辦刊歷史
《復旦學報（自然科學版）》起源於1915年創辦的《復旦雜誌》（The Fuh-Tan Journal），第2～6期的封面刊名題寫人分別為于右任、梁啓超、唐紹儀、徐謙、孫洪伊。早期的的編輯人員有羅加倫、程天放、吳南軒、郭任遠等。第1～7期分別於1915年12月、1916年6月、1917年1月、1917年7月、1918年1月、1918年7月、1918年12月出版。
1920年，刊名由《復旦雜誌》改為《復旦季刊》，內容包括學術論文與文藝作品兩類，以後又分別出版文史哲號、科學號等。
1945年，《復旦雜誌》停刊。
1954年8月30日，復旦大學成立“復旦大學學報編委會”。
1955年4月1日，《復旦學報（自然科學版）》正式創刊。
1962年，《復旦學報（自然科學版）》改名為《復旦大學學報》（自然科學）。
1967-1972年，《復旦大學學報》（自然科學）停刊。
1973年，《復旦大學學報》（自然科學）復刊並恢復原名《復旦學報（自然科學版）》，編輯者為復旦大學自然科學學術研究委員會。
1974年，《復旦學報（自然科學版）》由不定期刊物改為季刊，每年出版4期，逢3、6、9、12月的25日出版。
1994年，《復旦學報（自然科學版）》由季刊改為雙月刊，每年出版6期，逢雙月25日出版。
2014年，《復旦學報（自然科學版）》成為原國家新聞出版廣電總局第一批認定學術期刊。
辦刊條件
欄目方向
欄目設定
《復旦學報（自然科學版）》主要刊登數學、化學、生命科學、技術科學、信息科學、管理科學、醫學科學等基礎研究和套用研究方面的學術論文、研究快報、研究簡報等。
讀者對象
《復旦學報（自然科學版）》主要讀者對象為中國國內外科技工作者、高等院校理工、醫科教師和研究生。
人員編制
據2018年6月《復旦學報（自然科學版）》官網顯示，《復旦學報（自然科學版）》編委會共有編委29人，其中中國科學院院士為28人，中國工程院院士為1人。
編委：（標*者為中國科學院院士，標^者為中國工程院院士。）
楊玉良*（高分子科學）， 金力*（遺傳學），楊雄里*（神經科學），楊福家*（核物理學）， 王迅*（物理學），王威琪^（生物醫學工程），趙東元*（無機化學），孫鑫*（物理學），陳恕行*（偏微分方程），丁光宏（生物力學），盧寶榮（生態學），艾劍良（飛行器設計）， 朱傳琪（計算機科學），張志鴻（生物物理學），遲楠（通信科學），汪源源（電子工程）， 楊芃原（分析化學），楊勁根（代數學），范龍振（財務金融），陳建民（大氣科學），趙世民（生物化學），鄭俊華（水環境工程），唐頤（物理化學），徐以泛（管理科學），徐雷（光科學與工程），黃大鳴（微電子學），程晉（套用數學）， 黎占亭（有機化學），朱崇業（環境化學）
辦刊成果
出版發行
據2018年6月6日中國知網顯示，《復旦學報（自然科學版）》出版文獻共5559篇。
據2018年6月6日萬方數據知識服務平台顯示，《復旦學報（自然科學版）》載文量為2272。
影響因子
據2018年6月6日中國知網顯示，《復旦學報（自然科學版）》總被下載639945次、總被引27537次；（2017版）複合影響因子為0.498、（2017版）綜合影響因子為0.344。
據2018年6月6日萬方數據知識服務平台顯示，《復旦學報（自然科學版）》被引量為16282、下載量為46813；據2015年中國期刊引證報告（擴刊版）數據顯示，《復旦學報（自然科學版）》2015年影響因子為0.39，在全部統計源期刊（6735種）中排3586名。
收錄情況
《復旦學報（自然科學版）》在中國國內為中國科技論文統計源核心期刊、中國科學引文資料庫來源期刊、中國學術期刊綜合評價資料庫來源期刊、中國學術期刊綜合評價資料庫（CAJCED）、中國期刊全文資料庫（CJFD）、中文科技期刊資料庫、萬方數據數位化期刊、中國知網入網期刊、CSCD中國科學引文資料庫來源期刊（2017-2018年度）（含擴展版）、北京大學《中文核心期刊要目總覽》來源期刊（1992年（第一版）、1996年（第二版）、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）等收錄。
《復旦學報（自然科學版）》在中國以外被日本《科學技術文獻速報》（CBST）、美國《生物學文摘》（B10SIS）、美國《數學評價》（MR）、德國《數學文摘》（Zb1 Math）、英國《動物學記錄》（ZR）、美國《化學文摘》（CA）、英國《科學文摘》（SA）、俄羅斯《文摘雜誌》（PX）等收錄。
榮譽表彰
《復旦學報（自然科學版）》為中國期刊方陣，百種重點科技期刊。曾獲1996年國家科委、中宣部、新聞出版署頒發的全國優秀科技期刊獎；1992年、1996年、1999年、2006年國家教育部系統優秀科技期刊獎。
文化傳統
形象標識
期刊標識精神理念
《復旦學報（自然科學版）》反映復旦大學理科各院（系）、所的最新科研和教學成果，促進中國國內外學術交流，為繁榮和發展復旦大學的科技事業服務，為中國社會主義現代化建設服務。
現任領導
截至2018年6月15日，《復旦學報（自然科學版）》現任領導如下：
編委會主任、主編：楊玉良
編委會副主任：金力
