主要職能
廈門市人民政府口岸辦公室是市政府主管口岸工作的職能部門，主要職責是：
（一）貫徹執行黨和國家有關口岸管理工作的方針、政策和法規；擬定並組織實施本市口岸管理工作的法規和發展計畫、規劃。
（二）檢查、監督口岸各單位按各自的職責和規定，對入出境人員、交通工具、貨物和行李物品進行監督管理及檢查、檢驗、檢疫等工作。
（三）主持平衡本市口岸的外貿運輸和集運疏運計畫；檢查督促國家和省下達的外貿運輸計畫的實施，負責對經本市口岸進出口的外貿貨物進行統計和綜合分析。
（四）負責協調和處理口岸各單位對外工作之間的關係和組織仲裁有關口岸事務中的爭議問題。負責口岸系統社會治安綜合治理工作，開展口岸精神文明建設活動。協同有關部門對口岸重大涉外問題和嚴重違反口岸紀律問題進行查處。
（五）參與本市機場、港口建設發展的規劃和督促實施查驗配套設施建設“三同步”；協調本市口岸查驗單位辦公、生活設施的規劃、建設和配套工作。
（六）負責本市一、二類口岸開放、整頓、關閉的審查報批工作。
（七）負責對新開闢的海、陸、空國際（含港澳台）客貨運航線航班和外國籍交通工具臨時進入我市非開放區域的申請提出審查意見。
（八）負責口岸對台“三通”的協調與管理工作。
（九）承擔市口岸工作協調小組的日常工作。
（十）承辦市政府交辦的其他事項。
內設機構
（一）海港處（通關協調處）
負責海港口岸進出口客貨運輸的協調、管理工作和港口生產動態、進出口貨物的綜合分析、監控、預測工作，編制和檢查督促進出口運輸計畫的實施；檢查督促查驗單位按各自職責和規定做好口岸業務工作；會同有關部門綜合管理在本市停泊的台灣漁船及台灣小額貿易有關事宜；負責組織協調、仲裁海港口岸業務和涉外問題的爭議；負責海港進出口危險品的審批，參與制訂全市對外開放海港口岸建設的發展規劃；承擔市口岸工作協調小組辦公室的日常工作。
（二）陸空處
負責空港口岸客貨運輸的協調、管理和綜合分析、監控、預測工作，檢查督促查驗單位按各自職責和規定做好口岸業務工作；會同有關部門審查境外航班、航線；參與制定機場查驗設施建設“三同步”計畫與規劃；負責承擔境外旅遊包機、公務機、國際救助飛機和加班機的協調工作；負責組織協調、仲裁空港業務和涉外問題的爭議；協同有關部門做好重要賓客進出空港口岸的接待服務工作；承擔廈門航空港管委會辦公室的日常工作。
主要業務情況
“十五”期間的努力，全市交通口岸建設和發展發生了深刻的變化。
1 、港口建設成就顯著。
港口建設完成36億元，是“九五”的1.4倍，建成了一批深水泊位和廈門港十萬噸級航道二期工程，港口泊位由51個增加到74個，新增泊位23個、貨物吞吐能力2414萬噸，廈門港年綜合貨物吞吐能力達到5000萬噸，其中貨櫃吞吐能力375萬標箱。航空投資完成52.66億元，是“九五”的2.3倍，建成了航空港新貨站、海關二級監管庫等項目，進一步完善了機場配套設施，廈航引進飛機14架，退出飛機2架，淨增12架。
2 、運輸生產較快增長。
口岸運輸生產總體呈上升趨勢，與“九五”期末相比，“十五”期末的各項指標均有較大幅度增長，海港貨物吞吐量由1965萬噸增長到4771萬噸，年均增長19.4%，貨櫃吞吐量由108萬標箱增長到334萬標箱，年均增長25.2%，貨櫃吞吐量躋身全球30強；空港旅客吞吐量由355萬人次增長到629萬人次，年均增長12.1%，貨物吞吐量由10萬噸增長到15.9萬噸，年均增長10%。同時，海鐵聯運取得突破，物流業呈現良好發展勢頭，成為我市現代服務業的新興支柱產業；對台航運實現重大突破，2001年開通廈金海上直航，旅客吞吐量累計達到116萬人次，廈門機場成為兩岸春節包機航點。
3 、口岸通關環境明顯改善。
建立健全大通關工作機制，設立了大通關熱線，整合建設口岸物流信息平台，推行“5+2”通關工作試點，協調出台落實便捷通關措施，推進實施“提前報關、實貨放行”、“無紙通關”，口岸通關效率明顯提高。口岸出入境人數由92萬人次增長到178萬人次，年均增長14%；海港外貿貨物吞吐量由850萬噸增長到3265萬噸，年均增長30%；空港在全國首度利用第五航權開通廈門至芝加哥、洛杉磯、盧森堡等國際貨運航線，引進亞洲航空等廉價航空公司開通廈門－曼谷等航線，出入境旅客和國際貨物吞吐量均居全國第四位，廈門空港成為連線東南亞的樞紐機場。
