五世達賴時期，改宗格魯派，以後歷代轉世活佛均主持維修擴建。扎果寺在格魯派時期規模最為宏大，寺內僧侶達5 000餘人，下轄寺廟有亥定寺、帕定寺、烏堅林寺、仁堅林寺等。1959年前，寺內有僧侶130餘人。寺院東西長150米，南北寬40米，占地面積約6 000平方米。“文革”期間，寺內建築遭到破壞，文物多已散失不存。20世紀90年代後，政府出資對扎果寺進行維修重建。主要建築包括靈塔、祖布拉康、護法神殿等。①靈塔。位於最西端北側，由形制完全相同的拉娃布靈塔和約·瓊巴爾靈塔組成。拉娃布靈塔位置偏西，塔基為方形，塔瓶圓形，總高約5米，內供有拉娃布的舍利子。約·瓊巴爾靈塔位於其東側，塔基稍低，內供置約·瓊巴爾活佛的舍利子。兩座靈塔之側還有用片石壘砌而成的“鎮龍”寶塔3座，亦稱“龍塔”。基座為圓形，上承方形塔身，三塔高度有別，殘高2～3米不等，呈東西方向排列。②祖布拉康。位於東端，為兩層石砌建築，底層有杜康大殿、佛殿等，上層有接待室及附屬建築。杜康大殿坐東向西，前有門廊，後接佛殿，左右各有側房一間。門廊4柱，面闊7米，進深5．4米，南北各有廊屋一間，面積約10平方米，北側廊屋內有木梯可通往上層。門廊東接大殿，大殿面闊7間19米，進深7間18．4米，共有36柱。殿內四壁殘存有壁畫，東壁從北至南繪有第一至十世達賴喇嘛的肖像及八大藥師如來佛；西壁由北至南繪有天神常醒、勝樂金剛、密集金剛、大威德金剛、白色依怙神等密宗諸護法神及無量光佛居中的八大菩薩；北壁自西向東繪有釋迦牟尼傳記及釋迦坐像居中的十六羅漢；南壁東段依次繪有格魯派著名高僧活佛的道次傳承，西段則為包括該寺創寺活佛在內的高僧大德及蓮花生大師。此外，大殿門廊及天井亮棚三面壁上亦繪有壁畫。佛殿位於大殿東側，面闊8米，進深3米，原殿內所供佛像均已不存。早期祖布拉康面積約80平方米，貢康面積約50平方米，現均已廢棄塌毀。③護法神殿。位於祖布拉康西北側，面積10餘平方米，殿內北壁下設神壇，南面辟門，西北東壁皆繪有壁畫，西壁繪有薩迦寺全景及宗喀巴師徒三尊，北壁主尊為毗盧遮那佛，其上有仲敦巴及四臂觀音等，周圍還繪有觀音法像，東壁主尊為宗喀巴大師，周圍繪有拉薩三大寺場景。
扎果寺是隆子地區歷史悠久的一座寺廟。早在“前弘期”間就有一位來自印度的僧人拉瓦布在此修行，並建有曲俄康；西藏“後弘期”時，該寺成為噶當派和希解派的宏化之處。由噶當派高僧博多瓦（1031～1105）的弟子涅·扎果瓦創建，史稱“涅·查烏寺”或“涅·扎果寺”。之後另一高僧約·瓊巴爾亦曾在此住錫；第五世達賴阿旺·羅桑嘉措時期（17世紀初），扎果寺在錯那巴活佛主持下改宗格魯派。此後，錯那巴轉世活佛曲覺巴又在該寺原建築規模上新建了祖布拉康、貢康、卻熱等，由此形成新的建築格局。曲覺巴之後還先後有五代活佛傳承轉世（即更堆嘉措、扎哇·崔真扎西、坎欽多扎、崔真塔欽、阿旺堅贊）並聯形成三支轉世系統（即阿旺堅贊、格桑阿旺扎巴等），歷代活佛都主持過對寺廟的維修和擴建，並形成了該寺晚期後段的建築遺存。最後一代活佛名為強白·丹白卓麥，於1989年圓寂，曾任拉薩市政協委員。扎果寺在格魯派時期其規模最為宏盛，僧侶達五彩繽紛千餘人，下轄措麥鄉的亥定寺、熱茶鄉的帕定寺、新巴鄉的仁堅林寺和縣境內的烏堅林寺。1959年前有僧侶130人，“文革”期間寺廟被毀，近年進行了維修重建，並能進正常的宗教活動。
扎果寺建築呈東西向展布，占地面積6000平方米（東西長150米，南北寬40米）。建築群東、西、南三面皆臨陡坎，東、西方向建一寺門（已毀）；原建築中除祖布拉康仍保存至今，其餘已成廢墟。該寺建築遺存可分為早、中、晚三個時期。
