劇情
新海底軍艦地空人還派了兩名女性監察員，觀察人類如何使用兩具反應爐，如果用於戰爭，就表示人類已經沒救要完全毀滅人類。日本方的觀察員安妮特在人間時期看到了人性中愛的一面，所以在羅號投入戰爭前對當時艦長也就是男主角的祖父托出始末，所以老艦長決定開著戰艦前往深海，然而同時美國方的監察員阿芙杜看到的是人類卑劣一面決定實行毀滅計畫，並視安妮特為叛徒，指揮著自由號前往攔截羅號；對戰中兩艦同時沉入海底。阿芙杜也被安妮特的精神衝擊波陷入昏迷假死。
1995年阿芙杜甦醒，開始啟動諸多地底人高科技武器毀滅人類，同時當年唯一逃出羅號的副艦長菅原貢戰後成為了財團大老闆，並進行秘密打撈修復羅號的計畫，以備有昭一日地底人來襲時的反擊武力，就在聯合國艦隊兵敗如山倒時羅號突然出現扭轉戰局。
當年艦長的孫子小剛也在因緣際會下登上羅號；並發現艦長就是自己繼承爺爺遺志的失蹤爸爸，為了秘密修復計畫才假裝失蹤，小剛並與安妮特相戀。對戰中羅號雖能對付地底人攻擊艦和重力反射鏡，但是對毀滅圓柱卻無能為力，無意中艦上博士發現圓柱是接收海底某處光波訊號的遙控武器，於是建議直接追擊毀滅地底人海中要塞。
羅號前往菅原財團海洋基地整補時聯合國船隊突然出現要搶羅號，因為聯合國巨頭們的慌亂中認為羅號是唯一反擊希望，此時地空人要塞突然出現，阿芙杜也出現在安妮特面前說服她看見人類卑劣面，安妮特不從。地空人要塞就毀掉聯合國艦隊大部；而羅號緊急出戰一番惡鬥後炸毀要塞外殼。卻發現要塞真面目就是當年自由號，兩艦相遇進行50年前未完的宿命對決。
新自由號裝有地空人強化的光束武器，羅號被打得節節敗退，此時羅號將戰場引到海底火山附近，並搭配安妮特的精神感應力捕捉敵艦位置，終於千均一發利用海底火山衝力消滅自由號殺死阿芙杜。
小剛決定和安妮特留在羅號，艦長決定出發拜訪地空人王國，駛向夕陽。
機械
羅號：舊日本帝國使用地空人反應爐和科技建成的超級戰艦，名義上歸為大和級第四艘，艦首有巨大鑽頭，艦身16門自動裝彈主炮和若干副炮，可以裝填各種高科技彈頭，例如等離子彈、破甲彈、反應彈等，防禦有電磁防護罩可以擋一定程度的光束武器。自由號：美國使用地空人反應爐和科技建成的超級戰艦，各方面與羅號相似，但是艦首鑽頭是三枚較小鑽頭，後來被改裝成光束主炮發射口，三枚鑽頭還能射出。
毀滅圓柱：地空人毀滅人類計畫的主遙控武器，外觀是一巨大黑色圓柱體，可以發射光束武器並有防護罩連核武都不怕，極多的毀滅圓柱可以在地球軌道上結合成一個環繞地球的環，放出高微波殺死地表人類和生物。
吊鐘型攻擊艦：地空人攻擊母艦，外形像教堂大鐘靠底部引力子圓環裝置飛起，能搭載數十個重力反射鏡，底部重力環可以罩住物體並把物體壓碎，也有光束武器。
重力反射鏡：就是一個引力子圓環，可以浮起，攻擊方式是用圓環圈住物體壓碎，或是用重力折射導引吊鐘型和圓柱發出的光束擊中目標，本身並不很強，飛彈打中環上特定弱點的話可以擊毀。
