新農村建設政策的出台主要是為了解決目前我國農村社會發展過程中的一些突出矛盾和問題，這些矛盾和問題主要表現在以下幾個方面：
1.農村發展的體制性障礙依然存在，體制建設任重道遠。我國農業農村發展過程中仍存在許多體制性障礙，影響農村經濟社會發展的制約因素還很多，城鄉二元結構還未根本破除，各種要素在城鄉之間合理配置的機制還未完全建立，農村綜合改革和其他各項改革的任務仍然相當艱巨。以農村金融體制改革為例，儘管農村金融體制改革已近20年，但當前我國農村金融還普遍存在許多制度性、技術性、操作性問題。具體而言，主要表現為：一是農村金融體系不完善。農村信用社沒有發揮應有的支農作用；農業發展銀行的業務範圍又過窄，而且隨著糧食購銷體制改革的完成，貸款業務又進一步萎縮；商業銀行出於自身經濟效益考慮，將部分分支機構從縣鄉退出；農業的保險制度落後，農業商業保險規模小，險種單一。二是農村資金流失嚴重。農業銀行及一些商業銀行的分支機構，在農村吸儲能力很強，對農戶和農村中小企業的貸款卻較少；城市信用社下鄉攬儲挖走部分資金，轉向城市。三是缺乏農村特點的貸款擔保制度。在現行信貸政策下，農戶和農村中小企業自身不能提供有效的貸款抵押擔保，難以得到需要的貸款。在這種情況下，政府勢必需要進一步採取措施，通過深化農村金融改革、加強國家的政策扶持和完善農村金融風險規避機制等三方面加大金融支農的力度。
2.農業發展面臨諸多挑戰，農業生產力總體水平不高。
(1)國家對農業發展的投入嚴重不足，農業發展缺乏後勁。一是農業基本建設投入不足，其占國家基本建設投入的比重，“六五”時期為5.1%，“七五”為3.3%，“八五”為3%，可見逐年減少。由於基本建設投入不足，我國農業基礎設施老化嚴重，全國約有1/3的水庫帶病運行，60%的排灌工程急需維修，農業抵禦自然災害能力逐年下降，遭受災害面積逐年擴大。二是農業科研經費嚴重不足。我國農業科研經費占農業生產總值的比重不到0.1%，農業技術推廣經費比重不到0.2%，遠遠低於世界平均水平。由於利益的驅使，社會、企業和農戶對農業的投入也不多。沒有建立國家、企業、農民合作組織的財政、金融、稅收、農產品價格補貼等體系和運行機制，農業投入不足已成為我國農業發展緩慢的主要因素。
(2)農業產業結構不合理，結構性矛盾突出。雖然我國目前農業產業結構調整已初見成效，但仍存在一些亟待解決的問題：農業生產品種結構單一，產品結構層次低；農產品加工業滯後，農產品增值困難；農業生產經營方式落後，難以形成規模經營；缺乏科學的區域布局等等。
(3)農業資源短缺和生態環境脆弱，農業綜合生產能力難以持續提高。我國人均自然資源少，加上在相當長時期內耕地縮減、淡水短缺、人口增加的趨勢不可逆轉，部分地區生態環境還在繼續惡化，我國農業發展的資源和環境約束日益趨緊，導致糧食安全和生態安全難以保證。
(4)農業服務體系不健全，科技、信息等服務滯後。我國農業服務體系長期以來以推廣和服務為主，目前，農業服務體系存在隊伍膨脹、機制不活、負擔太重、觀念滯後、服務能力低、市場組織化程度低和經濟效益低等各種問題，很難適應市場農業發展的要求。
(5)農產品流通渠道不暢，農業資源優勢難以轉化為經濟優勢。我國目前許多農村地區個體販運戶規模小且不穩定，區域市場發育不全，大宗農副產品難以及時有效地銷售出去，遠遠不能適應農產品的流通要求。
3.基層民主政治建設滯後，農民權益難以得到保障。改革開放以未，伴隨社會經濟的快速發展，我國農村基層民主政治建設也取得了巨大成就，各種民主形式和實現途徑被創新性地探索出來，廣大農村居民參與基層民主建設的積極性不斷增強，自身的權益也得到了更有效的保障。但是，在新時期新情況下，我國目前農村基層民主政治建設仍存在許多突出的問題，面臨很多挑戰，主要表現為：
(1)農村基層組織缺乏戰鬥力、凝聚力和創造性。我國目前一些農村黨員幹部思想觀念陳舊、能力不足，基層組織軟弱渙散，缺乏凝聚力、號召力、戰鬥力，思想僵化、志氣退化、組織弱化“三化”傾向比較嚴重，致使黨組織在農村的戰鬥堡壘作用得不到正常發揮。
(2)村民自治發展存在諸多問題，如村委會直選中的賄選問題，村委會與村黨支部的“兩張皮”的問題、村民自治中鄉政村治異化的問題、村民自治中村規民約的違法問題等等，這些問題的存在極大地阻礙了農村基層民主建設的推進，導致農民民主權利得不到保障。
