雜誦跋渠
摩訶僧祇律卷二十三至卷三十三上為雜誦跋渠，相當於《四分》等律的諸犍度，但組織不同。雜誦分十四跋渠，每一跋渠各含十法。各跋渠內容為︰(1)受具足戒法，折伏、不共語、擯出、發喜等羯磨法；(2)舉、別住、摩那埵、出罪、應不應、隨順、他邏■、異住、波羅夷學悔、覓罪相等羯磨法；(3)舉他、治罪法、驅出、異住、斷事法、園田法、田宅法、僧伽藍法、營事法、床褥法、恭敬法；(4)布薩法、安居法、自恣法、迦絺那衣法、衣法；(5)病比丘法、藥法、和尚法、阿闍黎法、弟子法、沙彌法、缽法、粥法、餅法、菜法、■法、漿法；(6)比尼斷事法、障礙不障礙法、比丘尼八敬法、內宿、內煮、自煮、受生肉、受生谷、自取、更受、皮淨；(7)重物、無常物法、痴法、見不欲、破信施、革屣法、屣法、浴法、末屑法、杖絡囊法；(8)蒜法、覆缽法、衣紐帖法、腰帶法、帶結法、乘法、共床臥法、共坐法、共食法、機法；(9)為殺、不聽食人等肉，蒜法、皮法、揩腳物、眼藥、筒、籌、蓋法、扇法、拂法；(10)刀治、灌筒法、剃髮法、作具、破僧、和合僧、五百比丘結法藏、七百結集律藏、略說比尼；(11)毀訾、伎樂、香華法、鏡法、擔法、抄系衣法、上樹法、火法、銅盂法、回向法；(12)眾生法、樹法、樵木法、花法、果法、種樹法、治罪法；(13)七滅四諍事、調伏事、聽法、油法、粉法、刷法、梳法、簪法；(14)塔法、塔事、塔龕法、塔園法、塔池法、塔支提、供養具、伎樂供養法、收供養具法、難法。卷三十三下至卷三十五為威儀法，約當於《四分律》法犍度，有七跋渠︰(1)布薩、食上法、教弟子法、依止法；(2)收床褥、治房、作廁屋法、上廁法、小便法、齒木法；(3)衣席法、障隔法、房舍法、涕唾法、護缽法、行住坐臥法；(4)客舊比丘法、洗腳法、行水受水法、作浴室法、浴法、器物法、衣法；(5)阿練若比丘法、聚落比丘法、禮足法、語法、入眾法；(6)著衣法、前後沙門法、迎食法、乞食法、食時相待法；(7)然燈法、禪杖法、丸法、持革屣法、尼師壇法、謦咳法、嚏法、頻伸欠呿法、把搔法、放下風法。共五十條。
比丘尼戒
卷三十六至卷四十上為比丘尼戒，包含八波羅夷、十九僧伽婆屍沙、三十尼薩耆波夜提、一四一波夜提、八波羅提提舍尼、六十六眾學法、七滅諍法，共二七九戒（戒本二九0戒）。波夜提中七十戒與比丘共，唯有攝頌而無解釋。
尼雜誦
卷四十下為尼雜誦，有五跋渠︰(1)坐法、簟席法、纏腰、衣、女人嚴飾服、畜媱女、園民女、僧祇支法、浴衣法；(2)手拍、胡膠形、洗法、月期衣法、浣月期衣法、客浣衣處、懸注水、流水、根；(3)羯磨、憍奢耶、僧祇支、莊嚴法、優缽羅花、結鬘法、紡縷法、壞威儀；(4)缽事、覆缽法、廁法、浴室法、阿練若處、迦絺那衣受舍；(5)二眾食淨不淨、三非比丘、三非比丘尼、無殘食法、八上座法。
其他
本律二部戒的波夜提和眾學法，也以十法為一跋渠。比丘戒九十二波夜提為九跋渠、六十六眾學法為六跋渠、比丘尼戒一四一波夜提為十四跋渠。所有各跋渠之後，皆有攝頌，以便憶持。第一卷首有長行及九行頌明五事利益，相當於勸信序。卷四十末，有《摩訶僧祇律》私記，明本律傳譯經過。從上述內容，可見本律組織於諸部律中別具一格。
即在本律敘述兩次結集文中，都說本律總的內容有九法序︰(1)波羅夷，(2)僧伽婆屍沙，(3)不定法，(4)尼薩耆波夜提，(5)波夜提，(6)波羅提提舍尼，(7)眾學法，(8)七滅諍法，(9)法隨順法。本律篇聚，似以波羅夷、僧伽婆屍沙、偷蘭遮、波夜提、波羅提提舍尼、眾學（越毗尼）、威儀（越毗尼心悔）為七聚，此與《四分律》於五篇加偷蘭遮（惡作）惡說為七聚者不同。《四分》及《巴利律》，突吉羅依身口業分為惡作及惡說，本律則以輕重分為越毗尼心悔及越毗尼。戒條次第於諸律中本律與《巴利律》最相近。特別是九十二波夜提的次第，與《巴利律》出入很少。
至於戒相的開遮，本律與《四分律》有些顯著的不同。如離衣宿戒，《四分律》明相護衣（即招出前須到衣所在地），而本律通夜護衣（即只須夜間一度到衣所在地）。又還衣法，《四分律》即座還衣，而本律得停至半月。至於捉金銀戒多‘染著者’三字，不染著者得使淨人畜，也是毗舍離跋闍子比丘許乞醫藥值的痕跡。總之，本律的限制，是比《四分律》為寬的。
