OPS I
弗蘭克·伍茲在古巴1961年4月17日正當弗蘭克·伍茲、阿歷克斯·梅森、約瑟夫·鮑曼與卡洛斯（一個反卡斯楚的古巴人）交談時，古巴警察突然闖入，正當警察問阿歷克斯·梅森來自哪裡時，弗蘭克·伍茲將一把刀插在這個警察手上並幹掉了他，隨後弗蘭克·伍茲、阿歷克斯·梅森、約瑟夫·鮑曼、卡洛斯等人成功殺了出去，擺脫了古巴警察的追蹤，接著他們去暗殺菲德爾·卡斯楚，但是最後殺的只是一個替身。最後弗蘭克·伍茲、約瑟夫·鮑曼、卡洛斯等人成功逃走。而阿歷克斯·梅森不幸被俘。1963年11月17日弗蘭克·伍茲、阿歷克斯·梅森、約瑟夫·鮑曼（Joseph Bowman）、特倫斯·布魯克斯（Terrance Brooks）、格里戈里·韋弗爾（Grigori Weaver）潛入蘇聯的拜科努爾航天發射場，他們成功的殺死了由一些投降蘇聯的納粹科學家組成的阿森松組織的成員以及破壞這些科學家為蘇聯開發的聯盟2號火箭，並擊毀了尼基塔·德拉格維奇的坐車，但不能確認尼基塔·德拉格維奇是否已經死亡。
1968年2月11日，從傑森·哈德森那裡得到訊息，有一架裝載Nova 6 毒氣的蘇聯運輸機在寮國邊境墜毀，於是MACV-SOG小組（Military Assistance Command, Vietnam – Studies and Observations Group）成員弗蘭克·伍茲、阿歷克斯·梅森、約瑟夫·鮑曼半夜乘船趕往寮國越南邊境搜尋飛機殘骸，最後發現Nova 6已在墜機事故發生後泄漏一空，還有大量蘇聯仿製美軍的武器丟在這裡，之後三人發現這是個圈套，三人隨後被圍攻上來的大批越共部隊和蘇聯特種部隊俘虜。
戰鬥中的伍茲1968年2月19日，弗蘭克·伍茲、阿歷克斯·梅森、約瑟夫·鮑曼三人被捕後，被關在寮國某處審訊，尼基塔·德拉格維奇派遣了一隊Spetsnaz（蘇聯特種部隊）協助北越游擊隊看管被關在水牢中的三人，一個Spetsnaz軍 官出於無聊讓三人玩俄羅斯輪盤賭，約瑟夫·鮑曼因不滿被該軍官殘酷殺害，隨後弗蘭克·伍茲拿著左輪手槍對自己腦袋來了一槍，接下來輪到阿歷克斯·梅森了，弗蘭克·伍茲提醒阿歷克斯·梅森向看守士兵開槍，兩人藉機殺了幾個看守逃了出來，並搶來了蘇軍停在營地門口的直升機，兩人開著直升機端掉了敵人的一個營地並摧毀了敵人的輸油管。隨後二人殺到另一處基地，營救了一隊被俘的美軍，阿歷克斯·梅森再次因為在Vorkuta勞改集中營被洗腦後與假想中維克多·雷澤諾夫相遇。並得知列夫·克拉夫琴科就在基地里，最後阿歷克斯·梅森被列夫·克拉夫琴科偷襲，為了救阿歷克斯·梅森，弗蘭克·伍茲用匕首刺中列夫·克拉夫琴科，但列夫·克拉夫琴科拉開了身上的若干顆手榴彈，弗蘭克·伍茲為了不殃及阿拉克斯·梅森，伍茲抱著列夫·克拉夫琴科衝出玻璃窗，生死不明。
OPS II
已經95歲的伍茲打開審訊室裡面的電腦發現，一個神秘的線人X於1978年7月4日告訴阿歷克斯·梅森，弗蘭克·伍茲被關在Hanoi Hilton（這是美軍士兵的戲稱，真名叫做Hoa Lo戰俘營）裡面。
《使命召喚：黑色行動2》設定在2025年，世界已經改變，科技日益發達，6月19日，95歲的伍茲坐在輪椅上講述：“那時我被救了，那時我還活著，除此以外，我對任何事情都不感到驚奇。科技越來越發達，但是我們卻越來越弱小。我們製造了電腦，機器人，槍枝和軍隊，但是我們從來沒有想過，當這些東西落入敵人手中時會發生些什麼。這些東西製造出來是來保護我們的安全的，這點你要明白。我們這些傢伙總是需要去做那些，別人不願意做的事！”