(3)鄉村宗族勢力挑戰村民自治。農村宗族勢力的存在和發展在很大程度上與強制性的國家權力退出農村有關，是農村在適應現代政治的組織資源缺失狀態下傳統勢力的恢復。宗族組織在一定程度上彌補了村落中集體組織的不足。合理利用宗族組織可以大大降低農村社會運行成本，對發展農村生產和村民自治有重要的作用。但是，宗族文化與民主政治畢竟是兩種性質截然不同的文化，宗族勢力對鄉村民主政治的發展具有許多消極影響。宗族勢力通過各種方式和手段入侵到農村基層政權，成為農村治理體制的組成部分，從而利用基層政權的力量牟取私利或擾亂農村經濟發展和社會秩序。更重要的是，宗族勢力很容易被黑惡勢力所利用，從而形成以宗派宗族為基礎的、對社會具有嚴重危害的邪惡勢力。因此，農村基層民主要發展，必須逐步清除宗族勢力。
(4)人口流動使村民自治發展面臨新的挑戰。一定數量素質較高的村民的存在是村民自治的組織基礎，但我國目前農村農民的大量外流，嚴重地削弱了村民自治的組織基礎。大量高素質農民的外流，一方面使村莊中可供民主選舉的高素質的村委會成員候選人減少，由此直接導致村委會工作能力的下降；另一方面，留在村裡的農民大多是老人、婦女和兒童，他們有很多對行使民主的程式和意義不太懂，從而容易導致民主的程式流於形式，民主決策也很容易異化為少數村幹部決策。
4.農村社會事業發展緩慢，城鄉發展差距不斷拉大。近幾年來，黨中央、國務院採取一系列政策措施，大力推進農村社會事業發展，使我國農村社會面貌得到了很大改觀。但是，農村社會事業發展還面臨許多困難和問題，難以滿足廣大農村居民日益增長的公共服務需要。農村教育基礎依然薄弱，中國小師資隊伍數量不足、辦學條件差、留守學生多等問題十分普遍，普及和鞏固義務教育任務相當繁重；農村公共衛生體系建設不健全，基層醫療衛生基礎薄弱，農民看病難、看病貴的問題十分突出；農村公共文化資源十分短缺，不少地方文化活動場所和設施破舊殘損、年久失修，沒有文化活動場所、沒有文化活動設施、沒有文化活動內容的現象還普遍存在；農村社會福利嚴重滯後於社會和經濟發展水平，存在社會福利機構匿乏、社會福利覆蓋面狹窄、地區發展不平衡、各福利項目發展不平衡、缺乏統一的組織管理等諸多問題；農民生育觀念與國家政策有很大差距，控制人口過快增長的任務十分艱巨。農村社會事業發展滯後，致使農村居民公平享有經濟社會發展成果的權利難以保證，極大地抑制了農民消費水平和發展能力的提高，已成為制約經濟社會協調發展的重大障礙。
5.農村環境問題非常突出，生態環境治理任務艱巨。我國目前農村環境問題日趨嚴重，農村居民的生產、生活安全受到了很大威脅。這些問題突出地表現為：
(1)生態環境破壞嚴重。由於受自然和人為兩方面因素的影響，農村當地局部生態平衡遭破壞，進而在整體區域範圍內造成生態功能失調，生態調節作用減小，各類自然災害頻發。
(2)農業污染加劇。在農業生產過程中，由於不合理使用農藥、化肥、地膜等化學投入，造成嚴重的地面污染，不僅導致農作物減產、農產品品質下降，而且對土壤、水、生物、大氣和人體健康造成嚴重危害。同時，規模化畜禽養殖業的廢棄物對農村環境的污染也越來越嚴重，極大地影響農村居民的日常生活。
(3)居民生活污染嚴重。隨著農村居民生活水平的提高和生活方式的轉變，農村生活污染由分散走向集中，各種問題日漸嚴重。主要表現在：農村生活垃圾數量增多，而且幾乎全部露天堆放，沒有進行有效處理；生活污水任意排放，致使河流、湖泊污染嚴重；生活取暖排放的大氣污染物沒有經過處理就直接排放，對當地空氣環境造成一定程度的污染。
(4)工業污染增多。我國農村工業污染主要來源於兩個方面：一是鄉鎮企業污染。我國鄉鎮企業數量眾多，而且大部分設備簡陋、技術落後、能源消耗高、缺少防治污染的設施，致使由鄉鎮企業發展帶來的污染問題十分突出，加重了農村環境的壓力；二是城市向農村轉嫁的污染。由於城市產業結構調整，一些耗能高、污染重、難以治理的企業遷移到農村，造成城市污染向農村轉移；同時，城市“三廢”直接轉移到農村，由此給城市周邊區域的環境帶來嚴重污染。
（5）應提高居民整體文化素養。只有居民文化教育水平上去了，科技生產力才能上去，視野開闊，才能更好的發展，做到：資源、環境、產能與社會的和諧發展！