本律四波羅夷每條之後各載制戒時地。其時間為佛成道後五年冬分第五半月至六年冬分第四半月間。但盜、殺、妄三戒因緣中皆有阿難侍佛左右。阿難於佛成道夜生，為佛侍者決非佛成道後五六年間事。制戒處所與所為制戒的人名，本律也多與諸律不同。‘聽法’中說一切制聽皆在舍衛等八大城。
本律既為大眾部所奉持，故所許法相亦與大眾部一致。如卷二說舍過去未來佛不名舍戒，與大眾部許過未無體相合。卷十四說佛定中安慰五百客比丘，與大眾部許佛常在定中而諸有情謂佛說法相合。又大眾部為大乘所從出，故本律時流露大乘經意味。捉金銀戒說浴金銀菩薩形像；‘塔法’說地下湧出迦葉佛塔；大妄語戒說比丘應善觀察真實義；波羅提提舍尼中說屍摩利比丘尼入金剛三昧，皆顯示大乘說法的萌芽。
本律波羅夷及僧殘戒條解釋下常引用本生經，亦為特點之一。此種引用，計有︰(1)舍利弗本事名稱王及大臣陶利因緣，(2)耶舍本事輕躁眾生食地味緣，(3)耶舍母本事名稱王夫人誘金色鹿緣，(4)難提本事仙人童子俱舍頻頭緣（卷一），(5)達膩伽本事眾生最初不與取緣，(6)又金翅與龍更相懺悔緣，(7)又大象王與獵師緣，(8)又大身象緣，(9)取衣比丘本事婆羅門為羊所觸緣（卷二），(10)瓶沙王本事名稱王畏罪緣，(11)又婆羅門殺那俱羅緣（卷三），(12)佛本生羅大波羅二鸚鵡緣，(13)輕躁比丘本事狼守齋緣，(14)增上慢比丘本事貧窮婆羅門緣（卷四），(15)優陀夷本事獼猴緣，(16)又嵩渠婆羅門緣（卷五），(17)二摩訶羅本事伽屍國婆羅門以豆市驢緣，(18)林中比丘本事跋懅比丘畏鳥聲緣，(19)又象怖樹折緣，(20)譬喻龍王惜寶珠緣，(21)闡陀比丘本事鏡面王獼猴緣（卷六），(22)提婆達多本事野乾主破水罐緣，(23)六群比丘本事五百獼猴緣，(24)闡陀比丘本事奴阿摩由緣，(25)又奴迦羅呵緣，(26)又王頭痛驅狗緣（卷七），(27)阿難本事鸚鵡遮禿掠王緣，(28)優婆難陀本事水獺捕鯉魚緣（卷八），(29)鳥生經（卷八），(30)《難提本生經》，(31)《三獸本生經》，(32)《象王本生經》（卷十二），(33)《怨家本生經》，(34)《長壽王生經》（卷十三），(35)《迦毗羅本生經》（卷十四），(36)《賢鳥生經》（卷十五），(37)《孔雀鳥本生經》，(38)《鳥本生經》，(39)《鱉本生經》，(40)《羅侯羅六年在胎本生經》（卷十七），(41)《仙人彌猴本生經》（卷十八），(42)《釋提桓因本生經》，(43)《獼猴王本生經》（卷十九），(44)《蛇本生經》（卷二十），45佛本生顛多鳥、獼猴、象三獸緣（卷二十七），(46)《舉吉羅本生經》，(47)《顛多梨鳥本生經》，(48)《鱉生經》，(49)《鸚鵡鳥生經》（卷二十九），(50)《長者子及賊生經》（卷三十五），(51)五離車童子本事五天子緣，(52)跋陀羅比丘尼本事梳頭人供辟支佛緣，(53)又婆羅門女供迦葉佛緣（卷三十八）。
引用經文
此外，本律所引的經還有︰(1)《沙門果經》，(2)《劫具契經》（卷八），(3)《跋陀利綖經》，(4)《優陀夷綖經》，(5)《孫陀利經》，(6)《柔軟綖經》（卷十七），(7)《善來比丘經》，(8)《中阿含經》（卷二十），(9)《毗盧綖經》，(10)《六人綖經》（卷二十七），(11)《大愛道出家線經》（卷三十），(12)《增一線經》（卷三十一），(13)《大般泥洹經》（卷三十二）。由所引的經來看，可見本律集成時期是比較在後的。
有關本律的譯本，有《摩訶僧祇律大比丘戒本》，題為佛馱跋陀羅譯，又有《摩訶僧祇比丘尼戒本》，題為法顯共覺賢譯。《尼戒本》中眾學法齊整著內衣條開為十條，齊整披衣條開為五條，少生草上大小便等二條，故《尼戒本》眾學法為七十七條（明藏本內衣及披衣二條未開，多上樹過人條，故為七十五條）。《比丘戒本》前有六念法，為餘部戒本所無。二部戒本外，《出三藏記集》載有《摩訶僧祇部比丘隨用要集法》，後漢失譯，梁時已佚。