1986年，伍茲被安哥拉人民解放軍(MPLA)抓獲，被派遣與爭取安哥拉徹底獨立全國聯盟（安哥拉的一個游擊隊組織）的領袖若納斯·薩文比合作的亞歷克斯·梅森和傑森·哈德森成功解救。
事實上，在伍茲和克拉夫琴科搏擊的過程中，克拉夫琴科的手雷帶鬆動並在摔下樓時脫落，因此手雷爆炸對伍茲和克拉夫琴科造成的傷害並不大。（另外也有說法認為手雷並沒有爆炸而是梅森的幻覺認為發生了爆炸。）
儘管克拉夫琴科受到刀傷，他仍更快地站了起來並俘虜了伍茲，送他到河內希爾頓。從一個神秘的線人(代號為“ X “)給梅森的訊息中說明，伍茲作為一名囚犯被關押在河內希爾頓。
半年後，他被轉移到另一個在峴港的戰俘營。到1972年，他與最後的17名囚犯下決心不能死在監獄裡，伍茲最終成功逃生安全回到美國。
伍茲於1975年在中央情報局工作。1980年，弗蘭克·伍茲在安哥拉作為中情局人員執行任務，卻被勞爾·梅內德斯抓獲。梅內德斯在伍茲的面前折磨並殺死他的戰友旨在得知中情局已經了解到的關於梅內德斯的信息。伍茲最終與他死去的戰友一同放置於一個貨櫃中，幾乎死於脫水和飢餓。最終，傑森·哈德森和亞歷克斯·梅森成功營救他，但發現他奄奄一息。自從這件事之後，伍茲報復梅內德斯的強烈欲望永遠不會消失。
伍茲和梅森聯合趙天，一名未來的中國將軍，阻止蘇聯入侵阿富汗。他們設法擊退了蘇聯部隊的進攻，並發現克拉夫琴科也在入侵的部隊中，隨後抓獲並並審問他。克拉夫琴科聲稱中情局內部有梅內德斯的間諜但不願意透露更多情報，被伍茲射殺（如果玩家未能控制梅森抵抗洗腦成功則不會聽到中情局的間諜的情報並且由梅森射殺克拉夫琴科）。但是隨後聖戰組織的成員倒戈，將伍茲，哈德森，梅森，趙天捆住並丟在沙漠中的某處，但雷澤諾夫救了他們（其實是伍茲掙脫繩子後救了梅森他們）。
之後，勞爾·梅內德斯在尼加拉瓜的家中被諾列加的人抓獲，但是諾列加放走了他，不過由於自己的妹妹仍然在房間裡，梅內德斯一路殺回家中卻遇到了哈德森、伍茲、梅森三人。伍茲在見到梅內德斯之後盛怒之下不顧哈德森向梅內德斯射擊，遭到梅森阻止後胡亂地掃射完一整個彈匣的子彈，撞開梅森後拉開手雷。投擲過程中由於梅森的干涉，手雷撞到牆壁上彈進約瑟芬娜所在的房間爆炸從而造成約瑟芬娜死亡，這也是梅內德斯決定向伍茲等三人復仇的直接原因。但是之後得知殺害了無辜的約瑟芬娜的伍茲對此也表現出相當的愧疚。
伍茲與梅森前往巴拿馬捕捉諾列加（代號為偽君子），認為其高度參與與梅內德斯的軍火交易。他們設法抓住他，並護送他到安全的地方，哈德森通過無線電告訴他們將要用諾列加進行人質的交換，梅內德斯會被諾列加的人帶出來需要由伍茲射殺。伍茲爬上建築物，看到了諾列加的人押著一個帶著頭套的男人走了出來，哈德森要求伍茲擊斃他，但是瞄準時，伍茲想起了克拉夫琴科關於中情局有間諜的話（如果梅森射殺克拉夫琴科則不會出現這句話），這時可以選擇射殺梅森（主要是攻擊頭部或胸部以上）或者射傷梅森（主要是攻擊腿部，倒下後哈德森會要求再次射擊他的頭部，此時仍可選擇攻擊頭部殺死梅森或者攻擊腿部射傷他但是梅森會陷入休克）。退出建築後走向射擊目標所在位置的途中，諾列加笑得很詭異，這讓伍茲越來越可疑。伍茲發瘋地跑到設計目標的身邊扯開頭上的袋子，發現那是亞歷克斯·梅森。伍茲正要用隨身的手槍射擊諾列加，但梅內德斯早已準備好，看準時機用Spas-12霰彈槍打斷了伍茲的右膝，隨後打斷其左膝使伍茲完全失去了行走的能力。儘管如此伍茲仍打算反抗，但被梅內德斯砸暈。
