背景
乾隆年間，清軍平定大、小和小叛亂、統一天山南北（參見清平天山南路之戰）後，大和卓博羅尼都之子薩木克逃至浩罕（新疆西浩罕國，今屬吉爾吉斯）。其次子張格爾，在英國侵略勢力支持下，企圖恢復和卓家族昔日在南疆（新疆南部）的統治。過程
成功後失敗
嘉慶二十五年，張格爾利用南疆維吾爾族人民對清參贊大臣靜斌殘暴壓迫的不滿情緒，於八月間率數百人潛入南疆，煽動當地民眾叛亂。清領隊大臣色普徵額率兵進擊，將其全殲，張格爾僅率殘部二三十人逃往浩罕。張格爾在浩罕，由英國殖民主義者提供裝備，組織訓練軍隊，積極準備再次進入南疆。道光五年，張格爾叛軍屢以小股襲擾邊境，作試探性進攻。九月，領隊大臣巴彥巴圖率兵200人進擊，未遇張格爾部，竟殺害牧民婦孺百餘，被布魯特部全殲，引起西部大亂。道光帝以貪淫虐殺回民罪，將靜斌、色普徵額撤職下獄，判處死刑。六年六月，張格爾與其英國教官乘機率叛軍300人，由開齊山進至喀什噶爾（今喀什）城北約60里之阿爾圖什（今阿圖什），以禮拜祖墓為名，煽動當地民眾反清。新任喀什噶爾參贊大臣慶祥，命協辦大臣舒爾哈善、領隊大臣烏凌阿率兵1000人進擊。叛軍大部被殲，張格爾率百餘人突圍後，裹脅大批民眾叛亂。因恐北疆清軍來援，竟以出賣祖國權益為條件向浩罕求兵：“約破四城（喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐）子女玉帛共之，且割喀什噶爾酬其勞”。七月，浩罕穆罕默德·阿里汗親率萬人入侵南疆，攻打喀什噶爾城。後因與張格爾發生矛盾，恐腹背受敵，引兵退走。但有3000人被張格爾誘留，助其攻城。經70餘日激戰，清守軍力竭，八月二十日城破，參贊大臣慶祥等自殺殉國。最黑暗時期
張格爾自稱賽亦德·張格爾蘇丹，自立為南疆統治者。英吉沙爾（今英吉沙）、葉爾羌（今莎車）、和闐（今和田）三城，相繼為叛軍攻占。張格爾控制南疆後，“殘害生靈，淫虐婦女，搜尋財物，其暴虐甚於前和卓千倍萬倍”，與其入疆之宣傳完全相反。廣大維吾爾族人民強烈反對，轉而支持清軍。占領葉爾羌之叛軍五六千人，進攻阿克蘇（今屬新疆）。阿克蘇辦事大臣長清，派參將王鴻儀率兵600人阻擊，在都爾特（今阿瓦提北）被殲，王鴻儀戰死。當叛軍進至距阿克蘇僅80里處，企圖強渡渾巴什河時，由庫車及喀喇沙爾（今焉耆）來援之達凌河、巴哈布兩部清軍到達。在當地維吾爾族人民自發組織的數百抗叛部隊協助下，擊退渡河叛軍，並進至南岸立營。叛軍多次進攻，均被擊退，被俘斬千餘人。叛軍不敢東進，東部局勢趨於穩定。道光帝命伊犁將軍長齡為揚威將軍，署陝甘總督楊遇春、山東巡撫武隆阿為參贊大臣，調集吉林、黑龍江、陝西、甘肅、四川5省兵3萬會攻叛軍。十月間，陝西等地清軍萬餘到達阿克蘇，開始轉為攻勢作戰。時叛軍300Q人據守阿克蘇西南約250里之柯爾坪（今柯坪），該地西南通巴爾楚克（今巴楚）、喀什噶爾，為清軍進軍必經之路。長齡派陝西提督楊芳，以突襲攻占該地，打開了西進的通道。此時，和闐伯克伊敏亦率當地民眾2000餘人擊敗叛軍，收復和闐。但因大雪封路，清軍不能馳援，又為叛軍奪占。道光七年二月六日，清軍主力開始西進。二十二日在大河拐擊敗叛軍3000人後，次日又擊敗叛軍2萬於渾阿巴特（今伽師東），二十五日再殲叛軍萬人於沙布都爾，二十八日進至渾河（又稱洋達瑪河，今博羅和碩河）北岸，距喀什噶爾城僅10里。叛軍10餘萬阻河列陣，亘20里。清軍用聲東擊西戰術，先以一部騎兵在下游渡河，將敵軍注意力引向下游，爾後以主力乘夜暗由上游急渡，突襲敵陣地，叛軍潰逃。清軍乘勝疾進，於三月初一日收復喀什噶爾城，初五日收復英吉沙爾，十六日收復葉爾羌，五月收復和闐。前後殲滅叛軍近3萬。但張格爾已先期由木吉（今布倫庫勒西北）逃往達爾瓦斯山之藏堪（參見渾河之戰）。道光帝以叛亂主犯未獲，奪長齡、楊遇春、武凌阿銜，仍勒限擒獲。
