變遷
總理回疆事務參贊大臣，是清代新疆回部地方的駐紮大臣，“總理回部各城事務”。1759年（乾隆二十四年），清軍平定大小和卓之亂，置參贊大臣辦理喀什噶爾事務，受伊犁將軍節制。首任參贊大臣為海明，駐徠寧城（喀什噶爾滿城），因其駐喀什噶爾（今新疆喀什市）辦事，故稱喀什噶爾參贊大臣。1763年（乾隆二十八年），以喀什噶爾參贊大臣“總理回疆事務”，參贊大臣納世通總理回疆南八城事務。 1765年（乾隆三十年）移駐烏什辦事大臣素誠被殺，以永貴為總理回疆事務參贊大臣，移駐烏什。喀什噶爾改設辦事大臣。1787年（乾隆五十二年）復移駐喀什噶爾。1797年（嘉慶二年），設英吉沙爾領隊大臣，管轄原屬喀什噶爾的英吉沙爾地方。1827年（道光七年）喀什噶爾參贊大臣移駐恢武城（今疏勒縣）。1831年（道光十一年）移駐葉爾羌，改葉爾羌辦事大臣為參贊大臣，總理回部，喀什噶爾參贊大臣降為領隊大臣。1864年（同治三年）以後，因同治新疆回亂和阿古柏之亂而空缺。1864年（同治三年），新疆回亂爆發，阿古柏攻占喀什噶爾漢城（恢武城），喀什噶爾辦事大臣奎英殉難。1865年（同治四年）葉爾羌參贊大臣武隆額離任，此後參贊大臣一職空缺。1878年（光緒四年）清軍收復回部各城，此後設立“西四城善後總局兼辦喀什噶爾善後局”管理回部西四城（喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌、和闐）。1883年（光緒九年）裁撤參贊、辦事大臣，置知府、知州，次年設立新疆省。喀什噶爾地方置疏勒直隸州，葉爾羌地方置莎車直隸州，不久均升為府。
職權
在天山南路（即回疆地區）設定的參贊大臣就是軍府制體制中的重要組成部分。喀什噶爾參贊大臣（亦稱 總理回疆事務參贊大臣）歸伊犁將軍（全稱“ 總統伊犁等處將軍”）節制，管轄回部喀什噶爾(今喀什)、葉爾羌(今莎車)、和闐(今和田)、烏什、阿克蘇、庫車、喀喇沙爾(今焉耆)等地區辦事、領隊大臣及其軍政事務；參贊大臣官署的內部組織有印房、回務處及糧餉局，設章京、筆帖式等以辦理事務；各城事務有總管參領、防禦、驍騎校等分掌。其轄地北起中亞納林河（即錫爾河上游之支流），與當時的中亞浩罕汗國為界，南達喀喇崑崙山，西至帕米爾以西就近地帶，東至阿爾金山一線。境內民族以維吾爾族為主，還有柯爾克孜（當時稱布魯特）和塔吉克等民族。
清朝對於喀什噶爾參贊大臣及其以下各級官員和職責許可權規定的極為嚴格精細，諸如接任交代、存房書冊、年例摺奏、咨行案件及辦事章程都一一列明。例如其《辦事章程》中規定：參贊大臣到任後巡查本屬卡倫十七處一次，巡閱各回城一次；協辦大臣到任後盤查喀什噶爾、英吉沙爾倉庫軍械馬牛羊廠一次；領隊大臣春秋二季輪流巡查喀什噶爾、英吉沙爾所屬卡倫一次，等等。甚至中亞浩罕汗國的通商使者來喀，如何接待也有繁複詳盡的規定：“每名照例筵宴用羊一隻，白面十八斤，白米、油茶、柴薪雜費錢五十二文；來使並僕役日給羊一隻，白米半斤；其僕役日給白面一斤。自本處起程至葉爾羌，五日口食羊二隻，茶米折錢。旋迴時仍然前供支給，造冊匯入奏銷”。還有“每年九、十月間，參贊大臣閱視滿漢官兵技藝，例賞羊二十四隻，經牧處備辦。”（以上均見《回疆通志》卷七）諸如此類，不勝枚舉。
同時參照內地官制改造回疆舊有的伯克制度，任命維吾爾上層為各級伯克，管理各城、村事務。伯克和宗教阿訇不得兼任，阿訇不得干預行政司法。當時南疆的伯克中，阿奇木伯克官居三品，是南疆各城最高的行政長官，總管當地城鄉一切行政事務。伊什罕伯克是阿奇木伯克的行政副手，其下按業務分設各種類型的伯克，分掌各級各地的錢糧、賦稅、司法、治安、水利、田園、工商、貿易、宗教、文化等具體事務。
轄區
喀什噶爾參贊大臣及協辦大臣辦理喀什噶爾地方事務，其所轄區域為：伯什克勒木、伊克斯哈拉、牌租阿巴特（今伽師縣）、阿爾巴特、汗阿里克、塔什巴里克、赫色勒布伊、托璞魯克、提斯袞、岳譜爾和（今岳普湖縣）、英吉沙爾（今英吉沙縣）、塞爾們、哈喇刻爾、托克庫爾薩克、鄂坡勒、阿斯騰阿喇圖什、鄂什、霍爾乾、玉斯屯阿喇圖什、阿喇古、巴爾昌、和什庫珠克、阿喇楚勒、葉什勒庫勒。
回部南八城的重要軍事、行政事務，也由參贊大臣辦理，重大事宜須上奏伊犁將軍。南八城的其他駐紮大臣（葉爾羌辦事大臣、和闐辦事大臣、阿克蘇辦事大臣、烏什辦事大臣、庫車辦事大臣、喀喇沙爾辦事大臣、英吉沙爾領隊大臣），均受喀什噶爾參贊大臣節制。東路的哈密辦事大臣、吐魯番領隊大臣則由烏魯木齊都統節制。
屬員
喀什噶爾協辦大臣一員。章京四員，掌管四部衙門，筆帖式四員、委筆帖式九員，見辦事衙門。卡倫侍衛十八員。 管理滿營協領一員、佐領二員、防禦二員、驍騎校三員、前鋒校三員、委筆帖式一員。 管理錫伯營佐領一員、驍騎校一員。 管理索倫營佐領一員、驍騎校一員。 管理綠營副將（原為總兵）一員、游擊一員、千總三員、把總三員、經制外委六員、聽差都司守備二員。 英吉沙爾領隊大臣一員。辦事衙門印房，章京一員、筆帖式二員、委筆帖式四員。 回務處，掌管回人（穆斯林）事務，置章京一員、筆帖式一員、委筆帖式二員。 糧餉局，1761年（乾隆二十七年）設，置章京一員、筆帖式一員、委筆帖式一員。 經牧處，章京一員、委筆帖式二員。