伍茲醒來之後發現神情恍惚的大衛·梅森（此時仍是一個少年），亞歷克斯·梅森（無論生死）躺在一邊，以及被綁在椅子上的哈德森。梅內德斯揮舞著他的Spas-12霰彈槍，聲稱哈德森和大衛·梅森中必須有一個得死，如果無法做出決定，那么哈德森、大衛·梅森都得死。哈德森提到了自己的孩子後選擇犧牲自己，梅內德斯用心形項鍊殺死哈德森後，將項鍊展示給大衛·梅森。梅內德斯告訴大衛，他下一次見到梅內德斯的時候，會幫助梅內德斯創造一個嶄新的世界。大衛神志清醒後看到邊上自己的父親而開始哭泣，伍茲試圖爬向男孩，但是在途中暈倒。從此伍茲因為大衛·梅森沒有家人而開始撫養他。
2025年，伍茲95歲，從中情局退休，居住在白宮建造的一座安全屋中。在4月19日，勞爾·梅內德斯來拜訪他，展示了那枚心形項鍊，上面有一對男女的照片。然後梅內德斯低聲告訴伍茲：“現在開始 ”。當天晚些時候，弗蘭克接受了一個隸屬於聯合特種作戰司令部小隊的拜訪。這是一支由弗蘭克·伍茲曾經的朋友亞歷克斯·梅森的兒子，大衛·梅森所帶領的小隊。弗蘭克然後告訴大衛，勞爾·梅內德斯的計畫開始，並告訴他他的父親是梅內德斯手下的人殺死的。隨後在大衛·梅森第二次拜訪時，伍茲告訴他在巴拿馬發生的一切，承認自己射殺了亞歷克斯·梅森，並且告訴大衛，一定要殺了梅內德斯。
伍茲結局
根據玩家的行動，伍茲將出現不同的結局。有三個不同的結局，過場動畫自然也不同。前兩個是根據伍茲在狙擊梅森時的射擊位置而改變。如果伍茲射擊亞歷克斯·梅森的頭部，大衛·梅森和伍茲將出現在亞歷克斯·梅森的墳墓並且獻花。但是，如果伍茲射擊一個非致命位置（胸部以下，一般為雙腿，必須打兩次），亞歷克斯·梅森回歸與伍茲見面。伍茲最初認為自己射殺了梅森，不相信梅森仍然活著，梅森回答說伍茲是一個糟糕的射手。大衛·梅森也將出現，在三十年後終於與他的父親團聚，此時伍茲會離開房間，接下去是父子的交談。但是以上兩個結局必須建立在梅內德斯死亡或者未能越獄的基礎上。第三個的結局，如果勞爾·梅內德斯還活著並越獄成功（卡瑪/克洛伊·林奇死亡，註：未能成功救出卡瑪、法里德被殺導致她在歐巴馬號上被射殺、中國敵對/司令被殺導致歐巴馬號沉沒，滿足以上任何一個都會直接導致卡瑪的死亡），梅內德斯將會在當天晚上找到伍茲，用自己妹妹約瑟芬娜的心形項鍊將伍茲殺死，並且將其抱到伍茲房間內的床上，大約一年後到墓地祭拜自己的妹妹，然後打開墓穴自焚，與妹妹陪葬（值得一說的是，無論玩家之前的選擇如何，只要梅內德斯越獄，都會選擇這種方式結束自己的生命）。
結局彩蛋
在黑色行動2遊戲的最後，在結局的演唱會彩蛋中， 伍茲與 梅內德斯一起和 Avenged Sevenfold一起開演唱會，梅內德斯還被Avenged Sevenfold的兩個隊員狠狠地教訓了一頓，伍茲在後台登上舞台前從輪椅上站起來，梅內德斯一臉驚訝的看著它，然後伍茲手指著輪椅對著梅內德斯說 “幹嘛？那貨（輪椅） ？我只是太他X的懶而已！”
