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醫院座落在風景秀麗的荔灣湖畔，占地總面積約25000平方米。有各級衛生技術人員1200多人，其中副高以上職稱100多人，碩士生導師18人。日平均門診量2800多人次，編制床位650張。擁有一批先進的醫療設備，如核磁共振，螺旋CT機，ECT機，DSA，CR，DR，全國首台第三代電磁導航系統，多功能等離子刀，彩色心髒、腹部B超，子宮內膜微波治療儀，體外震波碎石機，腔鏡系列手術及檢查系統，1000毫安多功能X光機，全自動生化儀，骨密度儀等，總值逾2億元，充分適應現代臨床診治與醫學研究發展的需要。目前，醫院的各專業門類設定較為齊全，設有18個臨床一級科室，開設專科門診80多個，專家門診90多個。其中，婦產科是廣東省衛生廳特色專科、廣州市衛生局確立的重點專科，同時也是廣東省確認的廣州醫學院婦產科碩士研究生點組長單位。
在婦產科基礎上成立的廣州市婦產科研究所，設施一流，主要從事婦產科、輔助生殖技術、試管嬰兒、HLA（人類白細胞抗原）與器官移植、遺傳學檢查及產前診斷等的工作，開展的圍產醫學、遺傳優生、人類生殖研究已跨入國內先進水平。是衛生部已經批准可以開展人類輔助生殖技術的廣州最早的兩家醫院之一。
2004年成立廣州市第二人民醫院法醫物證司法鑑定所，是法務部核准具有法醫物證鑑定資格，鑑定結果具有法律效力、面向社會提供服務的司法鑑定機構。進行的業務有個體識別、親子鑑定（包括胎兒）、性別鑑定、種族和種屬認定等。是廣州市第一家具有司法鑑定資格的醫療機構。
廣州市政府實施《中國21世紀議程廣州行動方案》優先發展項目──“廣州市重症孕產婦救治中心”1998年成立並設在我院，主要負責廣州地區、鄰近地區甚至更遠城市重症孕產婦的救治工作。為降低廣州地區孕產婦死亡率、新生兒死亡率作出了貢獻。
婦產科、骨外科、心血管內科、腎移植科是醫院的四大重點專科。醫院已成功開展卵巢移植、腎移植、肝移植、骨髓移植、心臟瓣膜轉換等先進高難度手術。
