科室設定
目前，中心內設辦公室、歸集科、信貸科、稽核科、計畫財務科、政策法規科、行政執法科、網路信息管理科8個職能科室，下設市直、甘州、臨澤、高台、山丹、民樂、肅南7個管理部。
主要職責
1.編制、執行住房公積金的歸集、使用計畫；
2.負責記載職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況；
3.審批住房公積金的提取、使用；
4.負責住房公積金的保值和歸還；
5.編制住房公積金歸集、使用計畫執行情況的報告；
6.承辦住房公積金管理委員會決定的其他事項。
內設機構
（一）辦公室。負責中心日常工作的組織協調，會議的組織籌備和日常接待工作；負責職工調配、幹部考察、勞動工資、中心財務工作；負責年度考核工作的組織實施；負責文檔管理、辦公用品採購、車輛管理及其他後勤事務工作；負責信息收集和報送工作；負責中心內控制度建設和制度的督促落實；負責精神文明建設、社會治安綜合治理、黨風廉政建設和黨建等工作。
（二）歸集科。負責全市住房公積金歸集、提取業務操作規程的擬訂和落實；負責住房公積金年度審核工作的組織實施；負責審核緩繳和降低繳存比例的申請，並辦理報批手續；負責指導各管理部做好歸集擴面工作；協助行政執法科實施行政執法。
（三）信貸科。負責全市住房公積金貸款業務操作規程的擬訂和督促落實；負責貸款相關契約、表格及文本的修訂完善和統一使用的督促落實；負責落實住房公積金貸款的審批職責，並承辦貸委會會議；負責全市住房公積金貸款受理、審核、審批、發放、回收以及貸款賬戶設立、檔案管理的監督指導；負責全市住房公積金貸款風險防範管理和貸款呆壞帳的審核、報批及核銷工作。
（四）稽核科。負責全市住房公積金業務管理情況進行全面稽核；負責對中心及各管理部管理費用開支情況進行稽核；負責對各科室、管理部住房公積金政策執行情況和內控制度落實情況進行檢查；負責調查核實民眾反映的中心工作人員違紀違規行為，並提出處理意見；負責配合審計、財政、人民銀行等部門對住房公積金管理工作的監督檢查；負責各受託銀行契約履行情況的監督檢查。
（五）計畫財務科。負責編制全市年度住房公積金歸集、使用計畫和計畫執行情況的報告；負責組織編制全市年度住房公積金運營收支預、決算和收支分析報告；負責審核各管理部管理費用預、決算，報批中心和各管理部年度管理費用，並按規定核撥管理部經費；負責各管理部住房公積金及其他住房資金核算工作的監督指導；負責核實各管理部增值收益，並提出增值收益分配方案；負責各管理部銀行沉澱資金運作管理的審核、指導和監督；負責會計、統計報表的匯總、編報工作；負責監督、指導各管理部會計、財務檔案的管理使用工作；負責落實各管理部與受託銀行的協定簽訂工作；協助辦公室做好機關財務和勞動工資、各類保險工作，承辦職工工資及養老保險、醫療保險、失業保險和個人所得稅的核算、發放、繳納和財務檔案管理及工資年報工作；協助信貸科做好貸款呆壞帳的審核、報批及核銷工作。
（六）行政執法科。負責住房公積金行政執法操作規程和相關文本的擬訂、完善；負責受理各繳存單位及其職工關於住房公積金管理工作方面的投訴；負責全市住房公積金違法、違規案件的立案、調查，處罰決定的擬訂、送達、執行和執法案件卷宗的保管等工作。
（七）政策法規科。負責全市住房公積金政策法規執行情況的調研，並提出修訂完善的意見建議；負責制訂本市住房公積金制度和業務發展規劃；負責組織、指導全市住房公積金政策法規的宣傳和業務諮詢工作；負責整理、編輯住房公積金管理制度及政策法規等文本；負責職工業務培訓計畫的制定與實施。
（八）網路信息管理科。負責全市住房公積金綜合業務網路系統和中心內部區域網路的日常維護以及電子業務數據的備份和集中存儲，負責擬訂和完善計算機軟硬體及網路管理相關制度，保證網路系統正常運轉和通訊線路暢通。
（九）市直及各縣區管理部。按照中心授權，在轄區範圍內履行以下職責：負責轄區內住房公積金歸集使用計畫的編制、實施；負責轄區內住房公積金的繳存年審、資金歸集、使用管理及會計核算；負責受理轄區內單位緩繳或降低繳存比例的申請，並辦理報批手續；負責記載職工住房公積金的繳存、提取、使用等情況；負責受理轄區內職工個人住房貸款申請，調查核實貸款資料，審批發放貸款，並按期回收貸款本息；負責落實貸款風險防範措施，加強貸後管理，保證資金運營安全；負責銀行沉澱資金的運作，並做好保管、兌付工作；負責轄區內的政策宣傳、業務諮詢、信息查詢，並及時受理、妥善處理民眾的來信來訪；負責與受託銀行的業務洽談和相關部門的溝通協調；負責落實中心各項決議和規章制度；負責本部各類檔案的歸檔管理和住房公積金統計、會計及其他財務報表的編制、報送工作；負責管理部精神文明、廉政建設、依法行政和安全保衛等工作。
