術刊物發表論文160多篇，撰寫並出版《精準灌溉》、《精準施肥》、《新疆墾區鹽鹼地改良》、《棉花科學施肥與棉田培肥》等4部專著。絕大部分成果已在農業生產上廣泛套用，取得了顯著的經濟效益、社會效益和生態效益。
所注重科技與經濟的結合，加大了科技成果轉化、技術開發和技術服務力度，除完成好各項科研任務外，還對外承擔節水灌溉工程規劃設計、施工、材料設備供應和工程承包以及技術服務、技術諮詢工作，編制農業綜合開發、節水灌溉項目的項目建議書、可研性研究報告；研究開發出了兵團第一個“棉花平衡施肥專家諮詢服務系統”，現已發展到現在的單機版、網路版的“FertGIS平衡施肥專家決策系統”，並提供配套技術服務；開展復混肥、各種作物專用肥、微肥的研製開發和測土施肥、配方施肥技術服務；承擔土壤農化分析、化驗人員培訓和化驗室建設等服務工作。
