辦公室
負責協助院領導處理檢察政務，組織協調重要工作部署、重大決策的貫徹實施，組織重要會議和重大活動；
起草審核院的文稿，列印檔案，處理檢察信息、機要文電和秘書事務，編髮內部刊物；
組織編寫檢察工作年鑑和檢察志；
聯絡人大代表，督辦領導批辦事項；負責檢務公開、檢察統計、檔案管理、機要密碼管理和保密工作；
負責檔案以及案件材料的收發工作。
負責調查研究與檢察工作有關的法律、法規、政策的執行情況，負責檢察委員會的日常工作和特約檢察員工作；
配合市院組織開展檢察學會工作，收集管理圖書資料，編輯檢察工作套用法律、法規、檔案。
負責本院對外的宣傳工作。
政工科
負責檢察機關思想政治工作和隊伍建設；負責縣檢察院黨務、組織、人事、宣傳教育、勞資福利、人員培訓、計畫生育、離退休幹部管理等工作；按照管理許可權，辦理有關職務任免手續；協助有關主管部門管理本院機構編制；負責本院錄用幹部的審核和報批；負責審核評定和報批本院的檢察官等級和司法警察警銜；
負責對本院主訴和主辦檢察官的管理；負責組織爭先創優活動，承辦表彰獎勵工作；組織開展文體活動；指導機關工、青婦等民眾組織工作；負責對本院工作人員貫徹執行法律、法規和上級決定、規定的情況進行監督；
對主訴（主辦）檢察官履行辦案責任制的情況實行監督；受理本院工作人員違紀違法行為的檢舉控告，並按照紀律處分許可權進行查處；受理本院工作人員不服處分的申訴；制定黨風廉政建設制度，組織開展廉政紀律教育和執法執紀大檢查活動。
行政裝備科
負責編制和落實本院統管經費和裝備的年度計畫；負責管理和落實本院交通裝備、武器彈藥、服裝和財務等具體工作；
負責編制和落實院各項經費的計畫。負責本院資金的核算、管理和裝備物資的購置；負責院贓款贓物的管理；
負責院固定資產管理和裝備設施的維修工作以及全院辦公用品的計畫、購置、發放等工作。負責院的基建、物資設備、環境綠化、愛國衛生、房產及其它固定資產的維修、公務用車、交通安全、辦公大樓的消防安全等輔助性、服務性工作。
偵查監督科
負責對公安機關提請批准逮捕犯罪嫌疑人的案件和檢察機關直接受理的案件進行審查，作出是否批准或者決定逮捕犯罪嫌疑人；
負責對偵查機關的偵查活動進行監督，對影響重大的惡性案件，介入偵查和立案監督工作；
結合辦案，保護未成年人犯罪者的合法權益，參與專項鬥爭和社會治安綜合治理工作。
公訴科
負責對公安機關移送起訴的、由縣人民法院審判的犯罪案件進行審理，決定起訴或不起訴，出庭支持公訴；負責檢察機關直接偵查的職務犯罪案件和瀆職侵權犯罪案件進行審理，決定起訴或不起訴，出庭支持公訴；
辦理管轄範圍內的各類刑事案件；負責對公安機關的偵查活動及對人民法院的審判活動是否合法進行監督；開展青少年維權崗活動，參與社會治安綜合治理工作。
縣檢察院反貪局
負責檢察院管理的涉嫌貪污賄賂案件，承辦上級人民檢察院和有關領導交辦的案件，指導和協調反貪污賄賂的偵查工作。管理綜合預防科、偵查一科、偵查二科。
綜合預防科
負責分析和總結辦理貪污賄賂案件的情況，收集、儲存和管理經濟犯罪信息、情報；參辦大案要案；
協調案件偵查中的爭議事項；組織協調局重大工作部署、重大決策的貫徹實施，組織重要會議和重大活動；協助外地檢察機關在轄區開展偵查、取證、追贓及緝捕案犯等工作；負責職務犯罪預防工作和綜合治理工作；
研究、分析職務犯罪工作的特點、規律，提出職務犯罪的預防對策；在縣委的領導下，負責社會化大預防的組織協調工作；協同有關係統和行業的職能部門在重大工程項目中開展職務犯罪的預防工作，根據檢察機關辦案中發現的問題向有關單位提出檢察建議；
負責對職務犯罪預防工作提出建議和法制宣傳，制定職務犯罪預防工作的細則、規定；負責反貪污賄賂局的文秘、檔案工作。
偵查一科
負責立案偵查縣範圍內黨政機關幹部涉嫌貪污賄賂、挪用公款、巨額財產來源不明、境外存款隱瞞不報、私分國有資產、私分罰沒款物等犯罪案件，結合辦案開展綜合治理工作。
偵查二科
負責承辦上級部門交辦的案件，以及國有企事業幹部涉嫌貪污賄賂、挪用公款、巨額財產來源不明、境外存款隱瞞不報、私分國有資產、私分罰沒款物等犯罪案件；負責受理國家機關工作人員利用職權實施的重大涉稅案件；結合辦案開展綜合治理工作。
反瀆職侵權局
負責查辦並指導查辦刑法分則第九章規定瀆職犯罪案件以及國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、非法搜查、刑訊逼供、暴力取證、報復陷害、破壞選舉的案件；結合辦案開展綜合治理工作。
監所檢察科
負責對刑事判決、裁定的執行和看守所的活動進行執法監督工作；
立案偵查監管場所工作人員犯罪案件；辦理被監管人員及其家屬控告申訴案件和檢察機關認為需要自己直接受理的案件；直接負責看守所的駐所檢察工作。
民事行政檢察科
負責對縣人民法院的民事審判活動和行政訴訟實行法律監督；負責辦理公民、法人和其他組織不服人民法院已經發生法律效力的民事、行政判決的申訴案件，對確有錯誤的，依法提出抗訴或提請市檢察院抗訴；
接受上級檢察院指令，依法對同級人民法院開庭審理的再審抗訴案件出庭支持抗訴；對審判人員在審理案件中貪污賄賂、徇私舞弊、枉法裁定等行為進行監督；開展民事行政檢察業務工作。
舉報控告申訴檢察科
負責受理公民不服檢察機關訴訟終結的刑事處理決定和不服人民法院已經生效的刑事判決、裁定（包括刑事附帶民事判決、裁定）的申訴案件的審查和複查工作；負責本院的刑事賠償案件以及認為需要自己直接受理的其他案件的審查處理工作；
綜合反映刑事申訴和刑事賠償的工作情況；負責處理來信、來訪事務和民眾的控告；
組織開展文明接待活動；開展控告申訴檢察業務工作。 負責受理涉嫌貪污賄賂等經濟犯罪案件的舉報工作；組織對舉報線索的分流和對轉辦線索的追蹤、督辦和反饋；對檢察機關管轄的性質不明、難以歸口處理的舉報案件線索進行初查；負責組織舉報宣傳活動。
此外，惠東縣人民檢察院司法警察大隊為直屬行政單位,負責管理本院司法警察警容警貌、警用標誌；負責保護本院直接受理的犯罪案件的現場；執行傳喚，參與搜查；執行拘傳和協助執行其他強制措施，提解、押送、看管犯罪嫌疑人或者被告人；送傳法律文書等任務；負責本院的警衛工作。
